結晶構造解析してる人が好きそうなまとめ
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とりさん
@biochem_fan
昼間、CCP4 study weekend のやつが出揃ったと書いたけど、GPCR の MR のやつとか、まだ forthcoming のままのがいくつかあった。
2013-06-21 22:21:42
とりさん
@biochem_fan
"Autoindexing diffraction images with iMosflm" http://t.co/wiONbFPXKj 複数の格子への対応が流行なのか。
2013-06-21 22:24:42
とりさん
@biochem_fan
EVAL15 の方法はあちこちで褒められてるけど、XDS も MOSFLM も cctbx も、当面の実装は、とりあえず全反射点で指数付けして、付かなかった残りでまた指数付けして……って naive な方法。ただ、それでも性能は十分っぽい。
2013-06-21 22:25:55
とりさん
@biochem_fan
"Crystallographic data processing for free-electron laser sources" http://t.co/VsDMb1Eui3 CrystFEL は、以前の論文より、積分方法とかが少し変わったとのこと。
2013-06-21 22:27:00
とりさん
@biochem_fan
(承前) 後半で、ビームの発散角とスペクトル幅が広がると Monte Carlo 積分の収束が速まるというシミュレーションが出てる。SACLA のリゾチームのデータセットが LCLS と比べて少ない枚数で収束できてるのは、そのへんのハードの違いもあるのかな?
2013-06-21 22:29:35
きゅうもるの中の人
@cuemolnohito
どう見てもその分解能はないやろーというのが良くあるので、何かしら実空間も含めた基準があればと思うところですね、、、
2013-06-21 22:30:12
K. Yam
@yam_cpp
モデルが良くなる限り高角の反射はどんどん入れれば良いじゃんっていう方向なので，電子密度のクオリティとかから「分解能」を定義する方法は必要だとずっと思ってた
2013-06-21 22:34:17
とりさん
@biochem_fan
@yam_cpp EVAL15 が賢いと褒められてたのは、重なったスポットの扱いでした。すみません、その前に読んだ cctbx.xfel の論文の記述と混同してました。
2013-06-21 22:37:42
とりさん
@biochem_fan
@yam_cpp MOSFLM の論文では、FABLEというのが紹介されてます。格子定数を事前情報として使って、方位を探すみたいです。これに近いやり方は、CrystFEL が ReAx として採用してるようです。
2013-06-21 22:38:54
ひ○たく
@kun32xu
@biochem_fan 発散角（LCLS）＞ （SACLA）、スペ幅はトントンもしくはSACLAが狭い、とするとSACLAの集束が速い理由はよくわからないですね。スペ幅が広がると集束が早くなるのは振動と同じ効果を生んでいるということですね。ともあれ情報ありです！
2013-06-21 22:44:17
とりさん
@biochem_fan
結晶学の難しいデータセット(偽対称、twin、弱い異常分散、低分解能、etc) のレポジトリ誰か作ってくれないかな。できれば画像から欲しいけど、欲は言わない、unmerged I からでいいから。
2013-06-21 22:45:27
K. Yam
@yam_cpp
@biochem_fan 多結晶と分かっててデータセットを撮ってくれることもあまり無いでしょうしね…．普通のデータでも電子密度が改善したりするんじゃないかと思って期待はしていますが．
2013-06-21 22:45:48
とりさん
@biochem_fan
@yam_cpp ですよね。この MOSFLM の論文でも、載ってる画像を一目見て、「普通、こんな結晶捨てるよね」と思いました。ただ、LCP の微小結晶とかだと、どうしても重なってたりするらしいです。
2013-06-21 22:47:26
とりさん
@biochem_fan
@kun32xu このに、建設中の SwissFEL は、スペ幅をおそらく 3.5% 以上にできると書いてあって驚きました。あと、SACLA の人たちがどういうデータ処理してるかはまったく知らないです。収束が速いのは、リゾチームで結晶サイズが揃ってるからだけだったりしてw
2013-06-21 22:50:53