ENCODE勉強会( #encodejp )午前の部
-
- いいね！0
Wataru IWASAKI
@iwasakiw
ハッシュタグは #encodejp-01 #encodejp-02 … でお願いします（ #encodejp でまとめて追えると思います）
2012-09-29 09:56:51
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
ENCODE勉強会始まりました http://t.co/agde1M0p （ustreamなどはございません．申し訳ありません） ハッシュタグは #encodejp-01 などです
2012-09-29 10:04:03
Jun Sese
@sesejun
「生化学的に機能している」は何で同定したのでしょう？ChIP-seq等のsequenceが少しでもカバーした領域？#encodejp-01
2012-09-29 10:11:14
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
#encodejp-01 @iwasakiw さんによる「An integrated encyclope!a of DNA elements in human genome」
2012-09-29 10:12:36
Masahiro Kasahara
@mkasahara
.@sesejun 「生化学的に機能している」というのは「生化学的な観察で状態が区別できる」という意味です。 #encodejp-01
2012-09-29 10:15:32
Masahiro Kasahara
@mkasahara
.@iwasakiw EB のブログ見てから読んだら意味が良く分かりやすかったので先にこの Q&A 見るのがおすすめ。 http://t.co/xbDNR4b1 #encodejp-01
2012-09-29 10:28:39
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
次は 中武さんによる「Landscape of transcription in human cells」 #encodejp-02
2012-09-29 10:15:38
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「トランスクリプトーム解析，15 cell line.複数のRNA-Seq法．１部の細胞株でRNAの細胞内局在を分けたデータセットあり．未知のintergenic, antisenseなど」 #encodejp-02
2012-09-29 10:17:19
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「核/細胞質 × RNA-Seq/RNA-PET/CAGE × polyA+/- × 200bp以上/未満」 #encodejp-02
2012-09-29 10:18:59
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「１つの細胞でしか発現していない遺伝子の割合はたんぱく質コードで5%，lncRNAでは23.5%」 #encodejp-02
2012-09-29 10:20:25
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「（当然ながら）細胞質にはspliceされたものがほとんどで核でsplicing途中のものが多い．これがRNA-Seqでも確認できる」 #encodejp-02
2012-09-29 10:21:47
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「protein-codingは細胞質に偏在，non-coding, intergenicは核に偏在という全体的な傾向」 #encodejp-02
2012-09-29 10:22:50
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「200bp未満のRNAの遺伝子は7054個（tRNA, miRNA, snoRNA, snRNAなど) 27%のsmallRNAは8%のcoding RNA内，5%は3%はlncRNAに存在」「色んなことが分かるユニークなデータセット」 #encodejp-02
2012-09-29 10:25:09
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
次は澤藤りかいさんによる「The accessible chromatin landscape of the human genome」 #encodejp-03
2012-09-29 10:27:10
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
＠理研 ＠東北大 .@dritoshi スライド送れないので，PDFをご覧下さいm(_ _)m #encodejp-03
2012-09-29 10:28:37
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
#encodejp-03 「DNaseI hypersensitive sites を網羅的に調べて，発現調節部位を特定．転写因子と発現との相関などを調査」
2012-09-29 10:29:48