@gaou_akによるライブシーケンス解説
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Yh_Taguchi
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Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
ライブシーケンスの配列ですが、ようやく今になってチェックしています。最終的に44,746本、365Mbp読みました。read N50が19,285bpです。 #ngs5 #ngsfield #MinION現場の会
2017-05-25 22:55:12
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
あまり何も考えずCanu 1.5につっこみアセンブル。結果、全くフィルタリングすることなく、４本のcontigが。ただし最長の3,449,825bpがほぼ推定ゲノムサイズ（約3.5Mbp)。N90までこの配列。 #ngs5 #ngsfield #MinION現場の会
2017-05-25 22:57:07
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
というわけで、「現場の会でライブシーケンスしたMinIONランで、新種の微生物ゲノムが労せず一本に繋がった」と多分言っていいんだと思いますが、今からもう少し詳しく検証します。 #ngs5 #ngsfield #MinION現場の会
2017-05-25 22:58:17
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
まず環状化を確認。Illuminaでも読んでいるのでIlluminaアセンブリに、今回のアセンブリの両端2000bpをBLAT。予想通り一本のcontigに約40kbp離れて当たる。コンプリートゲノムと言って良いですね。 #ngs5 #ngsfield #MinION現場の会
2017-05-25 23:05:07
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
残りを見てみます。1番目が3.45Mbp。２番目が175kbp。3、４番目が13kbp。3,4番目の配列見てみます。、、、見るからにゴミです。捨てます。 moby.to/lvvrdh #ngs5 #ngsfield #MinION現場の会
2017-05-25 23:09:28
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
Prokkaをかけて遺伝子を見てみます。ちょうと異様にhypotheticalが多くて、IS/phageっぽい配列も多いです。プラスミド複製関連の遺伝子は見当たりません。やはりゲノムの難しい領域のアーティファクトでしょうか。 #ngs5 #ngsfield #MinION現場の会
2017-05-25 23:28:30
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
さて、こっからが少し面倒な検証になります。まずはcontig2をcontig1（=chromosome1)にblatします。あー、ほぼ全長があたりますね。プラスミドというより、なんらかのミスで入ったもののように見えます。 #ngs5 #ngsfield #MinION現場の会
2017-05-25 23:16:49
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
というわけで、厳密にはもうちょっとちゃんと見た方がいいし、少なくともアラインメントをゲノムブラウザである程度全域眺めた方がいいですが、ひとまずcontig2も捨てて、contig1のみで染色体とします。 #ngs5 #ngsfield #MinION現場の会
2017-05-25 23:29:34
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
結論：新規バクテリアのコンプリートゲノムは、学会で発表したり聴いたりしながら会場でシーケンスできる。 #ngs5 #ngsfield #MinION現場の会
2017-05-25 23:30:44
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
・・・こうしてこの世界にまた一つ新たなトリビアが生まれた・・・ト〜リ〜ビ〜ア〜♪ん誰か来たようだくぁwせdrftgyふじこ
2017-05-25 23:32:20
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
あ、ちなみにcanuかけるところまでは会場でやりました。その後放置して今にいたるので、サーバ自体は遠隔でラボのものを使いましたが、会場でシーケンシングとアセンブリーまでやった、とは言っていいと思っています。
2017-05-25 23:40:19