X線による蛋白質結晶の損傷

ひ○たく @kun32xu

ジェームスの世界BLでの結晶損傷具合の比較資料：http://j.mp/lYG23j　まぁ、「同じ露光時間」だとすぐ死ぬといわれても仕方ないよね。物理現象だし。それを補って余りあるメリットを感じてもらえないようでは。はりきろう。

Naoki Sakai @nsakaii

@kun32xu 参考になりました＞損傷具合の比較資料

ひ○たく @kun32xu

@nsakaii ジェームスまじやばいっす。やろうとしたことを調査すると必ず行きあたる。しかももはやXFELで遠い世界にｗ。BioSync情報なので、ビームサイズとかフラックスとかは使う前によくBLのHPで確認してくらはい。

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@kun32xu やはりビームラインが違っても、放射線の当たった量（dose rate ですよね？）が同じなら実測値も同じになるんですよね？そこにビームラインの特性を出すことは無理ですか？ビーム形状を工夫して、結晶が死ににくくなるとか…

Naoki Sakai @nsakaii

@kun32xu らじゃ直接聞いてみます．でかいビームだと測定する結晶のサイズに依存するんかな．

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki 少し正確にいうと、結晶が吸収するエネルギー量を吸収線量(absorbed dose)として、その大小によって損傷はある程度、予測可能です（ヘンダーソン/ガーマン限界 20-30MGy）。同じエネルギーだったら単純に入射光子数で計算しても可。

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki ビームラインが異なっても吸収線量が同じならば基本的に損傷も同じ、と考えれば同じ吸収線量で「高い分解能」が撮れるビームラインがえらい、ということにはなる。つまりそこについては空気散乱とかいろんな効果が入ってくるので少しややこしい。

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki で、dose rateという言葉は、このエネルギーを吸収するスピードのことです。つまり、同じビームラインでアッテネートせずに1sec露光で撮るか、アッテネートして同じ光子数を10secかけて入れるとdose rateは10倍異なる。

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki dose rateは大きいほど、温度上昇も早いので光電効果で飛び出していった電子が作ったそのへんのラジカルが動くスピードも速くなんじゃねーの？ということもいくつか報告されてる。なので同じ1secでもビームが小さいほど、フラックスが強いほど

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki 損傷はシビアになる可能性が高いのです。ということからすると、小さくて強いビームラインの場合にはアッテネータをたくさん入れて、露光時間を延ばしましょうね、という結論にもなりかねないところが悩ましい。

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki ビームサイズを変えて結晶サイズに合わせるなどの工夫はやってみてます。ありがとう。色々何か思いついたらまた教えてくださいね。yamada5963は確かラジカルスカベンジャーとか試しているのではなかったですか？

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@kun32xu ヘンダーソンリミットに関しては聞いたことがあります。もう少し聞きたいことを詳しく言うと、例えば正方形の結晶の場合、全てが入るようにx線当ててデータセットをとるのと、ビームを長方形にしてある角度では一部は入らないが、一周とると全て入る場合は損傷は変わりませんか？

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki 回転が入るとややっこしいんですが、確かにそれは変わります。が、回折強度も変わりますね。大きい結晶に小さなビームを照射する場合は、回転によりフレッシュ体積がコウロに入ってくるので、その分、損傷は少なくなったようにみえる。問題は予測しにくいことです。

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@kun32xu おっとっと…のんびり書いていたら、色々と解説ありがとうございます。どこまでがビームラインの特性としてできることなのか、結晶をより生かすにはどうしたらいいのか、ふと疑問に思ったので。ラジカルスカベンジャーについては、どこまで進んでいるのかわからないです…

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki 結晶の形状、不均質さ、さらには扱いやすさによったり・・・。王道はない気がしますがＢＬの特性が自分の結晶とマッチするかどうかは大事ですよね。損傷見積プログラムRADDOSEはたぶんBL担当の人が持ってますから遊んでみてください。世界が変わるかも。

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@kun32xu 酔っているので、くだらない質問で申し訳ないです…先程の資料でdose rate と損傷時間が相関していたので、疑問に思ってしまいました。RADDOSEはPF のugui に入ってた気がします。しかし、生物系の人はどこまで考えてビームラインを選んでいるのだろう…

ひ○たく @kun32xu

@nsakaii カンヨク間違いなしの結晶ならばもちろん結晶サイズに依存するっす。RADDOSEにはいずれも入力可。てか、BESSYにインド人の知り合いがいるんだが(Karthik君）彼はRADDOSEを開発してた人。nsakaiiがいったらよろしく、と言っておいたよｗ

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki いえいえ、とんでもない。興味を持ってもらい、かつ、意見を聞けたのでとってもうれしかったです。dose rateについてきっちり調査した論文はたぶんないです（常温のはあったはず）。がんばるす。UGUIはすごいな。ビームラインの選定は僕も興味あるっすｗ

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@kun32xu ありがとうございます。ずっとPFばかりだったので、x線が強いか弱いか位しかあまり考えた事がなかったので…ビームラインは出来れば、自分でいじってみたいと思ってます。知識も経験も何もかも無いですが(^^;

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki 小さな疑問は大きな力、ですよね。ユーザの皆さんのそういうのにたくさん答えたいのですがなかなか、、、BL仲間としてこれからもよろしくです。ぺこ。ビームの形と結晶の形はなんらかまとめてはいきたいです。ありがとうございます。