ENCODE勉強会( #encodejp )午後の部
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午前の部はこちら
ENCODE勉強会( #encodejp )午前の部
ENCODE勉強会( #encodejp )のタグのついているツイートを全部拾ってみています。
主に参加できなかった自分のためのまとめですが、誰でも編集可にしておくので、加筆・装飾等をお待ちしています。
午後の部はこちら
http://togetter.com/li/381466
PS
午後の部はあとで纏めます。あと、主催者様から要望があれば、（削除・非公開を含めて）対応します。
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12 users
斯 a.k.a. AKei
@Ataro1002
「ENCODE勉強会( #encodejp )午前の部」をトゥギャりました。 http://t.co/TAue8gMv
2012-09-29 12:54:54
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
次は広瀬 修さんによる「Discovery of hundreds of mirtrons in mouse and human small RNA data」 #encodejp-11
2012-09-29 13:01:56
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
mirtron = miRNA + intron. スプライシングの結果できる miRNA #encodejp-11
2012-09-29 13:03:35
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「mitron = spliceされたintronからプロセスされてできるmiRNA」 #encodejp-11
2012-09-29 13:04:11
りふる
@seirefl
Drosha以外のプロセスでmiRNAができる方法を初めて知った。splicingによってもpre-miRNAってできるのね #encodejp-11
2012-09-29 13:05:14
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「ヒトとマウスでmitronを見つける．ヘアピン構造をもつイントロンのうち，実際にRNA-Seqで観測されるものをピックアップし色々フィルタイリングして選んだ．」 #encodejp-11
2012-09-29 13:05:17
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「新規mitronの相補鎖をつくるところだけphastcons scoreが高い例．miRNAのSeqもヒット」 #encodejp-11
2012-09-29 13:07:37
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「ヒトとマウスでmiRNAとmirtronを比較するとmiRNAの方が圧倒的にタグ数が多い．ヒトで240個，マウスで237個．3'-tailed mirtronはほとんどない」 #encodejp-11
2012-09-29 13:11:09
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
次は @delta2323_ さんによる「GENCODE: The reference human genome annotation for The ENCODE Project」 #encodejp-12
2012-09-29 13:12:32
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「GENCODEの検証．GENCODEハRefseqやUCSCに比べてpseudo-geneが多い．三ヶ月に一回更新．この論文ではver7だけど，今はver13．順調に増えている」 #encodejp-12
2012-09-29 13:14:04
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「GENCODEをRefseq, ucscと比較すると，GENCODE独自のものが多い」 #encodejp-12
2012-09-29 13:14:28
まこ
@ma_ko
GENCODE、本家と UCSC だと mitochondria のゲノム配列が違うんだぜ (オレにしか役に立たない豆知識) #encodejp-12
2012-09-29 13:17:01
【非公式】ひろ@猫もふ欠乏症
@hiro_h
仕事はえー、ありがたいまとめ乙 .@Ataro1002 さんの「ENCODE勉強会( #encodejp )午前の部」をお気に入りにしました。 http://t.co/Z8GNP8Lz
2012-09-29 13:17:05
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「computationalな予測のEnsemblとmanual curationのHAVANAをマージしたのがGENCODE」 #encodejp-12
2012-09-29 13:18:03
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「lncRNAのアノテーション．5000 lincRNA, 3000 antiseseなど．10000以上のpseudogeneのアノテーションも」 #encodejp-12
2012-09-29 13:20:43