南アフリカで新たな変異株 B.1.1.529 感染者急増の原因か(2021.11.26作成) #オミクロン株 #Ο株 #B.1.1.529

Full Spike profile: A67V, Δ69-70, T95I, G142D/Δ143-145, Δ211/L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F

2021-11-24 01:05:13

For those interested this has an NTD insertion at the NTD insertion hotspot (at aa214) which shows high likelihood of being host-derived (from host TMEM245 mRNA) pic.twitter.com/huNZbgEEsv

2021-11-24 01:05:14

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Worth emphasising this is at super low numbers right now in a region of Africa that is fairly well sampled, however it very very much should be monitored due to that horrific spike profile (would take a guess that this would be worse antigenically than nearly anything else about)

2021-11-24 01:05:15

A final observation - this variant contains not one, but two furin cleavage site mutations - P681H (seen in Alpha, Mu, some Gamma, B.1.1.318) combined with N679K (seen in C.1.2 amongst others) - this is the first time I've seen two of these mutations in a single variant...

2021-11-24 01:57:13

ramos2 @ramos262740691

懸念される変異株について。 11/11に見つかりまだ4件しかシークエンスは報告されていない。ただし、南アのこのシークエンスが既に香港で報告されているということが4件に含まれ、実態はもっと大きいか。 452変異はないようだけど、変異の数が多い twitter.com/PeacockFlu/sta…

2021-11-24 03:28:48

Small update: this lineage has now been assigned as B.1.1.529: github.com/cov-lineages/p…

2021-11-24 20:17:07

ケロ爺 @kero_jiji

Google翻訳でもなんかかなりヤバイのが出て来たって事は解る twitter.com/peacockflu/sta…

2021-11-25 04:17:05

Priamal Fear @PriamalFear

Scientists warn of new Covid variant with high number of mutations theguardian.com/world/2021/nov… The B.1.1.529 variant was first spotted in Botswana and six cases have been found in South Africa

2021-11-25 11:33:15

リンク the Guardian Scientists warn of new Covid variant with high number of mutations The B.1.1.529 variant was first spotted in Botswana and six cases have been found in South Africa 38368

変異株C.1.2も、話題にはなってますが、シークエンス数が少なすぎて、語るのは時期尚早ですね。南アフリカ間違いあり訂正します。 twitter.com/Rajeev_The_Kin…

2021-11-25 20:48:51

Rajeev @Rajeev_The_King

@NeilTStacey @BonnMarta @WesselsGreyling @TheSecretSarah @toit_ilze @MarkDavidsonAfr @rcr_pereira @DrEricDing Here is the growth comparison of C.1.2 wrt Delta over the past few months (as per last weeks report). Up till today, there has only been ~ 253 sequences detected in SA pic.twitter.com/5eBuYj1eim

2021-11-25 19:00:14

C.1.2 変異株 7/21から4ヶ月で 3、 2、 3、 4 % デルタと競争力があるのか微妙ですね、但し、南アフリカは、この間減少期間でしたので、(増えにくいので)様子見ですね。 pic.twitter.com/t5SlMa9fii

2021-11-25 20:49:57

Update on South African situation from @Tuliodna (Who is absolutely the best person to follow for updates on this) - bottom line is B.1.1.529 may already be quite widespread in SA. twitter.com/Newzroom405/st…

2021-11-25 21:19:22

Newzroom Afrika @Newzroom405

[WATCH] Prof. Tulio de Oliveira gives a summary of the new #COVID19 variant, the B.1.1.529, that has been detected in South Africa. #Newzroom405 pic.twitter.com/yfcilLCUPZ

2021-11-25 20:53:53

南アフリカは7月から減少局面。このような時は、新規株は増えにくい場合もあるようです。ごく最近、陽性者が増加し始めたようなのでどうなりますか。 pic.twitter.com/9p7k49H79K

2021-11-25 21:39:29

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南アフリカでは、C.1.2よりは、B.1.1.529の方を問題にしてるようです。検出用PCRも開発したようです。日本とは関係が浅いので、日本に影響するのは、はるか先と思いますが。 twitter.com/miamalan/statu…

2021-11-25 22:00:06

4. Here's how variants have spread in SA: 1. Light gray: lots of different types of virus (1st wave) 2. Green: 2nd wave (Beta) 3. Red: Delta, 3rd wave 4. Yellow: C.1.2 (still detected at low levels, but not increasing) 5. Blue: B.1.1.529 (increasing fast) pic.twitter.com/osjXNUJmiL

2021-11-25 21:26:27

WHOは、明日B.1.1.529にギリシャ文字をつけるようですね。だから情報が飛び交ってるのかな。 twitter.com/miamalan/statu…

2021-11-25 22:06:38

10. Summary: 1. We're starting to see generalised community transmission (as opposed to just cluster outbreaks) 2. Tomorrow @who will assign a Greek name to B.1.1.529 3. We don't yet know for sure, but it looks like B.1.1.529 might be more transmissible and escape immunity. pic.twitter.com/sxLvwnJlsF

2021-11-25 21:26:35

B.1.1.529 PCRはSGTFのようです。 s-gene target failure SGTF検体は、かなりの高率でB.1.1.529のようです。アルファのときもそうでしたね。 S遺伝子欠損部分がPCRで検出されず、他の遺伝子は検出される。南アフリカは、これの調査に注力するようです。 twitter.com/miamalan/statu…

2021-11-25 22:16:39

7. The rapid increase in B.1.1.529 cases is not just seen in GP, but also in other provinces, although the increases in other provinces are lower (those increases are based on smaller samples than in GP). pic.twitter.com/bEKX3HylsK

2021-11-25 21:26:31

B.1.1.529 ちょっとイヤらしい。南アフリカ急増開始の原因らしい。ここが第一の問題。変異はフーリン酵素切断のS1/S2部位付近に3つもある。 nsp6の△105~107欠損(α、γ、λ同様) R203K H204R(α、γ、λ同様) twitter.com/miamalan/statu… pic.twitter.com/3BIfNk8zxz

2021-11-25 22:39:54

[Thread] What is the potential impact of the new B.1.1.529 #COVID19 variant? @rjlessells: 1. It's relatively simple to detect some B.1.1.529 cases, as it's possible to use PCR tests to do this in some cases 2. B.1.1.529 = has many mutations across different parts of the virus pic.twitter.com/ytktqLzJUi

2021-11-25 21:26:24

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B.1.1.529 報告書も本日あたり出るらしい。図の青い線がSGTF比率。一挙に50%！！これはまずいですね。 WHOがギリシャ文字つけるはずだ！ pic.twitter.com/Tgrc6zviYx

2021-11-25 22:48:17

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繋げておきます。重要南アフリカの変異株 B.1.1.529 問題になりそう。デルタ株の席巻する中での急激なシェア増加。 WHOもギリシャ文字付与するとか。今後、こちらのスレで記載 (本来変異株専用のスレだが最近脱線) twitter.com/mebaruhirame/s…

2021-11-25 22:56:00

重要 B.1.1.529 なんと、まだ全国展開してないのに、国レベルで、Rt1.47！！ハウテン地方では、Rt1.93 (ヨハネスブルグ付近) プレトリア付近も多いので、拡大は早いですね。主要、貿易相手国のドイツ、米国あたりも注目かな？ twitter.com/miamalan/statu…

2021-11-25 23:17:20

3. The reproduction #SARSCoV2 number (how many other people one infected person will infect) in SA is rising. When it's bigger than 1, it's concerning. Nationally, the nr is now 1.47 and in Gauteng it's 1.93. pic.twitter.com/kOaoQ5HoCw

2021-11-25 21:40:59

日付切取線 @krtr_date

✄----------- 11/26(金) -----------✄

2021-11-26 00:00:01

B.1.1.529 要約 1.（クラスター発生によるものだけでなく）コミュニティへの一般的感染が見られ始めています。 2.明日@whoはギリシャ語の名前をB.1.1.529に割り当てます 3.まだはっきりとはわかりませんが、伝染力が強くより免疫回避するかもしれません。 twitter.com/miamalan/statu…

2021-11-26 00:18:36