@dritoshi 発端のバイオ実験オンラインプロトコールTLまとめ
PubMedのテキストマイニングは散々やられてそうなので、CSHLやSpringer Protocolを対象にするとウェット研究者が垂涎のDBができるのではないか、思っているんだけど、DBCLSのRAさんあたりがやらないかなー、権利関係はわからないけど
2010-04-07 00:18:47生物学実験のオンラインプロトコールってほかにどんなのあるのかな? http://www.springerprotocols.com/ http://cshprotocols.cshlp.org/
2010-04-07 00:22:37@_shk どっちかっていうとジャーナル寄りですね。プロトコールのデータベースをテキストマイニングするという感覚で言ってみました
2010-04-07 00:28:09@dritoshi 以前にここのカテゴリ分けをふむふむと眺めたことがありますが、どのよーに作ってるのかはちょっとよくわかりません。http://www.protocol-online.org/
2010-04-07 00:33:19蛋白質科学会アーカイブなんていかがっすか? http://www.pssj.jp/archives/index.html 日本語だけど。 @dritoshi 生物学実験のオンラインプロトコール
2010-04-07 00:33:41http://www.biotechniques.com/protocols/ 雑誌 Biotequniques なんてどうっすか? @dritoshi 生物学実験のオンラインプロトコール
2010-04-07 00:36:28タンパク発現と結晶化のデータベースでプロトコール名で検索できるやつもあるけど自分は使わないので中身は不明 http://pepcdb.pdb.org/
2010-04-07 00:40:55たとえば、プロトコールは「意味」で調べるのが難しいような気がします。たとえばDNAを精製するとします。精製度を高くすることが次の実験にはとても重要だとします。精製度を上げる操作としてある試薬を入れるのがわかっていますが、ほかの手を知りません。さてどうやって検索しますか?
2010-04-07 00:41:40このとき、ある試薬は精製度を向上させる、という意味がアノテートされていれば、逆に、その操作を同じ「意味」を持つ操作(プロトコールのなかではごく1ステップ)を検索できるのではないかな、と。
2010-04-07 00:43:53それが試薬を種類をかえる、じゃなくて、あるカラムを使う、などまったく別の種類の操作である場合もあるので、意味から検索するのが重要な気がします。ウェットの人間ではないのであげた例が簡単すぎかもしれませんが
2010-04-07 00:45:13@dritoshi 方法を変えるとメリットと一緒にデメリットも変化しますよ。実験は総合的な(最終的な)目的が大切で、ステップで考えると少し難しいように思います。検索一覧にデメリット情報が一緒についてくれば比較検討できるかも。
2010-04-07 00:49:19バイオ実験用、cookpad ってありそうなものだけど。あと今の話に関係ないけど、YouTube に結構実験のムービーがアップされているので、アレのポータルっぽいの作るとか。
2010-04-07 00:50:40@odamame0811 そうですよね、だから、プロトコール全体の説明でなく、ステップに対して「意味」すなわち、メリットとデメリットをアノテートするのが大事だと思います
2010-04-07 00:52:16@dritoshi http://bit.ly/926eAv と http://bit.ly/diUas6 ?
2010-04-07 00:55:28.@dritoshi ときどき検索しているとこれが見つかります。 http://www.protocol-online.org/ 僕がよく実験していた頃はこういうの使わなかったから、中身は評価できないけど。
2010-04-07 00:56:06ステップを単位することで、逆にプロトコール全体の文脈、というのを考えることができる。そうすると文脈をかえたり、あるステップは文脈上、このステップは入れられないとか、入れられるステップはこれだ、とか考えられるかなー、と思ったんだけど。
2010-04-07 01:05:16「@dritoshi 発端のバイオ実験オンラインプロトコールTLまとめ 」をトゥギャりました。 http://togetter.com/li/13111
2010-04-07 19:32:34わくてかくんのblogに関連して。僕が時々見る生命科学系のlab manual。日本語なのがみそ。「東大第二生化ラボマニュアル http://bit.ly/9ctddf」と「東大核内情報研究分野ラボマニュアル http://bit.ly/cSXMsF」 @wakuteka
2010-04-07 21:09:12あとは定番のCurrent Protocol。CellbiologyからChemicalまで幅広いけど、有料なのがネック。一部は無料で見れるのもある。大学によっては全部見れるところもあるのかも。「Current Protocol http://bit.ly/9D0uRL」
2010-04-07 21:12:54LabのProtocolがある実験でも、実験する前はとりあえず既存のProtocolは全て読んで条件やら試薬やらを全て比較したあとにやることにしてる。この過程が結構楽しい。
2010-04-07 21:17:45