フィオナ絡み

技術問答
1
Cheers @raintank2010

少しずれた回答となりますが、懇親会でFionaにX線解析施設の利用状況を聞いたのですが、月1回ぐらいの利用頻度で、1日で100個ぐらいのサンプルを解析するそうです。 twitter.com/Suuravia/statu…

2016-06-26 09:04:32
すらびあ @Suuravia

GPCR結晶構造の400という数字を時間軸で知りたいが、CADやメドケムからすれば十分な数。 どれだけの標的で結晶構造取れてるかは、今後のお楽しみかな(笑) #Heptares

2016-06-26 08:12:35
Cheers @raintank2010

そ社懇親会の記録およびその後の調査 まず、最初に私は薬関係には全く素人ですので、間違いもあるかも知れませんし、 私の英語のListening/Speaking/Readingに間違いがあるかもしれないことご承知ください。これから連続ツイートします。

2016-06-26 11:12:01
Cheers @raintank2010

外人には通訳が一人づつ付くとのアナウンスがありましたが、懇親会開始当初はMalcolmとFionaの2人に 1人の通訳さんしかいなかった。人気のFionaには質問者が次々と現れ、Malcolmが1人でいたため彼に質問をしました。

2016-06-26 11:12:23
Cheers @raintank2010

総会で聞こうかなと思っていたのですが、総会では田村社長は内部の詳細情報は答えてくれないかなと思い 懇親会で、導出前と導出後のコンパウンドに対する研究への平均的な人の投入割合を聞きました。 導出前(2/3)と導出後(1/3)とのことでした。

2016-06-26 11:12:37
Cheers @raintank2010

彼は非常にまじめな研究者の雰囲気で、何の躊躇もなく穏やかな口調に答えてくれました。 それで、導出後の1/3の人はどんな仕事をするのか聞きました。 これまた、素直に、導出後のH社で行う治験作業とバックアップの研究で、 Mシリーズのバックアップの研究も行っているようです。

2016-06-26 11:12:51
Cheers @raintank2010

その後は、Fionaの近くで、多くの人が次々質問するの懇親会が終わる頃まで聞いていました。 以下のY掲示板のper*****さんのFionaに対する質問も記憶にあります。 goo.gl/vlguRi

2016-06-26 11:13:03
Cheers @raintank2010

彼女はStaR技術を使って、研究を進めている責任者であり、 この日は広報担当のような感じで、愛想よく皆の質問に答え、株主の不安を取り除くように振舞っていました。 3人の質問者には、メモ帳にサインとGPCRの波線の絵まで描いてサービスしていました。

2016-06-26 11:13:18
Cheers @raintank2010

複数の質問者が、Cryo-EMがStaR技術を不要にするのか心配する質問をしていました。 彼女は、Cryo-EMを使うことでGPCRの結晶化とX線解析が不要になるが、 StaR技術はGPCRを安定化することであると答えていました。

2016-06-26 11:13:43
Cheers @raintank2010

でも、Cryo-EMのコンソーシアムを率いるのは、HepatresのFounderでAdvisorでもあるRichard Hendersonであり、 Heptaresの他にもメガファーマは参加しているため、私も参加した理由が以前から気になっていました。

2016-06-26 11:14:01
Cheers @raintank2010

X線解析の施設の予約や利用制限とかに不満があるのかと思い、施設の利用状況を聞いてみました。 月に1回(1日)ぐらいの頻度でX線解析を行っており、 (100個ぐらいのサンプルを解析、徹夜もあるそうです)、利用には不便は感じていないと言っていました。

2016-06-26 11:14:17
Cheers @raintank2010

また、以下の25ページ目の説明を求めるいる人がおり goo.gl/BknxNT 私は最後の行の「US footprint」の具体的な意味を聞いてみたところ 治験の管理を行うオフィスとのことでした。時期について5年以内とのことで明言はさけられました。(残念)。

2016-06-26 11:14:43
Cheers @raintank2010

土曜日になって、Cryo-EMとはどのようなものなのか気になり調べてみました。 以下のURLでは「Cryo-EMは固定化や印を付けたりしていない標本が可能」と記載あり。 goo.gl/OJHGEW

2016-06-26 11:15:04
Cheers @raintank2010

以下のURLでは「Cryo-EM 3Dモデルは大きすぎたり・複雑過ぎたり・ 他の技術では必要な準備が難しく解析できなかった protein-based molecular machinesの仕組みの理解が可能になる」と記載あり。 goo.gl/f9mpdO

2016-06-26 11:15:21
Cheers @raintank2010

以下のURLでは「Cryo-EMは凍結乾燥された標本を低温で電子顕微鏡法で見る方法です。標本は、 染色したり固定化しない元の状態のため、 繊細な細胞組織・ウイルス・複雑なたんぱく質を分子分解能で見ることが出来ます」 goo.gl/mb00QK

2016-06-26 11:15:49
Cheers @raintank2010

以下はURLでは「X線結晶構造解析には3次元結晶が必要、電子顕微鏡を用いる場合は、 膜の中に膜タンパク質が埋まった状態の2次元結晶を試料として使える」と記載あり。(つづく)

2016-06-26 11:16:04
Cheers @raintank2010

GPCRは膜を取り除くととグルグル巻きの構造が壊れてしまうので、StaR技術で安定化した後で膜を取除いているが、 膜があったてもOKであればStaR技術は必要でなくなるのように思えます。 goo.gl/eXFSXN

2016-06-26 11:16:17
Cheers @raintank2010

記の4つのURLを総合すると、StaR技術なしでもGPCRの解析が可能なような気もしますが、Cryo-EMで構造解析する場合、 「GPCR」は「膜タンパクや繊細な細胞組織」と同等に扱えると考えてよいか私には判断できませんでした。

2016-06-26 11:16:32
Cheers @raintank2010

しかし、StaR技術で安定化できても、膜を綺麗に取り除くのは難しくて、ごみが残って結晶化が出来ない場合あると どこかで読んだ記憶がありますので、その様場合には、Cryo-EMは有効な解析手段となると思います。 以上。

2016-06-26 11:16:55