#bh2010 統合データベース技術情報交換ワークショップ三日目

http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH10.10 の三日目(2010年10月20日)
0
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

一昨日は客室でも無線LANが使えていたが昨日から届かなくなったみたいだ

2010-10-20 05:06:50
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

そうかPSICQUICに対応してもらえばそのdatabase専用のclient書かなくてもuniversal clientがあるから全部オッケーなのか

2010-10-20 06:54:48
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

@c_z けどSTRINGってPSICQUICにも対応してるけどSTRINGWSclientも自前で作ってたりしますよね。可視化できることの幅に違いがあったりするんでしょうか

2010-10-20 06:56:34
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

MetScape今後のタスクにあげてた機能と全く同じこと実現してるな。ソース公開されてないかな...

2010-10-20 07:20:48
Keiichiro Ono @c_z

@kozo2 STRINGに関しては、純粋にライセンスの関係だときいています。PSICQUICで公開すれば、レスポンスの時間を考慮しなければ、基本的に根こそぎデータを取ってくるクライアントも書けますので、そこが一部ライセンス的に問題があると。

2010-10-20 07:32:59
Keiichiro Ono @c_z

@kozo2 STRINGのデータダウンロードページに行ってもらうと分かりますが、データの種類によって「要問い合わせ」になってるものもあるはずです。

2010-10-20 07:34:01
Keiichiro Ono @c_z

オープンソース支持者には、「オープンソースじゃなきゃダメ」派と「オープンソースが多い方が良いよね」派が居ると思うけど、自分は後者だな。Appleの開発環境とかめんどくさいと思うけど、オープンソースのカオスであれが出来たかと言うと微妙で・・・どうしようもないトレードオフなんだろうか

2010-10-20 08:43:37
Keiichiro Ono @c_z

Google本社で今週末あるGSoC Mentor Summitでも、統一感のあるUIやユーザビリティーは毎年議論のネタになってる。オープンソースが一番弱いところで、まだ誰も答えを見つけてない部分。

2010-10-20 08:45:39
so @synobu

西田孝三(NAIST):「Cytoscapeを用いたデータベースクライアント、可視化」http://bit.ly/d3SFmT #bh2010

2010-10-20 09:56:18
Keiichiro Ono @c_z

それはWeb Startを使えば出来ます>ブラウザからCytoscapeを立ち上げる (#bh2010 live at http://ustre.am/fg0g )

2010-10-20 10:22:32
Takeshi Obayashi @dancing_infobio

Cytoscape-web is not powerful as stand-alone Cytoscape but ATTED-II network can be shown on it. http://cytoscapeweb.cytoscape.org/ #bh2010

2010-10-20 10:23:55
so @synobu

Cytoscape WebのFeature Showcase Demoから、Cytoscape Webの雰囲気は体験できます。http://cytoscapeweb.cytoscape.org/demo #bh2010

2010-10-20 10:23:56
so @synobu

Cyotoscapeコア開発者 @c_zさん 降臨! #bh2010

2010-10-20 10:26:12
Keiichiro Ono @c_z

マニュアルにも簡単なチュートリアルがあります>VizMapの使い方 (#bh2010 live at http://ustre.am/fg0g )

2010-10-20 10:26:47
so @synobu

質問:Cytoscapeでネットワークの統計量計算は出せますか? #bh2010

2010-10-20 10:27:48
Keiichiro Ono @c_z

NetworkAnalyzerとCentiScape、RCytoscapeがあります>統計量 (#bh2010 live at http://ustre.am/fg0g )

2010-10-20 10:27:59
まこ @ma_ko

Access : Integration of biological networks and gene expression data using Cytoscape : Nature Protocols http://bit.ly/bC16Lp #bh2010

2010-10-20 10:28:20
Wataru IWASAKI @iwasakiw

ネットワーク関係のデータベース運営者はCytoscapeプラグインを作るとよい.ただウェットの生物学者にとっては導入が大変で,かといってCytoscape Webでは機能が限られる.Web Start( http://bit.ly/c0OpvW )も使えそう. #bh2010

2010-10-20 10:28:46
1 ・・ 5 次へ