PCR検査における特異度100％の意味と日本の空港検疫・水際対策のダメさとインド変異株。そしてワクチンについて(2021.5.18作成)

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凍結される前に資料おいとこ。ニ号だから別人だけども。 pic.twitter.com/Li8C10pdlN

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まんさく @sakuma8238

@ramos262740691 @BB45_Colorado すみません。お手数をお掛けします。機械物理系の人間です。 どなたにお聞きしても他に聞いてくれとしか言われないので。感度・特異度の数値は、定義上どの時期のものでしょうか？①感染時、②発症時、③ウィルスを出し始めた時期、④その他、ご教示頂ければ幸いです。

ramos2 @ramos262740691

@mansakusenn @BB45_Colorado 左の「検査能力として」と書いてるのが解析感度です。時期に関係なく。 右の「採取含めた実臨床」は、PCRは発症日から7日以内サンプル、鼻咽頭スワブです。根拠論文は右にURL PCR以外の測定系は、どの時期のどんなサンプルであれ、PCR陽性検体に対する正答率で論文化されていますので、そこから算出

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@mansakusenn @BB45_Colorado しております。

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@ramos262740691 @mansakusenn これは理解できない人が医師どころか「ウィルス研究者」にもウヨウヨいますが、PCR法は、DNAかcDNAが1本でもあれば40Ctで必ず検出できます。 DNAかcDNAが無ければ検出しません。これが感度100%、特異度100%の意味です。 ところがこの対象がDNAかcDNAであってRNAではない事に要注意です。

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@ramos262740691 @mansakusenn コロナウィルスのようなRNAウィルスの場合は、RNAを抽出してcDNAにする工程が入ります。 この工程でRNAが一個でもあれば検出とはなりません。RNAを抽出し、cDNAになるまでの工程で収率が必ず存在するからです。 この収率については僕は知りません。ラモスさんのように実際にやっている人なら常識です

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@ramos262740691 @mansakusenn 一方で、人体から検体をとる際にそこにウィルスがいなければ当然ウィルスは取れませんが、いればかなりの分量が取れることが分かっています。 ウィルスが一個しかないというような架空の設定は考える必要が無いのです。 結果として上気道にウィルスがいる接触後平均3日後以降は鼻咽頭スワブで良いです

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@ramos262740691 @mansakusenn 唾液の場合は、上気道分泌物だけで無く唾液腺も感染するためにコロナウィルスの採取は、発症後9日以内なら採取できます。発症前も少なくとも1日前には採取できるようです。 このような期間と部位で検体採取をすれば、そこにコロナウィルスが居る限り、PCR検査では、ウィルスを検出に成功します。

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@ramos262740691 @mansakusenn ウィルスに感染し、不感期間経過後でしたら感染部位にウィルスは沢山いますので、そこから検体を採取したらそこにウィルスが一個と10個とかケチくさい量子しない事はあり得ず、RNA抽出とcDNA合成は成功します。

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@ramos262740691 @mansakusenn 逆に「偶然空気中をウィルスが一個だけ浮いていてそれでコンタミしたら偽陽性」というありえない空想を持ち出してラモス氏と私にストーカーをしていたのが腐った魚卵＝イックラ〜＝医クラ（）に寄生しているテロリストーカーAHOです。 まずコンタミさせないのは品質保証、品質管理の基礎の基礎です。

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@ramos262740691 @mansakusenn テロリストーカーAHOもコンタミ医者もそうですが、地獄のような汚いラボで全く品証のなり立たない仕事をしているのでしょう。 仮にRNAウィルス一個が入ったとしてもRNA抽出工程で破壊されてお仕舞いですし、cDNA生成後のPCRプロセスには当然干渉できません。 極めてリアリティの乏しい素人の戯言です

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@ramos262740691 @mansakusenn このRNA抽出工程に手間と時間かかる為一年前からラモス氏が推奨しているダイレクトPCRがあります。 RNA抽出工程を飛ばしてRNA分離、cDNA生成、PCR工程を一つにするもので唾液PCRではよく使われます。 cDNAの収率がやや低くプライマーの活動を試薬が阻害する可能性があって感度の低下が心配されました。

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@ramos262740691 @mansakusenn 実際には、プライマーの活動を殆ど阻害しない優秀な試薬が開発されたために、ダイレクトPCRは、通常のRT-PCRにそれほど劣らないという事で実用上劣らないとのことです。

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@ramos262740691 @mansakusenn 結局、主として用いられている鼻咽頭スワブと唾液ですが、発症直前直後、発症後一週間以内でしたら検体採取成功率は高く、検体採取に成功すればPCR法で100％検出できます。 検体採取成功率が95%前後とされています。これにPCR法の感度100%を掛けて「PCR検査の感度」95%となります。

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@ramos262740691 @mansakusenn まだ検体採取感度の高さが分かっていなかった頃は、感染研のマニュアルでは、唾液と鼻咽頭スワブと痰の三種類取り、さらには糞、尿ほかもできるだけとって欲しいとしていましたが、昨年7〜9月以降は、基本的に鼻咽頭スワブか唾という事になっています。 実際に検査を受けた人も採取は基本一箇所です。

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@ramos262740691 @mansakusenn PCR検査の感度95%という数字が検体採取成功率のことを示す以上、これは同じ手法で検体を採取する抗原検査も支配します。 抗原検査などPCR検査以外の手法の感度と特異度は、PCR検査で判定した検体をそれらの手法で検査してPCR検査と一致するか否かで評価されます。

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@ramos262740691 @mansakusenn 抗原検査の感度50%は、PCR検査で陽性と判明している検体のうち50％を陽性と判定できたという意味です。 従って、PCR検査と同じ基準ならばこれに検体採取成功率95%をかけねばなりません。結果、この抗原検査の臨床感度は98%程度となります。 富士レビオのキットは37%の感度が実際には35%となります。

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@ramos262740691 @mansakusenn 訂正） 結果、この抗原検査の臨床感度は98%程度となります。 ↓　↓　↓ 結果、この抗原検査の臨床感度は48%程度となります。

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@ramos262740691 @mansakusenn 訂正 抗原検査の感度50%は、PCR検査で陽性と判明している検体のうち50％を陽性と判定できたという意味です。 従って、PCR検査と同じ基準ならばこれに検体採取成功率95%をかけねばなりません。結果この抗原検査の臨床感度は48%程度となります。 富士レビオのキットは37%の感度が実際には35%となります。

ramos2 @ramos262740691

そうそう。これこれ。 抑制論者は、去年、「PCRは感度低い」が都合悪くなると、「感度高過ぎて1個でもくっついてたら偽陽性！」って言い出したんだけど(感度高いか悪いかどっちやねんw) RNAの抽出工程でロスあるんすよね。そもそも抽出しない迅速診断試薬でもウイルス粒子溶かすとこで同。 twitter.com/BB45_Colorado/…

ramos2 @ramos262740691

説明して頂きありがとうございますm(_ _)m というか、これめっちゃ良スレと思う。 twitter.com/BB45_Colorado/…

ParkSJ　朴勝俊🌹GND 脱原発！グリーン・ニューディール @psj95708651

@BB45_Colorado @ramos262740691 @mansakusenn ありがとうございます、PCRを理解したい素人です。「この工程でRNAが一個でもあれば検出とはなりません」というところの意味の理解が難しいのですが、「一個ぐらいでは検出とはなりません」あるいは、「一個でもあれば検出となります」ではないのしょうか？　お忙しいなかすみません。

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@psj95708651 @ramos262740691 @mansakusenn RNAが一個だけでは、RNA抽出工程で壊れてしまいます。 何個のウィルスがあれば良いかは残念ながら分かりません。これは実験屋に教えてもらうことになりますが、それ以前に検体採取でウィルスが取れる場合、一個とか十個とか言う事はあり得ません。 少なくとも数万個、数億個と聞いています。

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@psj95708651 @ramos262740691 @mansakusenn この数万個なり数億個なりのウィルスが取れた検体が保存液にはいっており、それからPCRに使う検体が分けられます。そこに何個入っているかが問題で最低10個なのか100個なのか1000個なのかは今僕には分かりません。RNA抽出工程やダイレクトPCRの収率に依存します。実験定数なので実験屋が知っています。