bulk solvent modelingについて？

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp そこが感心するとこなんやけど>James。モデル入れるやん。マスク描くやん。溶媒んとこに電子を適当に（いや適切に）入れて溶媒領域の電子密度をちゃんと作る→SFALLにてFにする。しかも境界領域をぼやかしたマップ描いて。これで溶媒領域のFもでけると。

Mamoru SUZUKI @MamoruSUZUKI

SFALLってFの位相情報も出力してくれるのでしたっけ？もしそうなら、足せるね。 @kun32xu PDB座標でタンパクと部分構造を別々にアサイン→SFALLで各Fを作って→SFTOOLSで足す的な。使えそうやろ？

ひ○たく @kun32xu

あ、不親切ですみません。SFALLは位相も計算可能です。RT @MamoruSUZUKI SFALLってFの位相情報も出力してくれるのでしたっけ？もしそうなら、足せるね。

K. Yam @yam_cpp

備忘録．phenixの言うFmodelはFcalcにBulk solventの効果を入れてanisotropic scalingしたもの．

ひ○たく @kun32xu

よくよく考えるとBulk solvent考えるのなんて通常のrefinementでFobsを説明するためには常にやってるわけで。JamesがえらいのではなくTronrudが偉いわけね。ごめんよTronrud。 RT @yam_cpp: 備忘録．phenixの言うFmodel

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp ところでそのFmodelってMTZから手に入る？？

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu phenix.refineするときにexport_final_f_model=mtzを付けておくと，FmodelもFcalcもMTZの中に入ってきます（このオプションが無いときはmap用のmtzしか書き出されません）．

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp その計算ってどうやってるかご存じ？プログラム何使ってるとか。ぐぐれかすって言わずにおせーてくれー。

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu TronrudってBabinetの人でしたっけ．phenix.refineはBabinetでなくてsolvent maskでbulk solventをモデルしてます（念のため．．）

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu あ，ちょうどタイミングが悪かったような，よかったようなでした．phenix.refineはタンパク座標からsolvent maskを決めてksol,Bsolを求め， http://bit.ly/eYXCja この式でFmodelを計算してます．

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu FcalcとFmodelのもう少し詳しい説明（Bulk solvent modeling & Anisotropic scaling）は， http://bit.ly/i9xPjZ このスライドの4~7ページ目あたりにあります（この返し，まるでぱべるさん．．）

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp あぁ、ちょうど良かったｗ　でその式の大元の考案者がTronrudでは？溶媒領域の境界のぼやかし方。資料サンクス。ちなみにFobsがないと、計算できないんかな？プログラムは何？

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp なるほど。資料とってもいいですね。PHENIX勉強しよー after 時間ができたらｗ

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu Tronrudさんって実は初めて聞きました．簡単に調べたところBabinetの方法の考案者っぽいんですが，合ってます？ksol,Bsolは実験値をターゲットにrefineするので，Fobsが無いと決められないと思います．プログラムはPhenixです

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp おぉ、あの式をBabinet's principleというのか。すみません。知りませんでした。境界をB-factorでぼかす、という意味では同じような意味の印象を受けたんだが違うかな> REFMAC .vs. PHENIX。なんでもそうかｗ

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp そうそう。プログラムはPHENIXなのは分かるｗごめん。PHENIXってCCP4とかSOLVEとかプログラムをつなげているスクリプトではなく補完するプログラムを持っているのね？そうやとするととんでもなく勘違い。

ひ○たく @kun32xu

補間→「何らかの計算をして次につなげるなど」RT @kun32xu: @yam_cpp PHENIXってCCP4とかSOLVEとかプログラムをつなげているスクリプトではなく補完する

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu 原子座標からつくった構造因子で溶媒領域も説明するのがBabinetで，Mask領域の構造因子を考えるのがsolvent mask（この場合二値とGaussianモデルのどっちか）って呼ぶんだと思います．たしかRefmacは前者，CNSとPhenixは後者です．

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu PHENIXは，AutoSolやAutoBuildは中でPhaserだったりResolveだったりしますが，phenix.refineは完全にオリジナルなプログラムだと思います．敢えて依存していると言えば，CCTBXかと．

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu そんなわけで，私のイメージでは，PHENIX＝phenix.refine＋Phaserなどの最新版（自動処理機能付き）＋便利スクリプト集，って感じです．あとMolProbityを同梱しててValidationも良い感じですね．

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu ・・というわけで，Fmodelを計算しているのは，（たぶん）正確に言うなら，CCTBXに含まれるMMTBXパッケージのお仕事ですね．

ひ○たく @kun32xu

なるほど。勉強になりまする。>solvent model。phenix.refineはオリジナルなのか！？びっくり。ってか使ったことないけどｗ。なんか、すごい営業トークで、財布をポケットから出しかけてるとこ　RT @yam_cpp: @kun32xu 原子座標からつくった構造因子

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp そしてFmodelがよさげなので、MLFSOMに突っ込もうかなぁと思っていた野望は今、若干うちひしがれたのだった。ちゃんちゃん。

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu phenix.refineは水も自動で更新してくれますし，TLSもAnnealingも使えます．rigid_bodyも低分解能側から攻めていくので収斂半径が大きくて素敵です．rotamerベースの側鎖のフィッティング機能も付いてて，これは結構効くことがあります．

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu ksol,Bsolは今までの構造の統計などからある程度妥当な値を推定できるかもしれません．anisotropic scalingの効果も入れれば分解能の異方性もモデルできますね（これはやってみたいかも．．）＞FmodelをMLFSOMに