2013年度・第176回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉ツイートまとめ

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

［欹耳袋］今回の分子系統ワークショップ http://t.co/ccE7sTWAec のハッシュタグは #176ws とします．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 分子系統ワークショップ http://t.co/sz3f9LcKGp の参加者のみなさんで，ツイッター利用されている方は，ハッシュタグ付きでこっそりつぶやいてください．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 雲がやや多いかも．今日の高座スライドを確認するする．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws もうすぐ開始〜♫•*¨*•.¸¸♪

ケムシ屋 @alciopidae

分子系統ワークショップ参加したかった。教材で自習するかな #176ws

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws ワタクシの前座噺「生物体系学概論：チェイン・ツリー・ネットワーク」は終わり，斎藤成也さんの「進化距離行列からの系統樹作成」が始まっている．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws Saitou Naruya.| Introduction to Evolutionary Genomics | 2014 forthcoming | Springer Verlag http://t.co/lWmNNNqCeC ※来年はじめに出版，予価8000円．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 塩基置換モデルいろいろ．JC, K2P, F81, Tajima-Nei, HKY85, Tamura-Nei, Kimura3P, ... General 12P．さらに，新しいモデルもある．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 塩基置換モデル曼荼羅．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws データが少なければ p-distance でもOK，データが巨大なら General 12P 以外はいらない．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 距離法なう．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws NGS がこれから普及すると，分子系統学の “風景” はがらっと変わる．そういう時代になれば進化速度一定性を仮定する UPGMA だって生き返るかも．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 進化速度一定でなくても，additive ならば現実的．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 離散変量に関する最尤法は可能か．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws ゲノム全体は “無限母集団” ではなく， “有限母集団” である．したがって，伝統的な統計学的な根本仮定は揺らいでいる．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 系統樹は「歴史」なので認識論的に唯一的．統計学はイデアの世界なのでもともと系統学と相容れない．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws _･) ｡oO (いいね！いいね！いいね！)

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws UPGMA なう．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws Transformed distance method (Farris-transform) – 元論文は Farris, Kluge & Eckardt 1970. A numerical approach to phylogenetic systematics.

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws （承前）Systematic Zoology, Vol. 19, No. 2 (Jun., 1970) pp. 172-189 http://t.co/yMWywvxR9J

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws Buneman 1971 の「four-point condition」を満足するかどうかは距離法にとって重要．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 樹形探索の組合せ論的爆発を防ぐためには 4-taxon subtree sampling は将来有望．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws NJ法なう．Null-star から出発するアルゴリズムは neighbor を逐次的につくることにより，探索空間がより小さくなる．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws アラインメントなしの距離法もあり．メタゲノム時代に向いている？

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws まとめ（1）樹形探索と樹長推定は分離すべし．（2）トップダウンで効率的な樹形探索しよう．（3）樹形探索三昧．┣┣" たくさん．