kwgさんのencode drosophila papers まとめ

三本一気にまとめてみた。
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KAWAJI, Hideya @kawajihideya

さて、今朝はmodENCODE: Drosophila transcriptome

2011-04-21 08:36:42
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

キャッチフレーズは「full annotation of transcribed elements」

2011-04-21 08:37:05
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

fig 2.は、discovery of new snoRNA. タイトルが discovery of small ncRNA、となっているのは、キャッチーに、ということで。しょう。

2011-04-21 08:39:04
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

図にはなっていないけど、primary miRNA の話もある。putative primary miRNAを23個同定。そのうちのたった2個が既知。12個については、CAGEでTSSまで同定されている。

2011-04-21 08:41:54
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

fig 4. は、regulatory splicing. 一見ありがちなヒートマップだけど、スプライシングイベントであること、そのスプライシングはこの実験で同定されたものであること(exon arrayじゃない)、発生過程で追ってること、が他とはぜんぜん違う。

2011-04-21 08:44:37
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

fig 5. はRNA editing. 図の見せ方がとてもスマート。ヒートマップが edit ratioと発現量の二次元に展開されている。参考になる。

2011-04-21 08:46:53
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

fig 5. はRNA editing. 図の見せ方がとてもスマート。ヒートマップが edit ratioと発現量の二次元に展開されている。参考になる。

2011-04-21 08:46:53
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

そこそこオモシロい労作、という印象。

2011-04-21 08:48:33
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

Graveley BR, et al. The developmental transcriptome of Drosophila melanogaster. Nature. 2011 471:473-9. PMID:21179090 、でした。

2011-04-21 08:52:17
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

今日は、またまたmodENCODE: Drosophila。でも最近の、cis-regulatory mapのヤツとchromatin stateのヤツをえいやっとやります。

2011-04-22 08:02:34
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

まずはmodENCODE: Drosophila cis-regulatory map。

2011-04-22 08:03:00
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

Nègre N, B, cis-regulatory map of the Drosophila genome. Nature. 2011 471:527-31. PMID: 21430782.

2011-04-22 08:03:43
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

300 ものChIP-seq (incl. 8 chromatin, 5 histone, 38 TFs)から 20,000のregulatory elementを予測、その一部をvalidated.

2011-04-22 08:04:32
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

転写因子がいっぱいくっつく、accessibleな領域 (いわゆるHOT領域)が2000、新規のTF co-binding関係を数百、TF network / 800 regulatory relationship。

2011-04-22 08:05:21
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

Fig1 はデータのoverviewで、Fig2がHOT領域。worm では既に報告されてて、ヒトでも見つかっている(unpublished)けど、flyでは初報告?Fig3 はTFBS overlap。

2011-04-22 08:06:56
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

印象にのこったのは、「HOT領域ってよくわかんないよー」という叫び。普通のco-regulationとはひと味違う感じ。

2011-04-22 08:08:00
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

次はmodENCODE: Drosophila chromatin。

2011-04-22 08:08:21
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

さっきのは、転写因子に注目してたのだけれど、この論文は、染色体やクロマチンの構造や動態に注目。

2011-04-22 08:09:06
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

18 chromatin marks => 9 combinationへ。

2011-04-22 08:10:43
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

DNase I, GRO-seq, long/short RNAともくみあわせたところ、long, short RNAの転写とか、exon, regulatory element, polycomb target他はchromatin markで区別できることがわかった。

2011-04-22 08:10:47
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

Fig1, 2は機械学習で得られた状態の特徴と例。Fig2は、ゲノム軸一直線に並べるのではなく、ヒルベルト曲線(フラクタル図形の一種)として配置してみました、的な。オモシロいひとにはオモシロい感じ。

2011-04-22 08:11:39
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

Fig3: gene modelを軸にしたクロマチンマーク。(b) は "coding exon ratioの多い少ない"がクロマチンマークで綺麗に分かれる、という図。exonが特徴的なパターンを示すのだから、当たり前といえばあたりまえ。

2011-04-22 08:12:20
KAWAJI, Hideya @kawajihideya

Fig 4. は Polycomb-mediated repression の示す、特徴的なパターン。

2011-04-22 08:12:56