#bh2010 統合データベース技術情報交換ワークショップ四日目

http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH10.10 四日目(2010年10月21日)
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まこ @ma_ko

バイオハッカソンは太る

2010-10-20 23:58:07
まこ @ma_ko

「ジョブは実行待ちです」…寝そう

2010-10-21 00:20:17
まこ @ma_ko

明日は既知SNPのフィルタリングとツール組み込みやるお…やりたいお

2010-10-21 00:21:51
まこ @ma_ko

@_shk Exome だと最終的に欲しいのは 既知SNP (dbSNPにある) ではない新規の変異なので、"dbSNP にない"というフィルターをかけるイメージ

2010-10-21 00:24:11
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

やっぱり既存のsifにdatafield追加するより、サーバの方でgraphml吐いてもらうようにしてもらった方がよさそうだ

2010-10-21 07:25:47
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

@c_z CytoscapeWebでsifでエッジだけ作ってから、後でノードアトリビュートを追加しようとしたのですがaddDataFieldだと付けることができるのはデフォルト値だけでどのノードにそのデータを追加するのかが指定できないように思うのですがご存知でしょうか

2010-10-21 07:30:03
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

やはりgraphml作ってもらったほうがよさそうだ。javascriptややこしくなったらそっちの方が迷惑だろうし。graphmlシンプルでそんなに負担をお掛けすることにならないだろうし、できるだけコントロールは向こう側でできるようになってた方が安心できるだろうし

2010-10-21 07:34:29
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

graphmlのフォーマットは理解できたように思う

2010-10-21 07:35:00
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

できれば今日中に完成させて雑談とか他の人たちがどんなことやっているのか聞きまわることに残りの時間を割きたい

2010-10-21 07:36:01
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

@c_z 有難うございます。ということであればgraphMLを作ってもらうことになると思います。

2010-10-21 09:07:22
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

@c_z いえgrapheML readerは書いていません。僕はCyWebでノードのアトリビュートをクリックイベントとかで表示したりパスウェイでVizMapしたりしようとしています

2010-10-21 09:12:17
まこ @ma_ko

3日目開始。ちょっと疲れてきたのか体調が…まあ大丈夫だろ。

2010-10-21 09:15:41
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

@c_z 多分このワークショップで書くのはjs(CyWeb)のみでjava(Cy)は書かないと思います。

2010-10-21 09:17:13
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

@c_z はい -> 原型できてるんですか。というかGraphMLはCyWebがサポートしてるんでそのxml投げれば描画してくれるって感じです。

2010-10-21 09:25:21
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

@c_z これからattedの結果に対応するgraphmlサンプル書いてこれを出力して頂くことが可能かどうか伺おうと思っています

2010-10-21 09:26:42
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

@c_z こんな感じです。これsifから作ってるんでgeneのfunctionとかtarget, TF, KEGGのpathway情報を持ってないのでそれをgraphml読むようにして加えたいと思っています http://twitpic.com/2zd36p

2010-10-21 09:31:47
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まこ @ma_ko

6人しかハッカソン会場に起きてきてな(ry

2010-10-21 09:32:32
... .. @32nm

統合データベース技術情報交換ワークショップ http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH10.10 day 4 #bh2010

2010-10-21 09:54:29
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

atted用の簡易graphml作って, sifよりもノードに持たせる情報を増やした http://twitpic.com/2zdapo

2010-10-21 10:00:51
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Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

後はwiki書く、余計な情報表示しないようにする、KEGGのpathwayに応じてvizmapする

2010-10-21 10:02:57
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

[JavaScript] オブジェクトがnullやundefindでないか評価する。 - うなの日記 http://bit.ly/ca90Sw

2010-10-21 10:23:20
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

attedではあるgeneが複数のpathwayに割り当てられている場合ノード中にそのpathwayに対応した色の小さいマーカーを並べる使用になっている。Cytoscape(Web)では一個のノードに対して色のVizMapは一つしか割り当てられないのでどうしたものか

2010-10-21 10:32:57
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