2021年8月19日

【生命科学】最近、なぜ日本の研究者はシングルセルRNAseqをやっていないのか、という話を聞くようになりました。どうすればよいのか、考えたいと思います。

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山形方人(nihonGO) @yamagatm3

最近、なぜ日本の研究者はシングルセルRNAseqやっていないのか、という話をあちこちから聞くようになりました。欧米でやられてしまって、もうやることがないがないというような諦めのような話も聞きます。(1/n) twitter.com/yamagatm3/stat…

2021-08-19 01:19:39
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

実は私は5年くらい前からやろうとして、そういう方向の話で公募を出してきたのですが、相手にしてくれなかったです。同じようなことは「コネクトーム」の時もありました。こういうものはこれから重要になるだろうからと、分野が大きくなる5年くらい前から言っていました。(2/n)

2021-08-19 01:23:11
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

気づいていないリーダーが多い。あるいは、日本独自のことをやろうということが大切だということを強調するリーダーが多い。日本独自のこともよいのですが、そもそも基本となるような世界的な先端科学の兆候を捉えることができない。その結果、日本の科学が弱体化してきると思います。(3/n)

2021-08-19 01:27:30
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

同じようなことは、ヒトゲノムの時もあったのでしょう。基本、基盤となる先端科学を無視・排除して、日本独自のことだけに関心を向ける。その結果、日本の独自性を目指す科学の発展にも大きな影響を及ぼすことになるわけです。(4/n)

2021-08-19 01:30:35
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

シングルセルRNAseqやコネクトームというのも、こういう基盤となるような技術や概念であるわけで、こういうのを無視してしまうというというのはやはり日本の学術の推進体制に大きな問題があると私は思います。(5/n)

2021-08-19 01:34:15
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

scRNA-seqについて言えば、「独自な系」、それは興味深い組織現象とか、生物を持っているような研究者、これは日本にも沢山いると思いますが、これを使うと、全く新しい世界がでてくる可能性が高いので、これから是非やってみるべきだと思います。(6/n)

2021-08-19 01:39:41
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

scRNA-seqは技術的にまだ完成していない部分もあって、最近も10xの新しいChromiumXが販売され始めたようですが、細胞数を増やすとか、アッセイ数を増やすとか、そういう基本的な部分でも発展途上だと思います。(7/n)

2021-08-19 01:41:55
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

特に空間トランスクリプトミクスですが、これは進歩が早すぎるのと、高価過ぎることもあってなかなか手にだせない。こういうのは日本独自の安価なシステムを早く見てみたいところ。(8/n)

2021-08-19 01:44:59
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

欧米で発達した先端基盤科学には冷淡な日本の科学コミュニティ。こういう先端基盤技術についての紹介記事を書いているような研究者が、何で日本でポストもなく、科研費にも応募できず、研究もできないような状態に追い込まれているのか、こういうのも大きな問題だと個人的には思います。(9/n)

2021-08-19 01:51:32
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

scRNA-seqやコネクトーム以外にも、これからこういうことが先端科学の基盤として重要になりそうだ、ということがあるのですが、こういうのも誰も聞いてくれる人がいません。(10/n)

2021-08-19 01:55:57
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

私はこの問題は日本の科学技術研究のあり方についての本質的かつ一般的な問題と関わっていると思っているので、是非、コメントもお願いします。 twitter.com/yamagatm3/stat…

2021-08-19 07:49:53
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

例えば、データサイエンス研究の貧困さ、ICTを理解しないリーダー的な研究者、コアファシリティのあり方、新技術についてのチュートリアル体制、新興分野を基盤分野と見なさず流行だと切り捨ててしまう研究者、若手を中心とした分野横断的な人事がうまくできない。など。。(11/n)

2021-08-19 07:58:56
太陽の子 @Hw3xmpcKKetYAQ9

@yamagatm3 研究内容や研究者の多様性のなさによる。シングルセルといえば生物学も物理学もあやふやな同じグループに予算は落ちる。突き詰めれば予算採択における審査、評価の問題。

2021-08-19 10:41:35
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

日本のバイオインフォマティクスの研究者というのは、紙の本を執筆するのには熱心ですが、コミュニティにデジタルで無償で貢献するというような人がほとんどいないように思ったりもします。(12/n)

2021-08-19 08:01:47
GenomeMatcher開発者 @GenomeMatcher

@yamagatm3 バイオインフォマティシャンの多くは誰かが作ったツールのユーザーにすぎないからでしょうね。ウエット研究者の多くが海外発の研究機器/解析技術を使っているだけということと同じ構図ではないでしょうか?

2021-08-24 13:03:52
tk (風来風来亭) @tkwsm

@yamagatm3 うーん。自分の周りからは「シングルセルRNAseqを初めてみたのだが〜」の話ばっかり聞かされている気がするので、よくわからないなあ。もちろん「いろいろ苦労している」という話なら聞くけれど。

2021-08-19 14:58:53
TakeTam @bic_icr_kyoto

@yamagatm3 現状、日本のバイオインフォ界でもデータサイエンス全盛でして、解析する価値のあるデータがあれば、人が群がるようにして解析されていきます。逆にデータがあるのに解析してもらえないという状況であれば、意義のある結論を導き出せる可能性が低いと判断されているのかもしれません。

2021-08-19 14:58:46
GenomeMatcher開発者 @GenomeMatcher

@yamagatm3 2つ考えて見ました。 (1) 新しい技術の習得が、日本ではポスト獲得につながらないから。この背景には、組織内の研究室がお互いに独立していて協力し合わないことが前提になっていて、特定の技術を持っていることを理由にその技術を持っている人を組織に迎え入れる動機が弱いということがある。 ....

2021-08-25 16:37:08
GenomeMatcher開発者 @GenomeMatcher

@yamagatm3 (2) 研究現場がエンジニアリングとセットになっていないから。新しい技術をいち早く導入するには、ちょっとした機器の自作が必要であったりします。日本の研究組織には工作室などがなく、新しい技術を取り入れた機器が売り出されるか、企業の受託解析サービスが始まるまで実施できない。

2021-08-25 16:40:31
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

Qiita やslideshareに、例えば10xのCell rangerから、Seurat, monocle, scanpyみたいなものを使えるところまで導いてくれるようなものがあるのでしょうか。 twitter.com/tonets/status/…

2021-08-19 16:15:35
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

Qiita やslideshareに、例えば10xのCell rangerから、Seurat, monocle, scanpyみたいなものを使えるところまで導いてくれるようなものがあるのでしょうか。 twitter.com/tonets/status/…

2021-08-19 16:15:35
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

日本のバイオインフォ業界では、シングルセルRNAseqのデータは解析価値がないと広く判断されているのでしょうか。 twitter.com/bic_icr_kyoto/…

2021-08-19 16:17:35
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

日本のバイオインフォ業界では、シングルセルRNAseqのデータは解析価値がないと広く判断されているのでしょうか。 twitter.com/bic_icr_kyoto/…

2021-08-19 16:17:35
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

日本では、米国で3-5年くらい前に過ぎたようなことが始まったばかりというのが、私の一般的な印象です。もちろん、例外的なものはたくさんあるでしょうが。。 twitter.com/tkwsm/status/1…

2021-08-19 16:19:35
山形方人(nihonGO) @yamagatm3

例えば、日本のなかで、scRNAseqのデータをデポジットして閲覧できるようなサイトというのはあるのでしょうか。 twitter.com/tkwsm/status/1…

2021-08-19 16:20:50
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コメント

吉田D @Yoshida2014 2021年8月19日
10年くらい前ラボでチャレンジしてるやついたけどなぁ。
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無益 @uHpKUnFoBvEzwHC 2021年8月19日
独創性と成果を求めた結果、猿真似する予算と能力すら失ないつつあり。予算配分など国家戦略を決める人達は60年位前の事ばっかり思い出し、最近30年の事は都合よく無視してるからじゃないですかね。
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