新型コロナウイルス N440K変異について
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Vishal Sah
@acurious_one
PhD student trying to explore the fantastic world of viruses at @csir_ccmb. A cricket player and a part-time writer. All opinions are my own.
さて、N440K変異が第二波の原因であるとかそうでないとか、私たちの研究室の研究に基づいて様々なニュースが流れていますが、議論されている所見と、その所見がどのように解釈されたかを明らかにしてみたいと思います。
Vishal Sah
@acurious_one
Okay, so there has been a lot of news circulating about N440K variant being or not being the cause of second wave based on a study from our lab...I will just try to clarify the findings which have been discussed and how the findings were interpreted: a thread #N440K #LongCovid
2021-05-05 01:18:10数日前、私達の研究室は、N440K変異体（B.1.36とも呼ばれる）は親系統のA2a（D614G変異体やB.1.1.8とも呼ばれる）や無関係のA3i変異体（B.6とも呼ばれる）よりも感染性のフィットネスが高いというプレプリントの論文を発表しました。
Vishal Sah
@acurious_one
So a few days back we published a preprint from our lab that N440K variant (also known as B.1.36) has more infectious fitness than its parent lineage A2a ( also known as D614G mutant or B.1.1.8) and an unrelated A3i variant (aka B.6)
2021-05-05 01:18:11また、2021年4月24日までの@GISAIDの配列情報をもとに、N440K変異の割合が増加しており、他の地域よりも一部の地域に集中していることを示唆しています。
Vishal Sah
@acurious_one
We have also suggested that based on the sequence information on @GISAID till April 24th 2021, the proportion of N440K variants are increasing, clustering in some regions more than the others.
2021-05-05 01:18:11この研究のどこにも、N440Kウイルスが最も致命的であるとは書かれていません。インドで起きている第二波の決定的な原因であるとはどこにも書かれていないし、イギリス株や二重変異よりもN440Kの方が危険であるなどとはどこにも書かれていない。
Vishal Sah
@acurious_one
Nowhere in the study it's been said that the N440K virus is the deadliest. Nowhere in the study it's been said that it is definitive cause of second wave happening in India, and nowhere in the study it's been said that #N440K is more dangerous than #UK strain or #DoubleMutant
2021-05-05 01:18:12UK株と二重変異株は、現在の拡散速度では最終的にN440Kを征服する事になり、N440Kの方が「致死性」が高いということでパニックになる必要はないという事実に全く同意します。
感染力が強くなることと、致死性が高くなることは全く別のことです。
Vishal Sah
@acurious_one
Totally agree with the fact that UK and double mutant will ultimately take over N440K at their current rate of spread, and no need to panic about N440K being more 'deadly' Being more infectious and being lethal are two totally different things.
2021-05-05 01:18:12ウイルス株の感染力は、どれだけ効率的に宿主に侵入できるか、宿主の機構を使ってどれだけ早く複製し、新しいウイルス粒子を作れるか、宿主の免疫反応からどれだけ効率的に逃れられるかなど、多くの要因に左右されます。
Vishal Sah
@acurious_one
Infectivity of a strain depends upon many factors which involves how efficiently it can enter the host, how fast it can use host machinery to replicate and make new virus particles and how efficiently it can escape the immune response from the host
2021-05-05 01:18:13今回の研究では、N440Kの感染力をUK株や二重変異株と比較していません。N440Kの変異を持たない親株や、現在は集団の中でほとんど失われてしまった別の株と比較しました
Vishal Sah
@acurious_one
We did not compare the infective titer of N440K with UK or double mutant in this study. We compared it with its parent strain which did not have N440K mutation and with another strain which is now almost lost among the population.
2021-05-05 01:18:13そして、N440KはA2aの10倍、A3iの約1000倍の感染力があることがわかりました。UKと二重変異株の比較はまだですが...いずれも細胞培養モデルでの話です。
Vishal Sah
@acurious_one
And we found that N440K is 10 times more infective than A2a and about 1000 times more infective than A3i. The comparison between UK and double mutant is yet to be done...and all these are in cell culture models.
2021-05-05 01:18:14しかし、インド亜大陸からの配列情報が不足しており、このパンデミックの中の明確な患者データと履歴がないため、臨床研究を行うのは難しいでしょう.... 難しいですが、不可能ではありません!
Vishal Sah
@acurious_one
But with the sequencing shortage from Indian subcontinent and lack of clear patient data and history among this pandemic, it will be challenging to perform a clinical study.... difficult but not impossible!
2021-05-05 01:18:14だからこそ、メディアや他のリーチの高い人たちに心からお願いしたいのですが、データにきちんと目を通し、調査結果を誤解しないようにお願いします。私たちは、私たちが持っているあらゆるリソースを使って、科学のために価値ある情報を生み出そうと懸命に努力しています。
Vishal Sah
@acurious_one
Therefore my sincere request to media and other people with high reach, please go through the data properly and kindly do not misinterpret the findings. We are trying really hard to generate valuable information for the scientific community by using whatever resources we have
2021-05-05 01:18:15そして最後に、どんな（変異）株であっても、どんなに感染力があっても...COVIDに対する適切な行動が何よりも重要です。マスクを着用し、ソーシャルディスタングを保ち、ポジティブに考えれば、すべてがうまくいくでしょう!
Vishal Sah
@acurious_one
And lastly, no matter the strain, no matter how infective...proper covid behaviour is of utmost importance. Wear mask, keep social distancing and be positive, everything will be okay! ♥️ #LongCovid #COVID19 #coronavirus #Thread #SARS_CoV_2 #strain
2021-05-05 01:18:15これがそのプレプリント論文です。また、何か質問がありましたら、お気軽にご連絡ください。喜んでお手伝いしますし、勉強にもなります。
Vishal Sah
@acurious_one
biorxiv.org/content/10.110… This is the preprint just in case someone wants to have a read. And feel free to reach out if any of you have any questions. Will be more than happy to help and learn.
2021-05-05 01:22:38