昨秋の「水素原子が見えた」報道を、今更ながらまとめてみたw。

がっくん @perpQ

なんか水素の直接観察のニュースさすがに誤解あるみたいなので，一応補足．「水素原子１個みえた」は正確ではなくて奥に数十個並んだコラムをみてるのです．正確じゃないというより完全に嘘だなｗ　この記事他にもちょっと意味不明なとこがある．　http://bit.ly/bZNHXj

がっくん @perpQ

@Slight_Bright @saponsama @con_na　横から失礼します．見ているのはポテンシャルなので「プロトンのみ」の方が電子によって遮蔽されない分よく見えるはずです．基本的に見ているのは（合金の電子によって遮蔽された）プロトンのポテンシャルです．

南大寺虞凡人＠人間に学ぶ @Slight_Bright

はじめまして、私も知りたいのはそこでしてRT @fromPerpSpace 見ているのはポテンシャルなので「プロトンのみ」の方が電子によって遮蔽されない分よく見えるはずです．基本的に見ているのは（合金の電子によって遮蔽された）プロトンのポテンシャルです

南大寺虞凡人＠人間に学ぶ @Slight_Bright

.@fromPerpSpace @saponsama @con_na 測定法に依ると言うのも、その辺を含んだ表現です。X線の場合「電子密度」と分かり易いですが、電子顕微鏡の場合、ポテンシャルは陽子も電子も含んだ「もの」を見ている訳で、一概に「水素原子」が見えたと言っていいものか

がっくん @perpQ

@Slight_Bright @saponsama @con_na　VH2の場合は金属結合なので水素の持っている電子はコンダクションバンドに行って，水素周りに局在した電子はないそうです．LiHなどはH-とLi+でNaCl構造をとるらしいです．I族同士のイオン結合って不思議．．．

南大寺虞凡人＠人間に学ぶ @Slight_Bright

.@fromPerpSpace @saponsama @con_na なるほど、つまり自由電子になってると考えてもいいんでしょうか？それならプロトンを見ていると言うのが適切の様ですね。この手の「プロトンが見える」と言うのは、構造生物学のクライオ電顕でずっと以前から言われてます

がっくん @perpQ

@Slight_Bright @saponsama @con_na 自由電子と考えて大丈夫です．クライオ電顕の話は知りませんでした．ずっと以前というのは5年以上前ですか？ちょっと調べてみてもよく分からないのですが，文献かなにかご存知ではないですか？

南大寺虞凡人＠人間に学ぶ @Slight_Bright

.@fromPerpSpace @saponsama @con_na クライオ電顕でプロトンが見えるのでは？と言うのは、少なくとも15年以上前(年がバレるな）から。すいません、アカウントが長くなりますので、この後興味がありましたら私のツイートをご覧下さい

南大寺虞凡人＠人間に学ぶ @Slight_Bright

生化学現象は基本水の中あるいはその境目の脂質膜内の話なので、H＋の関与は枚挙に遑がないほど。それだけでなく酸・塩基性アミノ酸が電離しているか否か分かると言う事だったんですが、実際そう言う論文が出たかというと…、改めて調べてみます。

南大寺虞凡人＠人間に学ぶ @Slight_Bright

プロトンを見るなら中性子と言う事（中性子の散乱は核力に起因、一般論はhttp://p.tl/H9eA 散乱の原理はhttp://p.tl/5cEy ）で、同じロジックでJ-PARC http://j-parc.jp/ が出来たと言う訳です。

がっくん @perpQ

@Slight_Bright 逆空間での観察ということですかね？実空間における観察は今回のが（ほぼ）初めてです。

南大寺虞凡人＠人間に学ぶ @Slight_Bright

すいません、初めてでしょう。クライオ電顕による蛋白の構造解析にも、（膜蛋白等の）二次元結晶による（即ち逆空間）ものと、シングルパーティクルのイメージをマージする（即ち実空間）の二通りありましてRT @fromPerpSpace 実空間における観察は今回のが（ほぼ）初めてです

南大寺虞凡人＠人間に学ぶ @Slight_Bright

.@fromPerpSpace プロトンが見えると言う話は基本的に前者の逆空間によるものの事です。と言うのは裏があってこの手法を発展させるに当たって使われた試料がバクテリオロドプシンhttp://p.tl/kCPb と言う光駆動プロトンポンプだったので、H+が見えると言うのが大事

南大寺虞凡人＠人間に学ぶ @Slight_Bright

.@fromPerpSpace その後クライオでH＋が見えたかどうかは今のところ不明です（多分ないかと）。最近の流行りは先の単粒子法なのですが、こちらは分解能的にまだ（対称性の高いウイルス等で５A程度か？）。なおイメージをマージするために粒子の向きの決定に逆空間にはしているかも

南大寺虞凡人＠人間に学ぶ @Slight_Bright

となると、３Dを２Dにプロジェクションと言う事で、おっしゃってた様に水素原子一個っていうのは…RT @fromPerpSpace @saponsama 透過電子をメインに使っているので、単純には重い元素ほど…暗くなります…「ポテンシャルを見ている」という単純な表現はできません

がっくん @perpQ

@Slight_Bright @saponsama 記事の像はフィルター処理をしてるという噂です。論文でないとなんとも分からないですが。ここ１、２年くらいに使われはじめた手法なので今後に期待。あと水素１個という表現は記者の勝手な理解だと思うのであまり突っ込まないで下さい（笑）

がっくん @perpQ

@Slight_Bright @saponsama 今回の像はZコントラストではありません。透過電子をメインに使っているので、単純には重い元素ほど電子が多く散乱され暗くなります。ただし干渉の影響があるので、Zコントラストと違い「ポテンシャルを見ている」という単純な表現はできません

南大寺虞凡人＠人間に学ぶ @Slight_Bright

.@fromPerpSpace @saponsama まあ元記事でも微妙な表現になってましたが、それこそ収差の補正やらデフォーカスやらこのイメージにも結構ツッコミどころがあるような…。まあ凄い事には変わりないけど。なるほど、勉強になりました

南大寺虞凡人＠人間に学ぶ @Slight_Bright

時間差で今度は朝日が。水素原子一個がとか言ってないのは良し。しかし出典はどこなん？尚、ピンぼけを防ぐ技術についてはこちらhttp://p.tl/BZGl RT @asahi 最小の元素・水素原子とらえた　東大チームが撮影成功 http://t.asahi.com/oq5

sin cos tan greener @greenerltd

この論文の話 http://apex.jsap.jp/link?APEX/3/116603/ .@Slight_Bright さんの「昨秋の「水素原子が見えた」報道を、今更ながらまとめてみたw。」をお気に入りにしました。 http://togetter.com/li/130449