日本のPCR検査のCt値は、なぜ高いのか?Ct値を減らせば陽性者も減る!?

ところで、増殖力の高い変異株は少量のウイルスでも感染力を持つようになるのだから、検出力低める議論なんかしてる場合なのだろうか?
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さと う🌛 @mebaruhirame

コロナも4歳になり、変異株との闘いは未だ続く。武漢➡アルファ➡デルタ➡BA.5➡BQ.1.1➡JN.1 機能しない政府。 コロナ先進国から後進国への凋落! 国民のQOL確保。

さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 A 陽性の場合 N1,2二つのプライマーが、Ct27辺りで立ち上がっています。 そして、30過ぎで、陽性コントロールが立ち上がり、陰性コントロールは、立ち上がらず、 正常な検査ができていることを証明してます。 検査正常で、Ct27です。

2020-11-05 02:22:58
さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 B陰性の場合 N1,2、Ct40過ぎても立ち上がらず。 陽性コントロール(IC)が正常に立ち上がり、陰性コントロール2本は立ち上がりません。 検査は、正常で、陰性判定です。

2020-11-05 02:28:37
さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 Cシグナルがでない 検査異常。 陽性コントロール(IC)が立ち上がらず、検査が異常です。 このように、Ct45まで回して内部コントロールの増幅をみで、検査を保証。 内部精度管理! Ctをいくつまで回すかは、試薬等のシステム上の要求でもあります。 an.shimadzu.co.jp/bio/reagents/c… pic.twitter.com/g6pCCyx5LO

2020-11-05 02:38:20
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さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 PCRと一口に言っても、同じウイルス量でもキットでCt値は、大きくかわります。 同様に、分析上Ctをいくつまで回すかは、キット毎に異なります。 twitter.com/mebaruhirame/s…

2020-11-05 02:46:32
さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 日本のPCRの種類  感染症指定病院等の 大病院アンケート N=117 感染研処方 37 ロシュ   22 島津    29 その他   29 twitter.com/mebaruhirame/s…

2020-11-05 03:00:07
さと う🌛 @mebaruhirame

コロナ検査に関するアンケート 一般社団法人日本臨床検査医学会 COVID-19 の検査における アンケート調査結果 COVID-19への対応を議題で準備を進めるため各施設検査部門の COVID-19 検査への対応を調査 第1、2種感染症指定医療域間 、 協力病院等 jslm.org/about/zenkoku/… pic.twitter.com/yZs9pspAFK

2020-11-02 00:24:22
さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 感染研処方では、最終分析検体で5コピーが、Ct38相当のようだ。 つまり、これ以上のCtの検体は、ほぼない。 増幅用最終分析検体なので、採取綿棒で計算すると、1000~3000程度のウイルスがある計算になる。  空中を漂うウイルスがたまたま付着するレベルでない twitter.com/mebaruhirame/s…

2020-11-05 03:12:00
さと う🌛 @mebaruhirame

感染研処方 京都大学のレポート 「SARS-CoV-2 核酸検出」PCR 反応系の比較検討 感染研処方でのCt値とウイルスコピー数 三回測定。 5コピー程度は、測定困難のようだ。 50コピーは、必要か。 『NC (38.5, >40, negative)』の記載のように、濃度低いと再現性困難。 kuhp.kyoto-u.ac.jp/~ict/clm/wp-co… pic.twitter.com/l0rMQPveDE

2020-11-04 00:08:59
さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 増幅曲線での検体のCtの見方。 図の立ち上がるところを読む。▲のところ。  つまり、検体Ct以上に回す。 必ず。 立ち上がりを、ある一定の蛍光量に達したら読む場合と、二回微分して、読むとかで決定する。 CtはCpと表現する場合もある。 twitter.com/mebaruhirame/s…

2020-11-05 03:22:40
さと う🌛 @mebaruhirame

メモ1 各ウイルス濃度で三反復測定 濃度の低い10の1乗あたりから、サンプル採取時のバラつきのため、再現性低下。 限界濃度とは、実はサンプリングのバラつきだ。 PCRそのものは、正直に増幅して留。 Cp Crossing Point pic.twitter.com/xcjUoDtvWr twitter.com/ramos59454108/…

2020-09-28 21:15:37
さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 陽性者判定された実際のCt値分布 なんと Ct35以下が61/62例 前述のようにCt38あたりが、検査検体で5コピーの検出限界だから、Ct35超えは希である。 外国の例でも34.5を超えるCtの個人の割合は、3.6%との記述が論文内にある(但し未発表のデータとのこと)。 twitter.com/mebaruhirame/s…

2020-11-05 03:38:23
さと う🌛 @mebaruhirame

@funkyfungifun @sunasaji ありがとうございます。 これ知りたかった。 本当に少ないですね。 それと、このデータは、4月の始め なので、検査遅れが想像されるので、今はもっと少ないかも。 pic.twitter.com/JoJ97GAxpx

2020-10-11 03:49:28
さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 結論 ①Ct45あたりまで『分析のため』まわす』。精度管理! ②45かどうかは、キットで異なる。キット差。多様なキット。 ③感染研処方で言えば、Ct38程度で、最終分析検体で、5コピー。 Ct40は、その1/4。もう検出限界。最終分析検体にウイルスがない確率発生。 以上 分析視点から。

2020-11-05 09:05:36
さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 分析は、取説のとおり回す単なる技術要件。 しかし、 分析Ct値と『陽性』判定Ct値は、異なってもよい。 台湾や中国は、そうしているようだ。Ct35or37まで陽性。超えて検出された場合疑陽性とか。 但し、この二国は、『隔離第一主義』。 接触『可能性』だけで、隔離する。日本では無理。

2020-11-05 09:20:24
さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 日本で、Ct値統一できるか? ⇒無理である。14種類以上の検査キットが、既にある。 キットの性能、技術要件は、各々異なる。 どうしても、統一したいなら、Ctでなく、ウイルス濃度基準だろう。 ウイルス数X個から陽性とし、各キットで該当Ct設定………無理!! pic.twitter.com/jjVJ3Ns2Pv

2020-11-05 09:31:41
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さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 Ct35以上は、『生きた』ウイルス少ないから……… ⇒そのとおりだが、 ①機種多様でCt一律論議不能。 ②可能性あれば隔離が、拡大防止に有効。 人権とのバランスは別論議 ③Ct35以上は少ない。 (逆のニュース記事はあるが、いまのところ、データがない。あれば、検討・訂正する。)

2020-11-05 09:46:40
さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 イギリス政府のCt説明文書 ・Ct値は、異なる試験法では、  直接比較できない ・英国には、多くのPCR試験法がある ・試験法によって、検出限界も異なる ・標的遺伝子も、単数、複数、様々 ・試薬量も異なる ・検査時の液量も異なる ・典型的なCtは最高40 assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… pic.twitter.com/i4cT4pDnM6

2020-11-05 22:47:32
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さと う🌛 @mebaruhirame

PCR CT45 米国 FDAも特に決めはないようだ。 (Twitter) 詳細未確認。 画像は、その一例。 PCRは、XpertXpressでCt45 twitter.com/ifihadastick/s… pic.twitter.com/UHBacd2bUY

2020-11-05 23:21:19
Josh Stevenson @ifihadastick

The FDA, with their Emergency Use Authorizations, have issued Molecular Diagnostic Templates for PCR test manufacturers that referenced 40 Ct, but stated in an email to New York Times that they "do not specify" the threshold setting. fda.gov/media/135900/d… /6

2020-09-21 22:05:39
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さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 Ctと発症後の経過日数は色々データある。 こういう図を見ると、初期でもCt40あたり沢山いるので、Ct45回して、Ct40判定かなと思うけど。 まあ、論議しない。 個人ごとの綿密な追跡必要だし、感染者基準は、難しい。  A*STAR Fortitude Kit  シンガポール製 academic.oup.com/ofid/article/7… pic.twitter.com/GoQ7kQtbgJ

2020-11-06 00:10:10
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さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 研究者さんの例。 左が100コピーで、Ct37のコントロール。 右が、検体。Ct44。約1.6コピーと計算される。 このシステムでは、Ct50まで回すかも。 判定位置の線も高い。 判定蛍光線量もシステムで、異なり、Ct値が大きく変わる。 Ct値は、システム依存!! twitter.com/uwemon/status/…

2020-11-07 06:34:39
研究者「」@1copyからのRT-PCR @uwemon

@ramos59454108 @takavet1 そもそもCt値(Cq値)で基準を区切ろうというのは無意味です。手前味噌なデータですが100コピーのRNAを内部コントロールにして未知検体をqPCRしたときの増幅曲線です。100コピーのCq値は37、検体のCq値は44つまり100/64で1.6コピーですが、コントロールと同様の増幅をしていますので陽性と判定します pic.twitter.com/FUh5LkIPiz

2020-10-10 14:35:16
さと う🌛 @mebaruhirame

オンタリオ ・Ct45くらいまで回し図を書く ・カットオフはメーカー設定 陽性カットオフは安定 して検出される値 陰性カットオフはこれ以上は 期待できない領域 中間値は、再検査 ・Ct値は相対的: 試験方法による ・Ct3.3差で10倍 publichealthontario.ca/-/media/docume… pic.twitter.com/OWH2B4tLHV

2020-11-08 21:20:09
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さと う🌛 @mebaruhirame

米国2020/7/13 -CDC Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel For Emergency Use Only 細かい実技マニュアル 3種の試薬記載 どの試薬でもCt45まで回す Ct40以下なら陽性 バックグランドノイズが見える図 fda.gov/media/134922/d… pic.twitter.com/MNO6uFnHBJ

2020-11-08 21:49:00
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さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 カナダの21ものPCR比較 NCBI 5/13 Short communication 病院および公衆衛生研究所で研究所開発のテスト(LDT)と、いくつかの市販のリアルタイムPCRの検出限界 多様性あり 機器、試薬、PCR targets, 反応条件 画像大きすぎで一部。右端がポイント。 ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P… pic.twitter.com/ED9aDyHeJc

2020-11-09 09:29:18
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さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 カナダ続き ・検出限界LoD は、 3.4 から4.5 log10 copies/mL. 2500~ 32000コピー/ml 1000/Template vol.で計算すると 3.4~160コピー/反応液 ・陽性カットオフCtは、30~45 ・マルチプレックスは当初特異性確保のためであったが感度向上もある。 ・これは、培養細胞からの調整検体

2020-11-09 10:16:55
さと う🌛 @mebaruhirame

PCR Ct45 中国37 二度も測定して37以下は、陽性。 37以上は、擬陽性。 隔離優先だからPCR検査なんて後でやればいい。 濃厚接触者は、強制隔離して、連日検査。 濃厚接触をの濃厚接触者も。 そもそも、Ct37の意味がない?陰性でも隔離

2020-11-13 06:05:01