ACA2011を拾い読み

自分用のメモとしてまとめました。レポート待っております。
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ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-01]S-SAD成功例が最も多い空間群 P212121。B.C.WangたちのプロジェクトでS-SAD構造解析DBを作ってる from PDB。C2成功例はまだ数個。対称低いと分解能高くなる傾向があるから、とか思ったけど、偏見か。

2011-05-31 05:30:40
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-02] USA NSLSIIの次期計画。1x1 um^2ビーム 1E11-12 phs/sec.BL32XUのフラックス密度の約10~100倍!!2015年よりユーザ運転の予定。すげーな。何するんやろかw 集光ミラーは日本製になるそうです。うちのと同じ。

2011-05-31 06:55:30
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-03] HKL2000のSCALEPACKによるデータスケーリング時、シビアな損傷がある場合にはB-factor restrainは0.3とかデフォルト値の10倍くらい入れないとダメよ(HKL incの女子)。

2011-05-31 13:40:54
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-04] SCALEPACKのrelative B-factorの変化 1.0(損傷由来なら) につき 1MGyの吸収線量、という目安があるらしい。http://j.mp/iXoKll ちなみにヘンダーソン限界(回折能半分 ~ 20MGy) (HKL inc女子)

2011-05-31 14:05:59
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-05] 放射線損傷を用いた位相決定法RIPについて。UVを照射してサイト特異的に(S-S結合など)損傷を与えて、損傷前後のデータで損傷サイトを決定し位相決定する方法がヨーロッパのいくつかのBLで可能になっている模様。分解能が出る試料(2Aとか)では試す価値あり。

2011-06-01 14:11:00
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-06](補足)BESSY-IIではRIP専用にUV光源をインストールしたとの話。(補足2)X線の損傷を用いる方法が最初だったが、それだと分解能が激落。UV照射では分解能は照射前後で同じだったものがあるとか。[ref] http://j.mp/jSrZk7

2011-06-01 14:18:23
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-07]ヨードを用いたSADがラボソースのHTP構造解析に有効。ソーキングとかも超簡単にできますよ と言ってたね。 -> http://j.mp/mF2bmS

2011-06-01 14:21:50
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-08] CLS(カナダ)の人がautoprocessというデータ処理プログラムを作ってたw XDSでクラスターPCを使った分散処理、分解能選択、結果のグラフ化、フォーマット変換などをやる。Python。e-mailくれたらあげるといわれたのでとりあえずもらお。

2011-06-01 14:28:08
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-09] ジム・フルグラス(d*trek(crystalclear)開発者)にききました。d*trekは3D profile fittingはやってないそうだ。3Dでプロファイルを作っているのはXDSのみ、なのだと。軽くショックw

2011-06-01 14:32:36
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-10]APSヌクリさんに聞きました。rasterスキャン(SP8だとdiffraction scan)の回折像評価はLABELITを使っているらしい、時間がかかってもプリミティブなことをやる、時間がかかっても自動化ができることが重要、と言われた。ごもっとも。

2011-06-01 14:39:09
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-11]アリゾナ州立大学 Petra Frommeさんに聞きました。PS-Iの結晶構造解析@スタンフォードFELでは回折分解能は2.5Åくらい。これは放射光ととんとんらしいが、プロファイルから判断するとまだ分解能が上がる余地は十分にあると。

2011-06-01 14:46:24
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-12](秘密)PS-Iの話は内緒でお願いします(問題ないと思うが)w 次聞くときに「へー、まじ?」とか言ってくださいね。

2011-06-01 14:50:02
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-13] 低分解能でもリダンダントなデータセットをXDS->SCALAでマージすることにより正確な位相が得られるっぽい結果が出てきている。http://j.mp/it3M0j SADでお困りの人是非試して僕にフィードバックをw

2011-06-01 14:56:26
ひ○たく @kun32xu

ジム・フルグラス「学会に来たら講演ばっか聞いてないでたくさん海外の友達をつくらんとあかんよ。学会参加の重要性はむしろそういうとこなんやで」と教えられました。 あと「データ処理で困ったら作者にイメージ付メールを送ると必ず対応してくれるから日本のみんなに言うというて」とも。伝えた。

2011-06-01 15:02:34
ひ○たく @kun32xu

[ACS2011-14] PS-I続報@XFEL回折実験。最初のは波長6.9Åでのデータ収集。2um以下の結晶にて7-8Åの構造解析<Nature。現在波長1.3Åにて5um程度の結晶から2.5Å程度の回折が得られている。スポットがきれいになった→微小ビーム効果では?(私見)

2011-06-02 03:44:25
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-15?] XDSについて。現在、Kabschによるソフトメンテナンスは終了していて、それらの業務はすべてKayさんに。KabschはソースコードをKayさんに託したらしい。うすうす気づいていたが、最近のKabschへのメール、返事は恐らくKayさん。レス速いw

2011-06-03 11:27:15
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-16]各プログラムのsig(I)の見積もりについて。KayさんにXDSのは聞けました。これについては帰ってから勉強が必要。かつ、DENZOのやつはウラデックマイナーにメールもらえるはず。なのでまとめてツイートするか、もしくはバイオキに書くよてい。

2011-06-03 11:29:38
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-17] d*TREKについてはプレゼンで3D profile fittingかどうかってのは言ってなかった。直接聞くタイミングを逃したので、メールにてもう一度confirmする予定。3D profile fittingやってないはガセの可能性有(←俺由来w)

2011-06-03 11:33:39
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-18] CLSの人のautoprocessはだれでもコンタクトOKやって。再度質問でそう言われたのでアドレス公開しますw e-mail: http://j.mp/kUIXgn Contact: Michel Fodjeさんです。BL制御が含まれてる可能性有w

2011-06-03 11:41:30
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-19] Grobal Phasing Group lectures. あんまり使ってないのでフォロー困難。ごめん。同じセッションにてシェルドリックの発表有。REFMAC、Phenix.refineについての関連ツイートは@MamoruSUZUKIさんよりw

2011-06-03 11:44:30
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-20] GφL(Global phasing group)のautoPROCは試してみたいなーと思ったのは複数データのマージが楽そうってことかな。コマンドラインでガスガス流せるってのも好感持てましたw 是非試してみよう。

2011-06-03 11:46:11
ひ○たく @kun32xu

[ACS2011-21] さて昨日の微小結晶の話の追記。ようやくブロメおばさんを掴まえて聞けました。XFELと微小結晶の話。現在、波長1.3Aでは集光ビーム径は2x2umらしい。で、ここに昨日書いたように結晶を含んだミストを噴射して(5umφ!)当たったら回折像とみなすって実験。

2011-06-03 11:51:25
ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-22]まず質問したのは「結晶のサイズとビームサイズ、どちらが回折プロファイルをシャープにしているか?」ということ。彼女の答えは「結晶が小さいこと」のが効いている、とのこと。XFELを使っていても汚いプロファイルの結晶はあって往々にして10um大だと汚いらしい。

2011-06-03 11:54:35