「糖鎖インフォマティクスシンポジウム」つぶやきまとめ

例によって例のごとく私自分用まとめ。ハッシュタグglycoinfoの発言に、その周辺の人のつぶやきを少し足し引きし...たはずなのですが、まだ過不足あるかも知れません。編集自由です。シンポジウムのページはこちらから http://www.rings.t.soka.ac.jp/symposium/
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Maori Ito @maoringo

第1回糖鎖インフォマティクスシンポジウム http://p.tl/HGM9 地味に懇親会費が安くなっている。

2011-02-24 22:39:11
Maori Ito @maoringo

一つは出来るかなぁ~~明日のシンポジウムでオネムにならないようにしないと・・・

2011-02-25 02:51:52
Maori Ito @maoringo

糖鎖インフォマティクスのシンポジウムが始まってます。CSEditor:2次元分子構造描画ツール。どこがO1かなども分かるらしい。Windowsのみなのが残念。http://glyconavi.org/cseditor/download.htm

2011-02-25 10:44:29
Maori Ito @maoringo

化合物が登録されていればDBを表示できる機能もあるとのことです。

2011-02-25 10:47:45
Maori Ito @maoringo

言葉でも構造が検索できたら便利かもしれないですね~~との質問。他のアプリケーションで既にある?

2011-02-25 10:50:53
Maori Ito @maoringo

化合物DBのReferenceを見ればその化合物を作った人も分かるらしい。

2011-02-25 10:53:55
Maori Ito @maoringo

しばしタイムライン荒らしますが、悪しからず。

2011-02-25 10:54:10
Nakazato T. @chalkless

@maoringo 化合物DBってみんな何を使っているんかなー

2011-02-25 10:55:22
Maori Ito @maoringo

そうなんです。糖の構造式とか表記方法とか情報系の人は最初慣れないんです。

2011-02-25 10:56:05
Maori Ito @maoringo

@chalkless んーなんでしょう。今後の発表であったら報告&聞けたら聞いてみます。

2011-02-25 10:57:19
Nakazato T. @chalkless

@maoringo ...多分、KEGGの中の何かだろうけど。。。PubChemとかChEBIとか。まぁ、いずれにしても使いにくいような。。。

2011-02-25 11:00:14
Maori Ito @maoringo

産総研の様々なDBとそれを統合して検索するプロトタイプ。

2011-02-25 11:00:52
Maori Ito @maoringo

Glycoscience Explorerでキーワードによる統合検索ができる。(今はα版で4月に最新版を公開予定とのこと)http://jcggdb.jp/idb/jsp/GlycoExplorer.jsp

2011-02-25 11:02:44
Maori Ito @maoringo

論文と特許やデータベースに共起する専門用語の頻度を計算して検索結果を出力。

2011-02-25 11:08:14
Maori Ito @maoringo

糖鎖構造検索も統合されたらしい。構造や部分一致など様々な検索方法があるみたい。ここで使ってる化学構造検索エンジンはJChem Baseとのこと。http://jcggdb.jp/GlycoChemSearch/

2011-02-25 11:19:38
Maori Ito @maoringo

糖鎖関連遺伝子や糖転移酵素など色々なDBもできつつある。#glycoinfo

2011-02-25 11:26:30
Maori Ito @maoringo

遺伝子発現情報から合成され得る部分糖鎖構造を予測するための支援システムも開発中。#glycoinfo

2011-02-25 11:28:17
(^_^)/ @_shk

お砂糖のインフォに途中から参加中。とにかく鎖がかわいい。

2011-02-25 11:30:54
Maori Ito @maoringo

糖タンパク質統合DBを作成中だが、産総研での実験からのデータや論文からデータを取ってきているが情報が少ないなどもあり、まだ公開してない。#glycoinfo

2011-02-25 11:31:12
Maori Ito @maoringo

病原体と宿主の結合情報に関するDB http://jcggdb.jp/search/PACDB.cgi 論文から情報を抽出。#glycoinfo

2011-02-25 11:32:22
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