@_shk Exome だと最終的に欲しいのは 既知SNP (dbSNPにある) ではない新規の変異なので、"dbSNP にない"というフィルターをかけるイメージ
2010-10-21 00:24:11やっぱり既存のsifにdatafield追加するより、サーバの方でgraphml吐いてもらうようにしてもらった方がよさそうだ
2010-10-21 07:25:47@c_z CytoscapeWebでsifでエッジだけ作ってから、後でノードアトリビュートを追加しようとしたのですがaddDataFieldだと付けることができるのはデフォルト値だけでどのノードにそのデータを追加するのかが指定できないように思うのですがご存知でしょうか
2010-10-21 07:30:03やはりgraphml作ってもらったほうがよさそうだ。javascriptややこしくなったらそっちの方が迷惑だろうし。graphmlシンプルでそんなに負担をお掛けすることにならないだろうし、できるだけコントロールは向こう側でできるようになってた方が安心できるだろうし
2010-10-21 07:34:29できれば今日中に完成させて雑談とか他の人たちがどんなことやっているのか聞きまわることに残りの時間を割きたい
2010-10-21 07:36:01@c_z いえgrapheML readerは書いていません。僕はCyWebでノードのアトリビュートをクリックイベントとかで表示したりパスウェイでVizMapしたりしようとしています
2010-10-21 09:12:17@c_z はい -> 原型できてるんですか。というかGraphMLはCyWebがサポートしてるんでそのxml投げれば描画してくれるって感じです。
2010-10-21 09:25:21@c_z これからattedの結果に対応するgraphmlサンプル書いてこれを出力して頂くことが可能かどうか伺おうと思っています
2010-10-21 09:26:42@c_z こんな感じです。これsifから作ってるんでgeneのfunctionとかtarget, TF, KEGGのpathway情報を持ってないのでそれをgraphml読むようにして加えたいと思っています http://twitpic.com/2zd36p
2010-10-21 09:31:47統合データベース技術情報交換ワークショップ http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH10.10 day 4 #bh2010
2010-10-21 09:54:29atted用の簡易graphml作って, sifよりもノードに持たせる情報を増やした http://twitpic.com/2zdapo
2010-10-21 10:00:51[JavaScript] オブジェクトがnullやundefindでないか評価する。 - うなの日記 http://bit.ly/ca90Sw
2010-10-21 10:23:20attedではあるgeneが複数のpathwayに割り当てられている場合ノード中にそのpathwayに対応した色の小さいマーカーを並べる使用になっている。Cytoscape(Web)では一個のノードに対して色のVizMapは一つしか割り当てられないのでどうしたものか
2010-10-21 10:32:57