逆格子空間を視覚化しよう！

K. Yam @yam_cpp

プチ現実逃避．データ処理ソフトの吐くセッティングパラメータを視覚化してみたくなったので．．手軽にPyMOLで．再生を押すと逆空間がまわる．現実的な分解能まで点を出すと重すぎて死ぬ．反射球でかい． http://twitpic.com/42z6ju

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Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

おお！すごいですね！構造解析を勉強するために構造から反射をだすプログラム作ってみたいなと思ってたけど、pymol で逆空間だすなんて考えてもなかった…ソース見てみたいなぁ…QT @yam_cpp: プチ現実逃避．データ処理ソフトの吐くセッティングパラメータを視覚化してみたくなった

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp おぉすげー。手前のが反射球か。yamさんの頭かとおもてました。昔、僕は作ろうとして挫折したw。pymolかぁ、なるほど。

K. Yam @yam_cpp

@HironoriSuzuki 「構造から反射を出す」ならMLFSOM http://bit.ly/hgzNC7 だと思います（この前話題になったのはこれですよね？>@kun32xu）私の場合は単に積分ソフトの出力から作図してるだけの単純なものです．ソースは殴り書きでも良ければ…

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu @HironoriSuzuki どうもです．PyMOLだとCGOとかいうのを使って簡単に3Dお絵かきができるのと，いつもの慣れたマウス操作ができるので使ってみました．でも点増やすとやっぱり重いですね…工夫次第でどうにかなるかもですが

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp @HironoriSuzuki そーですね。>MLFSOM。興味があればどこぞからDLできるはずです。CCP4BBとかの過去ログをあさればDLサイトがあったと・・・。

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp @HironoriSuzuki てかバイオキにどぶをが載せてるかも（未確認ｗ）。MLFSOMは遅いので速い言語に置き換えてみようかなとも思った時期が（ペンディング長しｗ）。scalingソフトやデータ処理ソフトの挙動を試す時、全くの理想回折像が出せるのは魅力。

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu @HironoriSuzuki これですかね＞MLFSOM．http://bl831.als.lbl.gov/~jamesh/mlfsom/ 確かに一度試してみたいです．そして便利と分かったら速い言語に置き換（ｒｙ

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp @HironoriSuzuki あぁ、それや。そこにあるプレゼン、面白いから見ておくと良いよ。ジェームスの鬼才っぷりが良くわかります。あとこないだ教えてもらった回折シミュレータ、もう一度教えてくれないですか？＞yam_cpp　すみませぬ。

K. Yam @yam_cpp

@naka1623 これですか＞Pol2 http://bit.ly/fVXoX3 autoBUSTERは全く知らないので気になりますね．それでマップが綺麗になってるのかどうかが一番興味あります．平均温度因子も高めですね．3po2/3po3がリリースされたら見てみようと思います

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu プレゼンダウンロード中…です．すみません，回折シミュレータって何のことでしたっけ(^^;;;

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@yam_cpp @kun32xu ありがとうございます。ちょっといじってみます。ちらっと見たところ何が何だか分からないですが(^^;)今回のyamさんのプログラムは構造→逆空間ではない？？？混乱中…

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp あり？PIに頼んだらもらえた、っていってた論文とプログラムの話です。あれってシミュレータじゃなかったけ？

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki @yam_cpp yamさんのはマトリクスから逆格子点の座標を計算してPymolで表示したもの（と思う）。MLFSOMはPDBから回折像を出力する。

K. Yam @yam_cpp

@HironoriSuzuki XDSの出力する(G)XPARM.XDSには結晶格子ベクトルや回転軸・入射方向などが書かれています．これから逆格子ベクトルを計算して視覚化しただけです(^^;．僕は3次元的な想像力が乏しいので逆空間を手で動かして見てみたいなーというのが動機です

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu あ！すみません．すっかり忘れていました．SIM_MXです． http://bit.ly/e2NChT も一個の関連論文（興味を示されていたと思います）はこれです http://bit.ly/hC447M

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@kun32xu @yam_cpp なるほど…これですね、XPARAM.XDSというのは。 http://bit.ly/hbZuD8　えっと回折データとって、それを数値化したものがXPARAM.XDSで、yamさんはそれを３次元化したということですか？

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki @yam_cpp 最初はみーんなそうですよｗ。興味を持つことが大事なのさ。ひとまずさっきのジェームスプレゼンを眺めてみるとなんとなく分かってくるかも。キーワードは逆格子点(reciprocal lattice points)やで。質問はいつでも。

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu いえいえ～．実は自分もソフトもらっただけでまだ論文も読んでないんです（ひどいやつ）．同じく勉強します

K. Yam @yam_cpp

@HironoriSuzuki 指数付けをしたときに，入射X線や検出面に対して，結晶格子がどういう方位をとってるかが決まるので，その決まった値を使って視覚化しています．私も学びはじめてまだ4年ほど（…あれ，長いぞ汗）で詳しい人たちに全然及んでいません．．精進しなければ．

どぶお @dobuo

「逆格子空間を視覚化しよう！」をトゥギャりました。 http://togetter.com/li/104999 #jpxtal

ひ○たく @kun32xu

@dobuo さんきゅー。SP8まんじゅう１個ｗ

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@dobuo まとめありがとうございます。私がおたおた混乱している姿は、きっと分からない人の励みになるのでしょう…暇を見つけて勉強します(TT)

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@kun32xu ジェームスさん(多分めちゃくちゃ偉い人なんだろうが)のプレゼンを眺めてます。まだ途中ですが、なんというか…すごい分かりやすい(だろう?私が未熟で理解できない点もあるので)と思います。すげぇすげぇと連発しながら、一度全部眺めてみます。

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@kun32xu @yam_cpp ふむふむ…波長でエワルド球が定義されて、ビームが入射方向と逆側でエワルド球と交わる所が、逆格子の原点。そこに結晶構造(space group依存かな…？)によって、逆格子点が定義される。エワルド球と逆格子点が交わる所が反射。つまり…(続く)