Ｘ線結晶構造解析用メモ

K. Yam @yam_cpp

phenixはopenMPオプションとGUIを同時にビルドできないらしい．だからGUI付きのprecompiled版は非openMP版．ほとんどGUI使わないのにprecompiled版を使うのは損だ．今まで知らなかった．．

K. Yam @yam_cpp

@timasaki openmpでビルドされたphenix.refineは速かったとです．．

K. Yam @yam_cpp

XDSでINTEGRATEしたときframe毎に出力されるSIGMARとSIGMADは，あくまでframe毎に決定された値で，実際に使われる値は下に出てくるやつ．XDS.INPでこれらの値を指定したときは，その実際に使われる値を決める時の制約として働く．うーん，知らなかった…

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp @timasaki openMPでビルドのときは特別にコンパイルオプションしていすんの？

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu @timasaki へい，--openmp --no-guiでコンパイルすれば良いようです．

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp @timasaki さんくぅ。あからさまにノーグイなんすねw ためしてみますぅ。ちなみにrefineのみに適用？

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu @timasaki --openmpをつけるときは--no-guiも付けないと動かないみたいです．CNSと同じでFFTが並列化されてるっぽいので，一番恩恵を受けるのはphenix.refineでは無いかと思われます．

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

Macにfinkで入れたPyMOLにDSSP&Stride pluginを入れたが動かない。Permission deniedだそうだが、permission与えてもダメ…これが無いと困るんだけどなぁ…

Kawai, F. @FumihiroKawai

@HironoriSuzuki こんなpluginがあるのは知りませんでした^^; githubから最新版(?)dssp_stride.pyをインストールしたらいいのかも？（今から試してみます〜

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@fumihirokawai ありがとうございます。でもgithubのverとBIOTEC http://t.co/iuD8OcZG のverは同じようなんですよね…もし使えたら教えてください。

Kawai, F. @FumihiroKawai

@HironoriSuzuki あぁ同じなんですな（確認してなくてスミマセンm(TT)m ）ためしてみま〜す。

Kawai, F. @FumihiroKawai

@HironoriSuzuki finkでpymolインストールしてるので恐らくｽｽﾞｷさんと同じ環境だと思います。で、どうも、/sw~以下のとある場所の書き込みができないので？エラーが出てるので、僕は%sudo pymolでpluginをインストールして、再起動でいけました:)

Kawai, F. @FumihiroKawai

これ便利だなｗ> dssp & stride plugin for pymol

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@fumihirokawai インストールまでは行けてるんですよ…動きました？

Kawai, F. @FumihiroKawai

@HironoriSuzuki みるに動いてます。最初objectのところに適当な名前を入れたらerrorを吐いてたのですがｗ Pymolのobject名を入れたら計算を初めてa.aを定義(H,G,E,B,T,S)に従って各objectに振り分けてます。

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@fumihirokawai なるほどありがとうございます。ちなみにDSSPはどれを使っていらっしゃいます？2.0.4ですか？

Kawai, F. @FumihiroKawai

@HironoriSuzuki どこからDLしたのかわからないんだけど、DSSP_MAC.EXEというのを使ってます。かつてライセンス発行してもらってビルドしたものもあるのでそれで試してみます。dssp -VでみるとApr 1, 2000になっていますが…

Kawai, F. @FumihiroKawai

2011にrewriteされているのだな。> DSSP

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@fumihirokawai DSSP_MAC.EXEを使ってみたのですが、ダメでした…compile verを使ってみようとmakeしてみたら、boostがいると言われたので、インストールしてみます。

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@fumihirokawai ありがとうございます。なんかインストしたりアンインストしたりしてたら、使えるようになりました。結局、原因は分からずじまいですが…

Yusuke Yamada @yamada5963

ECM27に参加中。一日目が終わりました。ACAほどの規模じゃないけどやっぱりレベルは高いです。でも6つのパラレルセッションのうち3つが構造生物関連だから、一人ではとてもカバーできなくて残念。

Yusuke Yamada @yamada5963

EnzymologyのセッションでSFX(Serial Femtosecond Crystallography)の発表があったから、とうとう時分割でも結果が出たか！と思ったらまだ構造は発表されなかった。でもデータは取って解析中とのことらしい。