ワークショップ「日本と世界の生物多様性情報学の現状と展望」まとめ

2014年12月13日に開催された「日本と世界の生物多様性情報学の現状と展望」のmothprogによる実況ツイートをまとめました。自分の発表分はあとから追記しました。 地球規模生物多様性情報概況 http://www.biodiversityinformatics.org/ (日本語版はJBIFウェブサイトにて公開予定)
8
Utsugi JINBO @mothprog

種生物学シンポジウムの内容とも関連したワークショップ「日本と世界の生物多様性情報学の現状と展望」が12/13(土)13:00-16:40に上野科博で開催。残席あるそうなので、申込まだの方も当日ご来場下さいませ。[PDF] gbif.jp/v2/events/2014… #JBIF

2014-12-10 18:33:11
Utsugi JINBO @mothprog

このワークショップ「日本と世界の生物多様性情報学の現状と展望」は、世界の生物多様性情報の現状と活用のための課題をとりまとめた「地球規模生物多様性情報概況(GBIO)」の日本語訳の完成と関連したもので、GBIOの内容紹介と日本での現状に関する議論が主な内容です。 #JBIF

2014-12-10 18:33:44
Utsugi JINBO @mothprog

私の方からは「フォーカスエリア A:文化~情報を共有し、オープン化する土壌を培うには~」というタイトルで話題提供。種生物シンポジウム2で話題提供した技術中心(+文化)の話と相補的な話になる…はずです。 #JBIF

2014-12-10 18:36:12
Utsugi JINBO @mothprog

ハッシュタグどうしよう。 #jbif9 でいいかな。

2014-12-13 13:04:56
Utsugi JINBO @mothprog

ワークショップ21世紀の生物多様性研究「日本と世界の生物多様性情報学の現状と展望」はじまります。 #jbif9

2014-12-13 13:05:04
Utsugi JINBO @mothprog

今回は「地球規模生物多様性情報機構(GBIF)」が中心となってとりまとめた「地球規模生物多様性情報概況(GBIO)」 biodiversityinformatics.org の紹介がテーマ。和訳を配布。 #jbif9

2014-12-13 13:06:24
Utsugi JINBO @mothprog

細矢さんからのイントロ。GBIFの紹介。生物多様性情報を集めて誰でも利用できるようにすることを目的とした国際プロジェクト。標本・観察情報、種名情報。収集された標本・観察情報は5億件以上。 gbif.org #jbif9

2014-12-13 13:08:37
Utsugi JINBO @mothprog

GBIFの日本での活動はGBIF日本ノード (JBIF)。日本の生物多様性情報を集積し発信。活動の一つがサイエンスミュージアムネット。 #jbif9

2014-12-13 13:15:38
Utsugi JINBO @mothprog

地球規模生物多様性情報概況 (GBIO) は、生物多様性条約事務局の地球規模生物多様性概況 (GBO) と対となる。2012年に開催された会議 (GBIC) の成果。その背景には生物多様性条約と愛知目標がある。生物多様性情報コミュニティからのインプット。 #jbif9

2014-12-13 13:20:04
Utsugi JINBO @mothprog

JBIFワーキンググループが中心となってGBIOを和訳し、用語集等をつけて発表。 #jbif9

2014-12-13 13:21:45
Utsugi JINBO @mothprog

GBIOの背景。生物多様性情報は愛知目標など多様性条約の目標の達成に必要。情報が誰でも利用できる形で集約することで、幅広い利用が可能になる。これらをもとに、生物多様性を理解するための枠組みを提案する。 #jbif9

2014-12-13 13:26:28
Utsugi JINBO @mothprog

GBIOでは、枠組みを、文化、データ、証拠、理解の4つに分類して議論。 #jbif9

2014-12-13 13:28:17
Utsugi JINBO @mothprog

フォーカスエリアAの文化について、は自分の発表なのでツイートできず。 #jbif9

2014-12-13 14:16:13
Utsugi JINBO @mothprog

さて追記。自分の発表であり、フロアも一番遅れていると言う人が多かったフォーカスエリアA「文化」について。生物多様性に関する情報を誰でも利用できるようにするための課題として、考え方と手続きの変更、公開への支援を提言している。 #jbif9

2014-12-13 23:55:52
Utsugi JINBO @mothprog

この核になる最初の項目が「オープンアクセスと再利用の文化」。データを制限無く利用できるよう、生物多様性情報をオープン化する、すなわち、商用も含め制限無く再利用が容易な形で公開することが重要。 #jbif9

2014-12-13 23:58:29
Utsugi JINBO @mothprog

このオープンアクセスはオープンデータの意味で、PDFは誰でも見られるが再利用は禁止されている一般的な論文のオープンアクセスではない。かなり違う概念が同じ用語で表されることに注意。オープンデータの意味でオープンなジャーナルもありややこしい。 #jbif9

2014-12-14 00:01:36
Utsugi JINBO @mothprog

オープンデータの生物多様性情報ポータル。ヨーロッパのEuropeana、アメリカのiDigBio、オーストラリアのAtlas of Living Australia。日本では政府系オープンデータで少しある以外は、研究者の自主公開にとどまる。 #jbif9

2014-12-14 00:04:43
Utsugi JINBO @mothprog

2つめの項目は「標準データ規格」。無数にあるデータを利用するには共通の規格が必要。たとえばDarwin Coreなどがある。最終的にはセマンティックウェブ技術を使ってあらゆるデータが協調し利用されるようになるべきと主張。 #jbif9

2014-12-14 00:06:38
Utsugi JINBO @mothprog

3つめは「永続的な保存とアーカイブ」データがプロジェクトの終了など、維持コスト不足で公開終了になることが良くある。それを防ぐために、データを永続的に保存できるようにする必要性。生物多様性版INSDC (DDBJ/NCBI/EMBL) が必要。 #jbif9

2014-12-14 00:08:06
Utsugi JINBO @mothprog

GBIFはアグリゲーター(集積された二次データベース)だが、一つのアーカイブと言えるかもしれない。地球環境情報統融合プログラムのDIAS editoria.u-tokyo.ac.jp/projects/dias/ は生物多様性情報のアーカイブとして利用できるかもしれない。 #jbif9

2014-12-14 00:09:35
Utsugi JINBO @mothprog

4番目は「政策インセンティブ」。データが各組織の事情で非公開にされたり、資金不足で保管ができないこともある。そこで、データをオープン化することに何らかのメリットを政策として与えることが再利用の文化の促進に必要とした。オープン化するプロジェクトへの資金重点配分等。 #jbif9

2014-12-14 00:11:23
Utsugi JINBO @mothprog

最後は「生物多様性に関する知識ネットワーク」で、これはデータの品質チェックに関する問題。誤同定の検出など、データの品質チェックは必要な作業だが、ほとんどがボランタリーな作業。そこで、データの品質チェックへのエフォートの評価を確立することが必要とした。 #jbif9

2014-12-14 00:14:05
Utsugi JINBO @mothprog

関係した話題提供を二つ。生物多様性情報をオープンアクセスにするための法的・技術的な改革を行っていくことを提言したBouchout宣言が今年の6月に発表され、世界の多くの機関や個人がサイン(日本はまだ)。 #jbif9

2014-12-14 00:15:39
Utsugi JINBO @mothprog

もう一つは遺伝資源へのアクセスと利益の公正かつ衡平な配分(ABS)とのかねあい。ABSの枠組みでは、遺伝資源の利用は原産国との合意が必要で、合意した目程以外での利用はできない。遺伝資源に関する情報自体は遺伝資源の利用には含まれないが、両者のすり合わせは今後の課題。 #jbif9

2014-12-14 00:18:30
Utsugi JINBO @mothprog

このような「垣根を作る」方向のABSと、「各根を外そう」というオープン化が同時に進行。オープン化は生物多様性条約の愛知目標への貢献が一つの目標。生物多様性条約の保全の側面と経済条約の側面、なかなか難しい問題。 #jbif9

2014-12-14 00:20:22