STAP細胞と核移植クローン-129X1ミトコンドリアDNAの謎
-
- いいね！7
和モガ
@wamoga
@pririn_ 不思議ですよね。考えられるとしたら、この核移植ES細胞は2005年論文のときではなく、もっと早い時期の別物だったぐらいしか。ntESG2の凍結日はかなり早い2005年1月で論文提出前ですから。それでも正式名は129B6F1G2ですからね、スッキリしません。
2016-09-02 09:23:16
🌸🍀眞葛原雪🍀🌸
@pririn_
@wamoga ミトコンドリアDNAは、129X1の過去の汚染により、129B6でもB6だったになっているわけでしょ。 twitter.com/caripso/status…
2016-09-02 09:28:59
Endo, Takaho
@caripso
@kasukawa 出なかった理由はSLC 129X1のミトコンドリア・イブがB6だからでしょうね。１塩基ですが129ならはっきりと違いが分かります。 おそらくJAXでのコンタミというのはB6のメスで、雑種強勢のおかげでコンタミを経たマウスがドミナントになったものと解釈しています
2015-01-27 14:24:20
🌸🍀眞葛原雪🍀🌸
@pririn_
@wamoga 核移植ES細胞を見分けるにはミトコンドリアDNAと核のDNAの矛盾をみればいい。受精卵ES細胞だと、129B6のmtDNAは129、B6129のmtDNAはB6になりますが、核移植ES細胞はインジェクションした先の細胞のmtDNAになるので核のDNAと違う場合が
2016-09-02 09:31:02
🌸🍀眞葛原雪🍀🌸
@pririn_
@wamoga あります。でも、129X1のmtDNAが遠藤博士とnサイエンスが述べるように20年前の汚染でB6になっているのであれば、129B6へ打ち込んでも、B6129へ打ち込んでも、ミトコンドリアDNAはともにB6で区別ができない。
2016-09-02 09:32:33～§～§～§～§～§～§～§～§～§～§～§～§～§～§
Takeya Kasukawa
@kasukawa
ミトコンドリアも見たけど，そこから何も言えるような結果が出なかったんだよw そもそも strain specific なミトコンドリアSNPとかほとんどないしね
2015-01-26 23:01:11
Endo, Takaho
@caripso
@kasukawa 出なかった理由はSLC 129X1のミトコンドリア・イブがB6だからでしょうね。１塩基ですが129ならはっきりと違いが分かります。 おそらくJAXでのコンタミというのはB6のメスで、雑種強勢のおかげでコンタミを経たマウスがドミナントになったものと解釈しています
2015-01-27 14:24:20
Takeya Kasukawa
@kasukawa
@caripso おそらく GRCm38 でいうところの chrM:15123のSNPのことですね。これ期待していたのですが駄目で、Sanger の resequence データ見てみたら、129系では129S1だけしかSNPになっていなかったんですよね。
2015-01-27 15:45:27
Endo, Takaho
@caripso
@kasukawa そのSNPです。 例のデータでもEpiSCとTSは129系ですが、これらにはRNAseqでもその場所に変異が観測されます。 確か他のデータでもR1を使ったものは観測できた記憶がありますが、これの母親は129X1だったような。
2015-01-27 16:19:20
Endo, Takaho
@caripso
@kasukawa どちらにせよ、核移植ESの特徴であるミトコンドリアの配列と核ゲノムの不一致は元々観察されない系だったわけです。 ntESとは親の系統も違うので結果的には問題にならなかったのですが。
2015-01-27 16:22:06～§～§～§～§～§～§～§～§～§～§～§～§～§～§
🌸🍀眞葛原雪🍀🌸
@pririn_
@wamoga ntESとして提出されたES細胞が実は受精卵由来で、受精卵由来として提出されたものの中に受精卵由来と核移植とが混ざっていたとしたら、便利ですね。
2016-09-02 09:34:17
🌸🍀眞葛原雪🍀🌸
@pririn_
@wamoga クローンは全能性を持っているから胎盤形成能がある。129X1B6の核を移植した129X1B6、B6129X1、129X1、B6の卵達のミトコンドリアDNAはB6で、B6129の受精卵ES細胞とミトコンドリアDNAはB6で同じ。
2016-09-02 09:42:39
🌸🍀眞葛原雪🍀🌸
@pririn_
@wamoga ただしそれは、遠藤さん、Nサイエンスさんの129X1の２０年前の汚染（これは本当）でミトコンドリアDNAもB6になっている場合。mtDNAはSNPsが少ないので、前ゲノム解析するしかないけれどそういう論文は探せていません。
2016-09-02 09:44:07
和モガ
@wamoga
@pririn_ ですね。mtDNAのB6ですが、FLSを作った129X1が核移植ES細胞によるクローンマウスだった可能性もありますね。若山研の移管書に129/Svの核移植ES細胞がある。
2016-09-02 10:45:16
🌸🍀眞葛原雪🍀🌸
@pririn_
129X1のミトコンドリアDNAは本当にB6だったのかは全ゲノム解析すればわかるはずです。 #STAP細胞 @wamoga pic.twitter.com/kw6NYu66ha
2016-09-02 11:42:55
拡大
和モガ
@wamoga
@pririn_ 飼育会社で129のミトコンドリアがB6になるって、いくらなんでもそれはないだろうという気がしますが。研究室でのマウスの購入手続きって以外に面倒くさいんじゃないですかね。ジャームラインの確認で市販129マウスは必須ですが、購入した形跡はあるんでしょうか？
2016-09-02 14:19:57