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2010年4月7日

@dritoshi 発端のバイオ実験オンラインプロトコールTLまとめ

バイオ実験のオンラインプロトコールをテキストマイニングしたら面白そう? という@dritoshiのつぶやきが発端で、いくつかのサイトが紹介されていたのでまとめておきました。
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ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧 @dritoshi

PubMedのテキストマイニングは散々やられてそうなので、CSHLやSpringer Protocolを対象にするとウェット研究者が垂涎のDBができるのではないか、思っているんだけど、DBCLSのRAさんあたりがやらないかなー、権利関係はわからないけど

2010-04-07 00:18:47
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧 @dritoshi

生物学実験のオンラインプロトコールってほかにどんなのあるのかな? http://www.springerprotocols.com/ http://cshprotocols.cshlp.org/

2010-04-07 00:22:37
(^_^)/ @_shk

@dritoshi nature protocolsもありますね

2010-04-07 00:24:50
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧 @dritoshi

@_shk どっちかっていうとジャーナル寄りですね。プロトコールのデータベースをテキストマイニングするという感覚で言ってみました

2010-04-07 00:28:09
(^_^)/ @_shk

@dritoshi 以前にここのカテゴリ分けをふむふむと眺めたことがありますが、どのよーに作ってるのかはちょっとよくわかりません。http://www.protocol-online.org/

2010-04-07 00:33:19
圧倒的に成長したヌートリアはかぴばらと区別がつかない @piyota0

蛋白質科学会アーカイブなんていかがっすか? http://www.pssj.jp/archives/index.html 日本語だけど。 @dritoshi 生物学実験のオンラインプロトコール

2010-04-07 00:33:41
圧倒的に成長したヌートリアはかぴばらと区別がつかない @piyota0

http://www.biotechniques.com/protocols/ 雑誌 Biotequniques なんてどうっすか? @dritoshi 生物学実験のオンラインプロトコール

2010-04-07 00:36:28
(^_^)/ @_shk

タンパク発現と結晶化のデータベースでプロトコール名で検索できるやつもあるけど自分は使わないので中身は不明 http://pepcdb.pdb.org/

2010-04-07 00:40:55
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧 @dritoshi

たとえば、プロトコールは「意味」で調べるのが難しいような気がします。たとえばDNAを精製するとします。精製度を高くすることが次の実験にはとても重要だとします。精製度を上げる操作としてある試薬を入れるのがわかっていますが、ほかの手を知りません。さてどうやって検索しますか?

2010-04-07 00:41:40
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧 @dritoshi

このとき、ある試薬は精製度を向上させる、という意味がアノテートされていれば、逆に、その操作を同じ「意味」を持つ操作(プロトコールのなかではごく1ステップ)を検索できるのではないかな、と。

2010-04-07 00:43:53
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧 @dritoshi

それが試薬を種類をかえる、じゃなくて、あるカラムを使う、などまったく別の種類の操作である場合もあるので、意味から検索するのが重要な気がします。ウェットの人間ではないのであげた例が簡単すぎかもしれませんが

2010-04-07 00:45:13
㍍ε(ミミ ๑・ิ 』・ิ๑ )㍍✨ @edamame0811

@dritoshi 方法を変えるとメリットと一緒にデメリットも変化しますよ。実験は総合的な(最終的な)目的が大切で、ステップで考えると少し難しいように思います。検索一覧にデメリット情報が一緒についてくれば比較検討できるかも。

2010-04-07 00:49:19
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧 @dritoshi

バイオ実験用、cookpad ってありそうなものだけど。あと今の話に関係ないけど、YouTube に結構実験のムービーがアップされているので、アレのポータルっぽいの作るとか。

2010-04-07 00:50:40
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧 @dritoshi

@odamame0811 そうですよね、だから、プロトコール全体の説明でなく、ステップに対して「意味」すなわち、メリットとデメリットをアノテートするのが大事だと思います

2010-04-07 00:52:16
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧 @dritoshi

精製度あがるけど、収量下がるよ、とかですよね、例えば

2010-04-07 00:55:04
Naofumi Kagami 加々美直史 @naofumi

.@dritoshi ときどき検索しているとこれが見つかります。 http://www.protocol-online.org/ 僕がよく実験していた頃はこういうの使わなかったから、中身は評価できないけど。

2010-04-07 00:56:06
(^_^)/ @_shk

いいなあ意味で検索。既存の論文のmat & met本文やFigure legendの文から意味とってくっつけないと駄目ぽいが

2010-04-07 01:02:23
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧 @dritoshi

ステップを単位することで、逆にプロトコール全体の文脈、というのを考えることができる。そうすると文脈をかえたり、あるステップは文脈上、このステップは入れられないとか、入れられるステップはこれだ、とか考えられるかなー、と思ったんだけど。

2010-04-07 01:05:16
wakuteka @wakuteka

@dritoshi 発端のバイオ実験オンラインプロトコールTLまとめ 」をトゥギャりました。 http://togetter.com/li/13111

2010-04-07 19:32:34
ミスターP @Fm7

わくてかくんのblogに関連して。僕が時々見る生命科学系のlab manual。日本語なのがみそ。「東大第二生化ラボマニュアル http://bit.ly/9ctddf」と「東大核内情報研究分野ラボマニュアル http://bit.ly/cSXMsF@wakuteka

2010-04-07 21:09:12
ミスターP @Fm7

あとは定番のCurrent Protocol。CellbiologyからChemicalまで幅広いけど、有料なのがネック。一部は無料で見れるのもある。大学によっては全部見れるところもあるのかも。「Current Protocol http://bit.ly/9D0uRL

2010-04-07 21:12:54
ミスターP @Fm7

LabのProtocolがある実験でも、実験する前はとりあえず既存のProtocolは全て読んで条件やら試薬やらを全て比較したあとにやることにしてる。この過程が結構楽しい。

2010-04-07 21:17:45

コメント

wakuteka @wakuteka 2010年4月7日
@mdr52 のpostを追加しました。
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