【バイオインフォマティクス勉強会】Ion Torrent入門
今日は http://t.co/5rm5RC8「【バイオインフォマティクス勉強会】Ion Torrent入門」参加予定。電波状態がよければいろいとつぶやく予定(タグ付け忘れで再度つぶやく)。 #ngsfield
2011-08-26 11:19:09ついに始まる。アメリエフの山口さんが挨拶。今回で9回目、去年の6月から。偶数月に開催。最初はSNP,R,Linuxサーバの導入などやっていたが、この6月からはNGSに特化する。ライフテクノロジージャパンの高橋さん。イオンPGMについて。
2011-08-26 16:09:24キャピラリーシーケンサーとNGSの違いの説明(1P目)、SoliDとイオンTorrent。前者が大規模、後者がエコノミーでこまわりが利く(2P)、ここで一枚だけSOLiDの説明(2機種)。5500と500l(3P)。PGMの説明、イトントレントの方がメジャー。
2011-08-26 16:13:14イオントレントは安くて速い(998万円、3時間)(4枚目)Wellのサイズは現在3.5μm。1.3μmでも計測は可能。用途はバクテリアのゲノムシーケンス、スモールRNAのRNASeq、ターゲット領域のキャプチャなど。今年の後半にホールトランスクリプトームのRNASeqができる。
2011-08-26 16:17:19半導体の上で、反応をシーケンシングをする。マイクロマシーンみたいなものなのだろうか。1ウェルが1センサ。ランごとにチップを交換。DNAはウェル内のビーズに結合する。ウェルにビーズが一個。ビーズに結合するとプロトンがでてPHが変わるのを電気的に検出。みたいな機構。
2011-08-26 16:19:33ようするに最終的にプロトンが出る。パイロシーケンサの場合は途中にプロセスがあるが、PGMは途中のプロセスがなく線形性が成り立つダイナミックレンジが広いと期待。
2011-08-26 16:20:53本体の他にサーバをセットで売っている。現在はスループット100Mbと10Mbの機械を販売している。今年中に1Gbのスループットのチップを出す予定。ショートリード長も200塩基に。
2011-08-26 16:25:20同じチップでプロトコルを変えると250塩基まで読める。スループットは314chipだと公式には10Mbだが100Mb,316chipは100Mbだが3,4倍になる。
2011-08-26 16:26:40実験の流れ:他の次世代シーケンサと同じ。まず、断片化。200塩基くらいに。両端にアダプターをライゲーション。ゲルで200塩基のものを選択。または、プライマで特定領域を読むことも可能。
2011-08-26 16:28:27ちゃんと結合しているビーズだけを選択。この過程で、操作が20分、機械が3時間で、チップにロードの準備が整う。コントロールビーズという「答え」が解っているものを混ぜる。
2011-08-26 16:31:37サーバに自動的にデータ転送、ベースコールとマッピングがされる。WEBサーバが動いているので自分のパソコンから操作できる。ただし、入っているソフトは簡単なものでとりあえずつかう程度。最終的にはアメリエフに頼むなどが必要。
2011-08-26 16:33:12運用例:E. Coli。5月中旬にヨーロッパでO154が流行った。3日でシーケンス決定。314chipで8ラン。約100Mbが得られた。10Mbのチップ8回ででたので、公証のちょっと上くらいの性能。
2011-08-26 16:37:30運用例2:ピロリ菌の場合。36カバレージで読んだ場合。コンセンサス配列でどれくらい正確かを考える(多数決制)。9merでも99%まで読める。
2011-08-26 16:40:13