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Hironori Suzuki @HironoriSuzuki
二つの画像を比較して、画像を引き算して差分を出すソフトって無いかなぁ。
Hironori Suzuki @HironoriSuzuki
@yam_cpp ありがとうございます~♪たぶんやられてると思うけど、結晶条件スクリーニングしたとき、結晶出てないとき(仕込んだ直後)と結晶出たときの写真を引き算したら、結晶だけ見えないかなぁとwたくさんスクリーニングすると、観察だけでも大変なので。
Hironori Suzuki @HironoriSuzuki
@yam_cpp で、試してみた。そこまで綺麗に結晶だけ抽出できないですね。 http://ow.ly/i/aGrY ちなみに沈殿はこんな感じ。 http://ow.ly/i/aGs5 あとドロップの位置がずれるとわけが分からなくなるw  http://ow.ly/i/aGs6
K. Yam @yam_cpp
@HironoriSuzuki 左上のところが結晶ですよね.これで他の部分に全く出なかったら,かなり実用的なモノができそうですね.もうちょっと突っ込んだ操作が要りそうですが~画像処理なら@shinodatterがお手の物?
Hironori Suzuki @HironoriSuzuki
@yam_cpp そうです。>左上が結晶 ロボットを使ってスクリーニングする場合、定時撮影してくれるのでいいかと思ったのですが、簡単にはいかないようです。私の乏しい画像処理知識だと、コントラスト比を変えたり、スムージング?(沈殿を消すため)くらいしか思いつきません。
K. Yam @yam_cpp
@HironoriSuzuki 大きい結晶だけなら簡単かもですが,微結晶とかを漏れなく検出するのは結構難しいかもですね..でも企業とかでは自動的な何かを使ってそうですよね.
tkfkm @tkfkm
@yam_cpp @HironoriSuzuki 自動検出は難しいですね。何年か前に調べた時は画像解析で結晶検出を謳っていたのはCrystalFarm http://goo.gl/ocSNJ だけでしたが、検出率はあまり高くなかったような。結局、並べて見比べるのが一番確実。
shinodatter @shinodatter
@HironoriSuzuki @yam_cpp 画像からの結晶の検出は難しいですよね。試した事は無いですが画像全体を「2次元フーリエ変換」すると大まかに結晶の存在を予測できると思います。その後「エッジ検出」や「ハフ変換」を用いて結晶位置を求めると綺麗な結晶は検出できそうです。
tkfkm @tkfkm
@shinodatter 先のCrystalFarmのソフトでもそうしているとの話でした。綺麗でない現実の結晶を検出するのが難しい。。Clearだけは比較的簡単に除けるようですが。
Hironori Suzuki @HironoriSuzuki
@tkfkm @yam_cpp @shinodatter ええ、画像による結晶検出が難しいのは昔ちょっと論文で読んだことがあります。ただ、その場合、@shinodatterさんが仰るような方法で、1枚の画像から検出してたと思います。そこで複数の写真を使って、差分で見えないかなとw
Masahiko Hiraki @bananamilk500
@shinodatter 「エッジ検出」「ハフ変換」は常套手段ですね。「微分」とか「Sovel Operator」とかも。何かの解説記事か本に書いたような気がしますが昔の話なので忘れてしまいました。ヨーロッパのどこかのラボがループ中の結晶を見つけるソフトを公開していました。
tkfkm @tkfkm
@HironoriSuzuki 撮影時の位置ずれ(x-y)を差分が最小になるようにして補正すれば実用になる?焦点位置の違いによる画像の大きさの変化はどうやって補正するのだろう?
Hironori Suzuki @HironoriSuzuki
@tkfkm @yam_cpp @shinodatter 今回は思いついたので取りあえずやってみて、結晶有り無しの写真で差分を取るとこうみえるんだと経験出来たので、ある程度満足ですw画像処理はさっぱりな人なので、これ以上は出来ないというのもありますが。
Masahiko Hiraki @bananamilk500
@tkfkm ドロップがあるときは、蒸発などによるドロップの形の変化があるので、何かでマスキングしないと難しいかもです。
Masahiko Hiraki @bananamilk500
@tkfkm 御意<結局、並べて写真を見るの。
tkfkm @tkfkm
@bananamilk500 そうか。気がつかなかった。。>蒸発などによるドロップの形の変化
Masahiko Hiraki @bananamilk500
@hironorisuzuki あの画像の差分はむかーしやったことがありました。
Hironori Suzuki @HironoriSuzuki
@bananamilk500 @tkhkm 並べて観察が確実なのは、間違いないですね(^^;)upした写真だと、ウェル自体も光の加減で見えてたりしますし、蒸発+ドロップが動くため、ドロップ自体も認識されていますね。撮影時の位置ずれはほとんどない気がしますが、どうなんでしょう?
Hironori Suzuki @HironoriSuzuki
@bananamilk500 やっぱりw自分が考えてることはもう誰かがやっている by私の先輩より
Masahiko Hiraki @bananamilk500
@tkfkm 今、注目しているのは、第二次高調波発生(SHG)を使った結晶認識。今はスキャンに時間がかかるのと、装置の値段が高いのがネックですが。
Masahiko Hiraki @bananamilk500
@hironorisuzuki プレートをちゃんと押さえて位置を固定するようにしているので、それほど大きくはないと思いますが、ゼロではないと思います。ウェルが写っているので、それを使って画像の補正をすれば、もっと精度はあがるはず。
tkfkm @tkfkm
結晶の検出も便利だけど、透明・沈殿・結晶と画像分類をして欲しいなぁ。結晶化条件との相関分析も込みで。
tkfkm @tkfkm
@bananamilk500 噂には聞いてますが良く知らない。調べる。。>SHG なるほど。偏光を示さない結晶でも見えるのかなぁ?
Hironori Suzuki @HironoriSuzuki
@bananamilk500 なるほど、確かにほんのわずかなずれでも、差分では検出されてしまいますからね。と言っても、私にはそこまでの能力はないです…まぁそのうちそのうち(で、やらないw)
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