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2020年7月30日

【論文】アウトブレイクの阻止には、検査感度よりも検査頻度が重要(まとめ作成2020.7.30) #新型コロナウイルス #感染症 #休校 #学校再開

同様の結論の論文等も収録
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Takaya Suzuki MD, PhD @suzuki_takaya

直近のNatureのブリーフィングでコメントされていたサーベイランスPCRのモデリング、プレプリント。状況はロックダウンではなくて人々は普通に暮らしていてテスト陽性のときに隔離されるという前提。感染やRを減らすのに、テスト感度は大きな問題ではないという結論。 medrxiv.org/content/10.110…

2020-06-30 00:07:40
Takaya Suzuki MD, PhD @suzuki_takaya

サーベイランスというのは要するに極端な例では武漢でやった全員検査。全員を毎日検査ではほぼ100%。3日に1回検査でも90%以上の感染抑制が可能。一週間に一回だと60%、2週間だと40%。 いろいろな想定があります。感染すると検査なしでも20%は自分で隔離するほど症状が悪化する、

2020-06-30 00:07:40
Takaya Suzuki MD, PhD @suzuki_takaya

残りの80%は症状が軽いかほぼなくて、検査がなければ普通に行動してしまうという前提。症状ありと症状なしの感染力は同じで感染後4日くらいがピークという前提。これらの想定自体には異論があるでしょう。ただこういったパラメータを変えてみてさらに細かくバックテストすることは可能だと思います。

2020-06-30 00:07:40
Takaya Suzuki MD, PhD @suzuki_takaya

実際のImplmentationとしては例えばいわゆる「夜の街」の従業員全員に週2回テストと陽性時の隔離を要請(義務付け)すると一掃できるのではないかというような話。いまなんとなく「常識」みたいになっている「夜の街は一つの閉じた空間」という想定が正しければ。

2020-06-30 00:07:41
Takaya Suzuki MD, PhD @suzuki_takaya

念の為付け加えておくと、ここでいう検査「感度」というのは頭のいい人たちがベイズ云々で言っていた感度のことではなくて、ウイルスの検出限界の話。conventional PCRの限界は1000コピー、LAMPとかだと10万コピーを想定。

2020-06-30 00:07:41
mm @tyonarock

検査の精度は2の次。COVID蔓延を防ぐのに大事なのは、とにかく検査をがんがんやって、結果を早くだすこと。 というプレプリント 炎の中で手を洗ってる方が留学している大学(ハーバード)から出てます。 medrxiv.org/content/10.110…

2020-07-30 14:36:10
内田 @uchida_kawasaki

Test sensitivity is secondary to frequency and turnaround time for COVID-19 surveillance | medRxiv medrxiv.org/content/10.110… アウトブレイクの阻止には、検査感度よりも検査頻度が重要

2020-07-08 06:44:10
内田 @uchida_kawasaki

新型コロナウイルス研究注目の論文 | Nature ダイジェスト | Nature Research: natureasia.com/ja-jp/ndigest/… 6月26日 アウトブレイクの阻止には、検査感度よりも検査頻度が重要 日本語で概要掲載

2020-07-08 06:44:54
リンク www.natureasia.com 新型コロナウイルス研究注目の論文(6月) | Nature ダイジェスト | Nature Research SARS-CoV-2とCOVID-19に関する文献で重要なものを<i>Nature</i> が精査し、まとめた(2020年6月)。 1
Takaya Suzuki MD, PhD @suzuki_takaya

まさかMichael Minaの繰り返し検査戦略が日本でも取り沙汰されるようになるとは思わなかった。あまりにもレベルが違いすぎて。 twitter.com/suzuki_takaya/…

2020-08-31 15:21:48
Takaya Suzuki MD, PhD @suzuki_takaya

界隈ではPost-Micheal Minaといわれているほどの衝撃だったTWiV640 microbe.tv/twiv/twiv-640/

2020-08-31 15:28:38
Takaya Suzuki MD, PhD @suzuki_takaya

とはいえ、やはりこの概念をスクエアに理解するのはこの政治化された世界ではとても難しいのは確かで、案の定有名になった瞬間にUSAでもすごく誤解した議論が広がっている。心配。

2020-08-31 15:28:39

Takaya Suzuki MD, PhD @suzuki_takaya

抗原検査というのはウイルスの蛋白を検出する(死骸が検出される確率は相対的に低い)。PCRはウイルスの核酸(RNA)を検出する。PCRは検体のRNAを増幅して検出するのでどんなに少量の、死んで断片化したRNAやmRNAなどのSubgenomicRNAすら増幅する。

2020-08-31 15:51:50
Takaya Suzuki MD, PhD @suzuki_takaya

PCRとの比較において抗原検査のProsは早い(15分)・安い。Consは感度悪い・特異度低い。これはコストと時間(時間もコストだが)を考えたとき、性能の良し悪しではなくそれぞれの検査が原理的に持つ特性なので、臨床では使い分ければ良いというだけの話。

2020-08-31 15:51:50
Takaya Suzuki MD, PhD @suzuki_takaya

たとえば30m離れた的に対して自動制御の弾道ミサイルを使うかライフルを使うかという話。弾道ミサイルでもいいかもしれないけど、ライフルでも目的は達成できませんか?とうこと。

2020-08-31 15:51:51
Takaya Suzuki MD, PhD @suzuki_takaya

この論文の凄さはモデリングというよりは検査とウイルスの特性を踏まえた生物学的な観点から書かれていること。 PCRに比べて抗原検査が感度が低いというのは頻回検査というこの文脈では批判にならないということは、よくわからないかもしれない。それは弱点でなくて時間を買うためのコスト。

2020-08-31 15:51:51
Takaya Suzuki MD, PhD @suzuki_takaya

ちなみにもともとの論文はLAMPのID Nowが叩かれたのを何とかするためというモチベーションであったわけだが、ID Nowは相当感度高い上に定量できない(はず)ので、これはまさにPoint of care diagnosticsであるべき。

2020-08-31 15:51:51
Takaya Suzuki MD, PhD @suzuki_takaya

繰り返すが抗原検査でPCRにくらべて「取りこぼし」があるのは間違いない。これは弱点ではなくてコスト。これが受け入れられないという世論であれば導入は無理。かならず生じるから。

2020-08-31 15:51:52

mm @tyonarock

はい、こちらも、ハーバード公衆衛生大学院からの論文 プレプリント 検査のリソースが少ないなら、グループ検査(プール検査)しなさいよ というもの 要するに、工夫して多くの人の検査しろ! というもの medrxiv.org/content/10.110…

2020-07-30 14:43:27

Efficient prevalence estimation and infected sample identification with group testing for SARS-CoV-2 | medRxiv https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.05.01.20086801v1

SARS-CoV-2のグループテストによる効率的な有病率の推定と感染サンプルの特定

mm @tyonarock

日本と比べ激しく検査しているように見えるアメリカも、無症状のスクリーニングがFDAに認可されたのは最近だった様子。。。 15万人死なないと無症状スクリーニングが重要であることが分からなかったらしい。。。 twitter.com/michaelmina_la…

2020-07-30 14:53:47
mm @tyonarock

東京医師会は動きそう。大阪は?大阪の方が厳しいの自覚してる?

2020-07-30 15:37:39
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コメント

内田 @uchida_kawasaki 2020年7月30日
関連論文追加しました。
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内田 @uchida_kawasaki 2020年8月1日
「アメリカは15万人の犠牲者が出るまで気づかなかった」
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内田 @uchida_kawasaki 2020年8月5日
同様の結論の論文・記事等追加しました。
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内田 @uchida_kawasaki 2020年8月29日
まとめを更新しました。
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内田 @uchida_kawasaki 2020年8月31日
まとめを更新しました。
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内田 @uchida_kawasaki 2021年1月17日
コーネル大学関連ツイート追加しました。
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