2020年3月23日

Covid-19のシュミレーションと実データの比較(個人的メモ)

素人なので結果はともかく自分で手を動かすといまが瀬戸際なのだと実感する。
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前提としてのエントリーです。感染モデルを少しづつ手を入れてきました。

リンク HPO機密日誌 感染モデル - HPO機密日誌 憂鬱な新型コロナウィルスネタ。感染力の見なおしがされていると報道されていた。 中国で流行が続く新型コロナウイルスによる肺炎について、ウイルスの感染力は1人の感染者からうつる人数の目安となる「基本再生産数」が当初推定より大きいとする分析結果が世界の研究機関から相次いでいる。いずれも3程度としており、世界保健機関(WHO)が見積もる1.4~2.5を上回る。国内では中国との関連がはっきりしない感染者が増えており、専門家らは国内感染の広がりを防ぐ態勢作りを呼びかけている。 新型肺炎感染力、想定以上の「再生産数」
リンク HPO機密日誌 感染モデル :基本再生産数 - HPO機密日誌 先日、作った感染モデルをどう現在進行形の状況に当てはめるか考えている。hpo.hatenablog.comdocs.google.com ※ 最初に名前をつけ間違えたら直らない。先日のモデルで1人の感染者から始めると感染者数としているので小数点を使わないので、適合しないので当初10人からのモデルに改変してある。また、感染してから平均10日の間感染力を持つとする*1。そして、1日10人と「濃厚接触」するとしてその一回辺りの感染の確率が1%から5%に変化させると、20日後の感染者数が変化する。 感染モデル 官
リンク HPO機密日誌 「SARS-CoV-2排泄期間の中央値20日」のインパクト(個人的メモ) - HPO機密日誌 公私ともにCovid19、SARS-CoV-2の影響を受けているので、ほぼ常にツイッターで情報を追うことがこの二ヶ月あまり日常になっている。いくつも学ばせていただいている。しかし、今日はかなりのインパクトを感じた。生存者のSARS-CoV-2排泄期間の中央値20日 (IQR 17·0–24·0) 。最長37日間。症状改善後の2回陽性確認まで急性期病院に隔離する現医療体制は早く見直したほうが良い。https://t.co/UYzZGYZLYe— Fumie Sakamoto,MPH,CIC 坂本史衣 (@S

更に、今回実データと感染モデルの比較をやってみました。

ひでき @hidekih

covid19感染を表計算モデルに。素人芸。新たな感染者の発生と退院等での減少を考慮。画像1枚目が実際データ、2枚目が昨日までのモデル近似、3枚目が45日後のモデル。私が間違っていることを心から祈っている。少なくとも今は楽観できる状況ではまったくないとは考える。 docs.google.com/spreadsheets/d… pic.twitter.com/9TvrnPzGHN

2020-03-23 16:58:07
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ひでき @hidekih

救いは医療関係者の懸命なご努力のおかげで退院者数が増加傾向にあること。毎日の新規の感染者数が横ばいになっているように見えること。4月になると既存薬の薬効が明らかになり、重篤者の数が減るだろうことは本当に期待したい。 pic.twitter.com/IXWY5LVFjj

2020-03-23 17:04:40
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ひでき @hidekih

日々の実データとモデルを比較するという基本的なことを忘れていた。2/8のデータと3/22の数を合わせて比較すると途中では実データの方がだいぶ多い(1枚目)。で、対数でプロット(2枚目)すると見事に実データのグラフの傾きがずいぶん緩やかになってきている。 ブラボー! pic.twitter.com/YwgaJjnjmw

2020-03-23 20:22:55
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ひでき @hidekih

同じグラフを対数グラフにしてみた。その上で、間真一郎さんのグラフと比べてみた。素人はこんなところかなと。 twitter.com/plasmankado/st… pic.twitter.com/pqDpsUI8oO

2020-03-23 22:02:32
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ひでき @hidekih

実データの30日のところと45日のところでモデルをフィットさせてみた。30日目3月初旬はもう完全に欧米並みの感染爆発に。3月半ばでもネット感染者数的には厳しい。その後に指数関数的でなくなっているように見える。 pic.twitter.com/7LoVlnRrau

2020-03-25 07:00:24
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ひでき @hidekih

基本再生産R0という数字が1より小さくなるとは、ネット感染者のグラフが線形になると解釈してよいのではないだろうか?そう考えて線形近似してみた。2/8から90日後でも値と感染者は2000人程度となる。 pic.twitter.com/7eE7P8XIC1

2020-03-23 20:52:23
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ひでき @hidekih

同じグラフを対数グラフにしてみた。その上で、間真一郎さんのグラフと比べてみた。素人はこんなところかなと。 twitter.com/plasmankado/st… pic.twitter.com/pqDpsUI8oO

2020-03-23 22:02:32
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門 信一郎 @plasmankado

中国の現有確診病例の半減期9日が出せた。これを信じると、単純モデルで実効再生産数Rを1未満(=患者数減少)にするには累積数の倍増時間を9日(日々の増加率8%)より緩やかにする。日本は現在約8.5日でもうひと頑張り。2週間(初期の想定感染可能期間)は十分安全な目標でしょう。(c) @h_okumura pic.twitter.com/XeOFrYFgJ7

2020-03-15 12:00:09
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安易にネットの感染者数は線形だと仮定しすぎたと想い、指数関数で近似してみた。3月初旬から中旬にかけての最も楽観的になれるところでモデルとフィットさせている。その間の1日の増加率5%と仮定している。

ひでき @hidekih

すでに線形増加になっていると仮定するのは安易だったと反省し、指数関数で3月の感染者数(ネット数ではない)とフィットさせた。これだけゆっくりの感染であっても、先は決して楽観できない。 docs.google.com/spreadsheets/d… pic.twitter.com/QkNVXG7PPC

2020-03-25 11:02:49
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岩田先生ご紹介のプロの手になる県別の現在の状況と収束条件のまとめがこちら。言わば答え合わせ

岩田健太郎 Kentaro Iwata @georgebest1969

都道府県ごとのシミュレーションによる検討 – COVID-19情報共有 fttsus.jp/covinfo/pref-s…

2020-03-18 17:34:16
ひでき @hidekih

@georgebest1969 q=1%って、実質人と一切会わないというレベルという理解でよろしいのでしょうか?

2020-03-18 18:36:31
ひでき @hidekih

@georgebest1969 21日版では若干目標減少値qが上がり(改善)ましたね。よかった。 fttsus.jp/covinfo/pref-s…

2020-03-23 22:14:06

コメント

dronesubscriber @dronesubscriber 2020年3月24日
最初のモデルは不顕性感染による免疫の成立が考慮されていないですし、後者のモデルは外部からの流入が考慮されていないのでどちらも現在の状況に対する一見解程度に見ておくのがよいでしょうね。 いずれにせよワクチンができるまでは今まで通り行動に十分気をつけておくべきとしか言えません。
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ひでき @hidekih 2020年3月24日
ありがとうございます。おっしゃるとおりの素人芸で恐縮です。本来自分自身の納得のためにテスト的にやっておりました。いろいろやっているうちに想ったより、本当に日本すごいと想えてきたのが個人的には幸いでした。外部からの流入はこのモデルを作っているうちは、そんなに大きくないようにおもえていたのですが、ここまで来ると帰国者のみなさんの扱いをどうするかが相当今後に影響するなと想えます。ヒントをいただいたので、できることをやってみます。
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ひでき @hidekih 2020年3月25日
一枚抜かしていたスライドを追加した。
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ひでき @hidekih 2020年3月25日
現在が線形の増加だと仮定するのは安易だったと反省し、指数関数で近似したグラフを追加。
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