【バイオインフォマティクス勉強会】Ion Torrent入門

【バイオインフォマティクス勉強会】Ion Torrent入門での @Yh_Taguchi さんのツイートをまとめました。
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田口善弘 @Yh_Taguchi

今日は http://t.co/5rm5RC8「【バイオインフォマティクス勉強会】Ion Torrent入門」参加予定。電波状態がよければいろいとつぶやく予定(タグ付け忘れで再度つぶやく)。 #ngsfield

2011-08-26 11:19:09
田口善弘 @Yh_Taguchi

ついに始まる。アメリエフの山口さんが挨拶。今回で9回目、去年の6月から。偶数月に開催。最初はSNP,R,Linuxサーバの導入などやっていたが、この6月からはNGSに特化する。ライフテクノロジージャパンの高橋さん。イオンPGMについて。

2011-08-26 16:09:24
田口善弘 @Yh_Taguchi

キャピラリーシーケンサーとNGSの違いの説明(1P目)、SoliDとイオンTorrent。前者が大規模、後者がエコノミーでこまわりが利く(2P)、ここで一枚だけSOLiDの説明(2機種)。5500と500l(3P)。PGMの説明、イトントレントの方がメジャー。

2011-08-26 16:13:14
田口善弘 @Yh_Taguchi

イオントレントは安くて速い(998万円、3時間)(4枚目)Wellのサイズは現在3.5μm。1.3μmでも計測は可能。用途はバクテリアのゲノムシーケンス、スモールRNAのRNASeq、ターゲット領域のキャプチャなど。今年の後半にホールトランスクリプトームのRNASeqができる。

2011-08-26 16:17:19
田口善弘 @Yh_Taguchi

半導体の上で、反応をシーケンシングをする。マイクロマシーンみたいなものなのだろうか。1ウェルが1センサ。ランごとにチップを交換。DNAはウェル内のビーズに結合する。ウェルにビーズが一個。ビーズに結合するとプロトンがでてPHが変わるのを電気的に検出。みたいな機構。

2011-08-26 16:19:33
田口善弘 @Yh_Taguchi

ようするに最終的にプロトンが出る。パイロシーケンサの場合は途中にプロセスがあるが、PGMは途中のプロセスがなく線形性が成り立つダイナミックレンジが広いと期待。

2011-08-26 16:20:53
田口善弘 @Yh_Taguchi

たくさんウェルが並んだチップの上を液が流れていく。液が流れると、特定の塩基がウェルに反応する。

2011-08-26 16:22:48
田口善弘 @Yh_Taguchi

塩基の結合と検出が数秒で済むので、高速シーケンスが期待できる。

2011-08-26 16:23:38
田口善弘 @Yh_Taguchi

本体の他にサーバをセットで売っている。現在はスループット100Mbと10Mbの機械を販売している。今年中に1Gbのスループットのチップを出す予定。ショートリード長も200塩基に。

2011-08-26 16:25:20
田口善弘 @Yh_Taguchi

同じチップでプロトコルを変えると250塩基まで読める。スループットは314chipだと公式には10Mbだが100Mb,316chipは100Mbだが3,4倍になる。

2011-08-26 16:26:40
田口善弘 @Yh_Taguchi

実験の流れ:他の次世代シーケンサと同じ。まず、断片化。200塩基くらいに。両端にアダプターをライゲーション。ゲルで200塩基のものを選択。または、プライマで特定領域を読むことも可能。

2011-08-26 16:28:27
田口善弘 @Yh_Taguchi

次にエマルジョンPCRする。水泡の中でPCR増幅するそうです。

2011-08-26 16:29:18
田口善弘 @Yh_Taguchi

ちゃんと結合しているビーズだけを選択。この過程で、操作が20分、機械が3時間で、チップにロードの準備が整う。コントロールビーズという「答え」が解っているものを混ぜる。

2011-08-26 16:31:37
田口善弘 @Yh_Taguchi

サーバに自動的にデータ転送、ベースコールとマッピングがされる。WEBサーバが動いているので自分のパソコンから操作できる。ただし、入っているソフトは簡単なものでとりあえずつかう程度。最終的にはアメリエフに頼むなどが必要。

2011-08-26 16:33:12
田口善弘 @Yh_Taguchi

SAMtoolが動いている、クリックして自動的にIGV起動、など。

2011-08-26 16:35:34
田口善弘 @Yh_Taguchi

運用例:E. Coli。5月中旬にヨーロッパでO154が流行った。3日でシーケンス決定。314chipで8ラン。約100Mbが得られた。10Mbのチップ8回ででたので、公証のちょっと上くらいの性能。

2011-08-26 16:37:30
田口善弘 @Yh_Taguchi

運用例2:ピロリ菌の場合。36カバレージで読んだ場合。コンセンサス配列でどれくらい正確かを考える(多数決制)。9merでも99%まで読める。

2011-08-26 16:40:13
田口善弘 @Yh_Taguchi

運用例3:ホルマリン固定サンプルからSNP検出。キャピラリーと同等以上の性能。運用例4:がん。レアバリアントもOK.

2011-08-26 16:41:11
田口善弘 @Yh_Taguchi

ライフテクノロジーは以上で終わり。

2011-08-26 16:41:32
田口善弘 @Yh_Taguchi

質問:チップに書ける前にエマルジョンPCRの成功度はチェックしないのか? 答え:ビーズを選択するときに解ることもある。

2011-08-26 16:42:51
田口善弘 @Yh_Taguchi

質問:断片化に酵素法以外も使うということだが 答え:酵素だけでいけると思う。

2011-08-26 16:44:06
田口善弘 @Yh_Taguchi

質問:コントロールビーズを混ぜると言うが。それもシーケンスするのだと思うが、それはその後の解析では除去するか 答え:します。

2011-08-26 16:45:13
田口善弘 @Yh_Taguchi

質問:コントロールビースでノーマライズするのか? 答え:ビーズではしない。他の方法を使っている。

2011-08-26 16:46:07
田口善弘 @Yh_Taguchi

個々のリードの精度ではなく、コンセンサスで正しく読むことを目指す。

2011-08-26 16:47:39
田口善弘 @Yh_Taguchi

質問:本体は安いそうだが、保守費は? 答え:保守は高くはない。

2011-08-26 16:50:02