南アフリカで新たな変異株 B.1.1.529 感染者急増の原因か(2021.11.26作成) #オミクロン株 #Ο株 #B.1.1.529

日付切取線 @krtr_date

✄----------- 11/24(水) -----------✄

Tom Peacock @PeacockFlu

Just spotted: very small cluster of variant associated with Southern Africa with very long branch length and really awful Spike mutation profile including RBD - K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H github.com/cov-lineages/p…

Tom Peacock @PeacockFlu

Full Spike profile: A67V, Δ69-70, T95I, G142D/Δ143-145, Δ211/L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F

Tom Peacock @PeacockFlu

For those interested this has an NTD insertion at the NTD insertion hotspot (at aa214) which shows high likelihood of being host-derived (from host TMEM245 mRNA) pic.twitter.com/huNZbgEEsv

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Tom Peacock @PeacockFlu

Worth emphasising this is at super low numbers right now in a region of Africa that is fairly well sampled, however it very very much should be monitored due to that horrific spike profile (would take a guess that this would be worse antigenically than nearly anything else about)

Tom Peacock @PeacockFlu

A final observation - this variant contains not one, but two furin cleavage site mutations - P681H (seen in Alpha, Mu, some Gamma, B.1.1.318) combined with N679K (seen in C.1.2 amongst others) - this is the first time I've seen two of these mutations in a single variant...

ramos2 @ramos262740691

懸念される変異株について。 11/11に見つかりまだ4件しかシークエンスは報告されていない。 ただし、南アのこのシークエンスが既に香港で報告されているということが4件に含まれ、実態はもっと大きいか。 452変異はないようだけど、変異の数が多い twitter.com/PeacockFlu/sta…

Tom Peacock @PeacockFlu

Small update: this lineage has now been assigned as B.1.1.529: github.com/cov-lineages/p…

ケロ爺 @kero_jiji

Google翻訳でも なんかかなりヤバイのが出て来たって事は解る twitter.com/peacockflu/sta…

Priamal Fear @PriamalFear

Scientists warn of new Covid variant with high number of mutations theguardian.com/world/2021/nov… The B.1.1.529 variant was first spotted in Botswana and six cases have been found in South Africa

さと う🌛 @mebaruhirame

変異株C.1.2も、話題にはなってますが、シークエンス数が少なすぎて、語るのは時期尚早ですね。 南アフリカ 間違いあり訂正します。 twitter.com/Rajeev_The_Kin…

さと う🌛 @mebaruhirame

C.1.2 変異株 7/21から4ヶ月で 3、 2、 3、 4 % デルタと競争力があるのか微妙ですね、 但し、南アフリカは、この間減少期間でしたので、(増えにくいので)様子見ですね。 pic.twitter.com/t5SlMa9fii

Tom Peacock @PeacockFlu

Update on South African situation from @Tuliodna (Who is absolutely the best person to follow for updates on this) - bottom line is B.1.1.529 may already be quite widespread in SA. twitter.com/Newzroom405/st…

さと う🌛 @mebaruhirame

南アフリカは7月から減少局面。 このような時は、新規株は増えにくい場合もあるようです。 ごく最近、陽性者が増加し始めたようなのでどうなりますか。 pic.twitter.com/9p7k49H79K

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さと う🌛 @mebaruhirame

南アフリカでは、C.1.2よりは、B.1.1.529の方を問題にしてるようです。 検出用PCRも開発したようです。 日本とは関係が浅いので、日本に影響するのは、はるか先と思いますが。 twitter.com/miamalan/statu…

さと う🌛 @mebaruhirame

WHOは、明日B.1.1.529にギリシャ文字をつけるようですね。 だから情報が飛び交ってるのかな。 twitter.com/miamalan/statu…

さと う🌛 @mebaruhirame

B.1.1.529 PCRはSGTFのようです。 s-gene target failure SGTF検体は、かなりの高率でB.1.1.529のようです。アルファのときもそうでしたね。 S遺伝子欠損部分がPCRで検出されず、他の遺伝子は検出される。 南アフリカは、これの調査に注力するようです。 twitter.com/miamalan/statu…

さと う🌛 @mebaruhirame

B.1.1.529 ちょっとイヤらしい。 南アフリカ急増開始の原因らしい。 ここが第一の問題。 変異はフーリン酵素切断のS1/S2部位付近に3つもある。 nsp6の△105~107欠損(α、γ、λ同様) R203K H204R(α、γ、λ同様) twitter.com/miamalan/statu… pic.twitter.com/3BIfNk8zxz

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さと う🌛 @mebaruhirame

B.1.1.529 報告書も本日あたり出るらしい。 図の青い線がSGTF比率。 一挙に50%！！ これはまずいですね。 WHOがギリシャ文字つけるはずだ！ pic.twitter.com/Tgrc6zviYx

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さと う🌛 @mebaruhirame

繋げておきます。 重要 南アフリカの変異株 B.1.1.529 問題になりそう。 デルタ株の席巻する中での急激なシェア増加。 WHOもギリシャ文字付与するとか。 今後、こちらのスレで記載 (本来変異株専用のスレだが最近脱線) twitter.com/mebaruhirame/s…

さと う🌛 @mebaruhirame

重要 B.1.1.529 なんと、まだ全国展開してないのに、 国レベルで、Rt1.47！！ ハウテン地方では、Rt1.93 (ヨハネスブルグ付近) プレトリア付近も多いので、拡大は早いですね。 主要、貿易相手国のドイツ、米国あたりも注目かな？ twitter.com/miamalan/statu…

日付切取線 @krtr_date

✄----------- 11/26(金) -----------✄

さと う🌛 @mebaruhirame

B.1.1.529 要約 1.（クラスター発生によるものだけでなく）コミュニティへの一般的感染が見られ始めています。 2.明日@whoはギリシャ語の名前をB.1.1.529に割り当てます 3.まだはっきりとはわかりませんが、 伝染力が強くより免疫回避するかもしれません。 twitter.com/miamalan/statu…

さと う🌛 @mebaruhirame

B.1.1.529 このような見方もあるのですね。 Emmaさん @nextstrain 『感染が下火になってるから、デルタと競合しにくく、競争力があるのかどうかはよくわからない。』 私は、下火になってるから、その環境で増えるのは、感染伝達力が強いと考えました。 twitter.com/firefoxx66/sta…