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異常散乱の小さいデータから位相決定するには?

いつか再開するつもりなので,まとめておきます.
jpxtal
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K. Yam @yam_cpp
統計値からanomalousの寄与が全然無いように見えても,DANOに精密化済みモデルのPHIC-90°を付けてマップを描いてみたら,異常散乱原子の周りにはクッキリとマップが現れた.これで位相が決められるかどうかは別問題だけど,意外にちゃんとsignalはあるんだなと認識.
ひ○たく @kun32xu
検出器の性能評価とかするときはわざとanomalous寄与が小さいような波長にしてDANOマップのピーク積分値の差を比較してました。知ってると意外に実験バリエーションが増えますよね。RT @yam_cpp: 統計値からanomalousの寄与が全然無いように見えても。。。
K. Yam @yam_cpp
重原子の寄与が小さくてもsignalは確実にあるのは分かったけど,じゃあそれを最初から見つけて位相決定に持っていくには..どうすればいいんだろ.寄与が弱いときの位相決定.
K. Yam @yam_cpp
@kun32xu なるほど!結晶の性質が一定なら確かに良い評価基準ですね.ちなみに限界でどのくらいの寄与まで検出可能だったのでしょうか.もし覚えていれば…
ひ○たく @kun32xu
@yam_cpp これは僕らも興味深いんですね。詳しく追いかけたことはない。SSAD実験ではBL38B1では波長0.9A成功してるらしい。f”の数値からいくとベランメイですよね。あ、息子が風呂から、、、、パジャマ着せます。のちほど。
K. Yam @yam_cpp
@kun32xu いま調べたら0.85AのS-SADに成功してるんですね.f''=0.1771..LysozymeだからSは10原子/129残基で,|F|への寄与は0.9~1%程度ってところでしょうか.具体的な解析方法はどこかに載ってますかね
Shinya Fushinobu @sugargroove
0.85AのS-SAD...ストイックにもほどがある。
ひ○たく @kun32xu
@yam_cpp おまちw。もう少し細かい計算をするとバイフット比(1A)=0.72%、1.5A=1.5%、1.9A=2.3% for Lysozymeだそうです。過去フォルダから発掘したので計算自体はうさんくさいですが・・・。データ取ってSHELXC/D/Eしか・・・
ひ○たく @kun32xu
@sugargroove 確かにw>ストイック。Lysozyme 短波長S-SADオリンピック的なノリの論文が出たときからビームラインスタディの一環として(?)やってたみたいです。
ひ○たく @kun32xu
@yam_cpp これMLFSOMネタじゃね?w。完全に「誤差フリー」のデータが取れたとき、どのくらいのf''(もしくはバイフット比)で「重原子が見つかるか」とか、系統だってやってくと面白そう。
ひ○たく @kun32xu
@yam_cpp もちろん、データの分解能(結晶の回折能)にも依存しますね。BL38B1のLysozymeの例だと高分解能(例:1.2Aとか)でデータをとる必要があったらしいです。つまり(回折能があるので)シグナルもきれいにとれてるし、情報量も多いってのも。
ひ○たく @kun32xu
@yam_cpp anomalousな原子の寄与 (演算子) リダンダンシー (演算子) 分解能 = 判定基準値 > threshold で解ける、ってイメージ(広範すぎで汚いw)。演算子は「ファンクション」を含むなり。
K. Yam @yam_cpp
@kun32xu Ranom/Rpim>1.5という基準もあるようですね.redundancyも重要とよく聞きますが,decayなく高い冗長性で取ることはなかなか難しいですよね..誤差フリーの場合に重原子を見つけられる限界点は私も気になります.
K. Yam @yam_cpp
@kun32xu 実践的な解析の方法としては,もうひたすらShelxやら他のソフトを,色んな条件(分解能,サイクル数,重原子数,..)で掛けて,データ処理も色々な条件(吸収補正など)でやったものをとにかく試す,くらいしか無いのでしょうか.私はあまり賢いやり方を知りません..
ひ○たく @kun32xu
@yam_cpp Ranom/Rpim > 1.5 とかもはや都市伝説的な雰囲気を感じてしまう・・・。B.C.Wangだったか、確かその手のthresholdを昔提案してて、ACA2008のパターソン賞受賞講演なのに「あれ間違ってたやろ」ってボコボコにたたかれてたな。
ひ○たく @kun32xu
@yam_cpp 実験的に決めるのがよいと思うけれど、多くの条件を調査しようとすればするほど、「結晶の不均質さ」に頭を悩ませるはめになる。回折能、結晶の形状、凍結具合・・・損傷のない結晶があればそれをずーっと使えばえんやけどね。
ひ○たく @kun32xu
@yam_cpp 1年くらい前に出てたS-SADの論文に評価プロトコル(といっても、SHELXDを1000サイクル、最大分解能でまわす、とか)が出てました。個人的主観で言わせてもらうと、データ評価にもっと良いパラメータが(既存のやつの)他にあるんじゃ?と胸を膨らませてたりします。
K. Yam @yam_cpp
@kun32xu 実はその基準を参考にしたことは無かったんですが,まさか晴れの舞台ボコボコにされるほどのものだったとは….SigAnoがかなりあってAnomCorrも高角まで十分あるようなケースは別として,微妙なラインで解けるかどうかを判断するのは難しそうですねえ
ひ○たく @kun32xu
@yam_cpp そうね。家族の前で・・。僕は泣きそうになりましたよ。>Wang。実験が最重要なのはさておき、微弱Anoシグナルを効率よくとる術はやはりシミュレータが熱いのでは?と思ってます。時間作ってそのへんはやりたいです。いや、やるぞ!このやろー。
K. Yam @yam_cpp
@kun32xu タンパクの座標と,f',f''理論値からI(+),I(-)を作ってシミュレーションってことですか?どのくらいちゃんと取ればDANO Patterson上にピークが出るのか,とかちょっとやってみたいですね..って,そういうことじゃなかったりして..
ひ○たく @kun32xu
@yam_cpp ねてねーのかw。そそそそ。MLFSOMをぱくるとそれも簡単にできる。PDB座標でタンパクと部分構造を別々にアサイン→SFALLで各Fを作って→SFTOOLSで足す的な。使えそうやろ?
ひ○たく @kun32xu
@yam_cpp 後は位相に誤差を入れてってDANOピークがどうなるかとか、夢は広がるが論文は増えないかなぁ・・・www。でも素朴な疑問って大切よねw

コメント

ひ○たく @kun32xu 2011年3月4日
位相が美しければ、微弱シグナルでも十分にDANOピークが見える、ということでもあるってことも重要ですね。
Nobuhisa Watanabe @ishi_game 2011年3月4日
まもちゃんの,JPXTALを復活させたいっていう野望は,これ(togetter利用)でいいんじゃないの? 140字は厳しいけど日本語ならなんとかなりそう… #jpxtal
Mamoru SUZUKI @MamoruSUZUKI 2011年3月4日
波長で0.6A、分解能0.9Aのデータでは硫黄の異常散乱(f"calc=0.088)は見えています。 S-SADは成功していません。
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