PCR検査の精度(偽陽性・偽陰性)が問題？その嘘を資料を元に検証(2020.7.12作成) #新型コロナウイルス

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

こんなの「現行のプライマーでの特異度は理論値100%、でも陽性検体が多い状況ではコンタミが起こりやすいので品質管理を徹底しましょう」でいいんですよ。 既に明らかなようにmass testingのような陽性率が極めて低い状況ではコンタミなどまず起こりません。偽陽性を理由にやらないのはナンセンス。 pic.twitter.com/DhAHf662Tc

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ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

ポジコン撒き散らしなど盛大な汚染はネガコン陽性等で検知可能で、再検も効果的。再検でも偽陽性になる検査とは偽陽性の意味が違います。 結果、プロトコール全体での偽陽性はゼロ近くに抑えられます。感度は特にそうですが、性能評価する状況を明示せず「特異度○%」などというのはもはや無意味。

makotokasai @makotokasai

最初からずーっと不思議に思ってるんだけど、相補鎖DNAの性質を利用したPCRにおいて【特異度】なんて言葉は使わない。論文で、PCRを使った実験の説明に【特異度】なんて言葉は使わないよねえ。抗原抗体検査じゃあるまいし。 twitter.com/morilyn1123/st…

makotokasai @makotokasai

記述するとしたら、実験の目的によってPCRのアニール温度を記載する。アニール温度を下げると、プライマーは100％相補鎖に結合するだけでなく似たような配列にも結合するようになるからだ。未知のゲノムに興味のある遺伝子が存在しているかどうか？そのDNA配列を読むためにクローニングするとかね。

makotokasai @makotokasai

ある種の量子コンピューターのように、アニール温度を上げると100％マッチした配列にプライマーが結合するし、アニール温度を下げると一部似ている配列でもプライマーが結合する。だから検査キットのプライマーの場合アニール温度は指定されてるし、非特異性の確認もされている。 pic.twitter.com/bGk4Mv5CbP

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makotokasai @makotokasai

どの遺伝子のどういう配列か？と言うのも公開されているけど、特異度ってなに？そんなものPCRに必要あんの？目的の塩基配列が有るのか？無いのか？アニール温度を下げれば似た塩基配列が有るのか？無いのか？を明らかにするものなんじゃないの？リアルタイムだとその存在量を知ることが出来る。 pic.twitter.com/OHrk9KulGS

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ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

忽那氏の記事。いつも立場や状況に見合わないふざけた物言いをします(左)。過去にはPCR偽陽性を論拠に検査抑制を訴え、陽性率10%で「足りている」と。重要な前提の誤謬を指摘されているのに「イライラせず仲良くしましょう」(右)。現在も未だ検査拡大は訴えず自衛、自粛のみ。 news.yahoo.co.jp/byline/kutsuna… pic.twitter.com/BzQ0HyISQq

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ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

感染者を確実に減らす方法は既に明らかなので、それをどれだけ検査と隔離に置換できるかが勝負なんですよ。ロックダウンを含めて徹底的にやるのも一つですし、欧州のようにギリギリR≦1になるラインを見つけて、維持し、少しずつ減らす作戦もある。どのみち大幅な検査増が必要。本邦の失策は明らか。

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

検査拡大を訴えず、自衛、自粛一辺倒の「専門家」は本当に国を滅ぼします。 新型コロナのデータは検査によってしか生み出されません。本邦の粒度の低いデータでは他国のような細かな単位のロックダウンはできず、いきなり数千万人レベルになる。これを繰り返すうちに国ごと疲弊します。

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

肝心の疫学者がデータを欲しがらないのが致命的なんです。まさに肉屋を支持するなんとやら。 今必要なのは、地理に明るく実データをベースとした記述疫学を重視する疫学者ですね。

日付切取線 @krtr_date

✄------------ 7/6(月) ------------✄

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

尾身氏、ここに来て感度70%特異度99%という「特異度デマ」を繰り出す。「感染症対策の常識」だそうで。 もう本気でやる気がないんですね。国内外で集積した知見を活かして対策をブラッシュアップするということが全くない。 知っててわざと言ってるならリスコミとして悪質。 youtu.be/cceJRJpAb7w pic.twitter.com/dVKNEe3W9D

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ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

まあ聞いた感じとしては、わざとと言うより「本気で知らない」感じでした。そりゃあ某8割氏も検査と言わないわけですよ… そして漫然と100年前の対策が繰り広げられる訳ですね。

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

DNAなんてワトソンが見つけなくても誰かが見つけたでしょうけど、PCRのアイデアはまさに天才的で、利活用の幅広さは生命科学分野のノーベル賞の中でも際立って優れたものです。医学研究もこれなくして成り立たない。滅茶苦茶な逸話の数々にも含蓄(？)がある。もっとPCRそのものの記事があってもいい。

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

さっそくbuzzfeedも特異度デマを撒き散らし始めます。デタラメがベースなんだから議論もクソもないわけですよ。適切な前提を共有してませんから。 buzzfeed.com/jp/yutochiba/s…

日付切取線 @krtr_date

✄------------ 7/7(火) ------------✄

SQ300 @SQ300

@morilyn1123 尾身氏と鈴木康裕医務技監(厚労省医系トップ)は似たような説明をしています。 雑誌『集中』6月号での鈴木氏 medical-confidential.com/2020/06/01/pos… 「PCR検査を抑制する意図はなかったが結果的に目詰まりを起こしていた(←大意)、と完全に他人事の言いっぷりにまず呆れる。 (1/n

SQ300 @SQ300

@morilyn1123 そして 「仮に人口1万人有病率1% 感度99%特異度99％の検査を行うとする」 (数字を断言はせずに言い逃れ可能とするのが官僚らしい) ↓ 感染者100人(陽性99人偽陰性1人) 非感染者9900人(陰性9801人偽陽性99人) →陽性者の半分が疑陽性、医療機関の病床を本当に必要でない人が埋めてしまう ——- と。 (2/n

SQ300 @SQ300

@morilyn1123 一方の尾身氏(2020/7/6) — 感度70%特異度は99%とされている 仮に1%の人が感染していると思われる1万人に対して検査を行った場合、99人が偽陽性と判定される この99人は実際には陽性ではないにも関わらず隔離措置をとられることになる ——- 似ている… これが専門家会議と厚労官僚との共通認識なのか？

makotokasai @makotokasai

PCRにおいて「特異度」とか「偽陽性」とか「偽陰性」という単語を使うのはナンセンスだ。偽陽性１％という医者や大学教授は「DNAが二重螺旋構造をとっていること・その結合が水素結合によるものだ」ということを全く理解していない。タンパク=タンパク間のアフィニティーとは違う。

makotokasai @makotokasai

A(アデニン)とT(チミン)は水素結合２つ、G( グアニン)とC(シトシン)は水素結合３つで結合してDNA鎖は二重螺旋を構成する。GはCと、AはTと求めあうように結合する。 5'AAGGGCCCTT3' 3'TTCCCGGGAA5' その2本鎖の結合力を解くためには、98度とかの熱をかけて急冷する必要がある。磁石のようにくっつくのだ

makotokasai @makotokasai

DNAの鎖は、放っておいたら自動的に相補鎖を求めて移動し、相補鎖が存在したら勝手に結合する。相補鎖が存在しなければ結合しない。プライマーとは、この1本鎖にあたる。なんでプライマーと呼ぶのかというと、DNAの合成は頭(5')に塩基(AGCT)が存在しないと後ろ(3')に塩基を結合させる事が出来ないから

makotokasai @makotokasai

PCRにおいて、プライマーが結合しなかったらDNA配列は伸張しない。だから偽陰性とか偽陽性とか特異度とかが問題になるわけじゃない。あるかないか二択だ。問題なのは、伸張して増幅されたDNA断片が本当に今回のコロナウイルス なの？と言う部分なわけでしょ？