2021年11月26日

南アフリカで新たな変異株 B.1.1.529 感染者急増の原因か(2021.11.26作成) #オミクロン株 #Ο株 #B.1.1.529

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日付切取線 @krtr_date

✄----------- 11/24(水) -----------✄

2021-11-24 00:00:01
Tom Peacock @PeacockFlu

Just spotted: very small cluster of variant associated with Southern Africa with very long branch length and really awful Spike mutation profile including RBD - K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H github.com/cov-lineages/p…

2021-11-24 01:05:13
Tom Peacock @PeacockFlu

Full Spike profile: A67V, Δ69-70, T95I, G142D/Δ143-145, Δ211/L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F

2021-11-24 01:05:13
Tom Peacock @PeacockFlu

For those interested this has an NTD insertion at the NTD insertion hotspot (at aa214) which shows high likelihood of being host-derived (from host TMEM245 mRNA) pic.twitter.com/huNZbgEEsv

2021-11-24 01:05:14
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Tom Peacock @PeacockFlu

Worth emphasising this is at super low numbers right now in a region of Africa that is fairly well sampled, however it very very much should be monitored due to that horrific spike profile (would take a guess that this would be worse antigenically than nearly anything else about)

2021-11-24 01:05:15
Tom Peacock @PeacockFlu

A final observation - this variant contains not one, but two furin cleavage site mutations - P681H (seen in Alpha, Mu, some Gamma, B.1.1.318) combined with N679K (seen in C.1.2 amongst others) - this is the first time I've seen two of these mutations in a single variant...

2021-11-24 01:57:13
ramos2 @ramos262740691

懸念される変異株について。 11/11に見つかりまだ4件しかシークエンスは報告されていない。 ただし、南アのこのシークエンスが既に香港で報告されているということが4件に含まれ、実態はもっと大きいか。 452変異はないようだけど、変異の数が多い twitter.com/PeacockFlu/sta…

2021-11-24 03:28:48
Tom Peacock @PeacockFlu

Small update: this lineage has now been assigned as B.1.1.529: github.com/cov-lineages/p…

2021-11-24 20:17:07
ケロ爺 @kero_jiji

Google翻訳でも なんかかなりヤバイのが出て来たって事は解る twitter.com/peacockflu/sta…

2021-11-25 04:17:05
Priamal Fear @PriamalFear

Scientists warn of new Covid variant with high number of mutations theguardian.com/world/2021/nov… The B.1.1.529 variant was first spotted in Botswana and six cases have been found in South Africa

2021-11-25 11:33:15
リンク the Guardian Scientists warn of new Covid variant with high number of mutations The B.1.1.529 variant was first spotted in Botswana and six cases have been found in South Africa 38368
さと う🌛 @mebaruhirame

変異株C.1.2も、話題にはなってますが、シークエンス数が少なすぎて、語るのは時期尚早ですね。 南アフリカ 間違いあり訂正します。 twitter.com/Rajeev_The_Kin…

2021-11-25 20:48:51
さと う🌛 @mebaruhirame

C.1.2 変異株 7/21から4ヶ月で 3、 2、 3、 4 % デルタと競争力があるのか微妙ですね、 但し、南アフリカは、この間減少期間でしたので、(増えにくいので)様子見ですね。 pic.twitter.com/t5SlMa9fii

2021-11-25 20:49:57
Tom Peacock @PeacockFlu

Update on South African situation from @Tuliodna (Who is absolutely the best person to follow for updates on this) - bottom line is B.1.1.529 may already be quite widespread in SA. twitter.com/Newzroom405/st…

2021-11-25 21:19:22
さと う🌛 @mebaruhirame

南アフリカは7月から減少局面。 このような時は、新規株は増えにくい場合もあるようです。 ごく最近、陽性者が増加し始めたようなのでどうなりますか。 pic.twitter.com/9p7k49H79K

2021-11-25 21:39:29
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さと う🌛 @mebaruhirame

南アフリカでは、C.1.2よりは、B.1.1.529の方を問題にしてるようです。 検出用PCRも開発したようです。 日本とは関係が浅いので、日本に影響するのは、はるか先と思いますが。 twitter.com/miamalan/statu…

2021-11-25 22:00:06
さと う🌛 @mebaruhirame

WHOは、明日B.1.1.529にギリシャ文字をつけるようですね。 だから情報が飛び交ってるのかな。 twitter.com/miamalan/statu…

2021-11-25 22:06:38
さと う🌛 @mebaruhirame

B.1.1.529 PCRはSGTFのようです。 s-gene target failure SGTF検体は、かなりの高率でB.1.1.529のようです。アルファのときもそうでしたね。 S遺伝子欠損部分がPCRで検出されず、他の遺伝子は検出される。 南アフリカは、これの調査に注力するようです。 twitter.com/miamalan/statu…

2021-11-25 22:16:39
さと う🌛 @mebaruhirame

B.1.1.529 ちょっとイヤらしい。 南アフリカ急増開始の原因らしい。 ここが第一の問題。 変異はフーリン酵素切断のS1/S2部位付近に3つもある。 nsp6の△105~107欠損(α、γ、λ同様) R203K H204R(α、γ、λ同様) twitter.com/miamalan/statu… pic.twitter.com/3BIfNk8zxz

2021-11-25 22:39:54
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さと う🌛 @mebaruhirame

B.1.1.529 報告書も本日あたり出るらしい。 図の青い線がSGTF比率。 一挙に50%!! これはまずいですね。 WHOがギリシャ文字つけるはずだ! pic.twitter.com/Tgrc6zviYx

2021-11-25 22:48:17
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さと う🌛 @mebaruhirame

繋げておきます。 重要 南アフリカの変異株 B.1.1.529 問題になりそう。 デルタ株の席巻する中での急激なシェア増加。 WHOもギリシャ文字付与するとか。 今後、こちらのスレで記載 (本来変異株専用のスレだが最近脱線) twitter.com/mebaruhirame/s…

2021-11-25 22:56:00
さと う🌛 @mebaruhirame

重要 B.1.1.529 なんと、まだ全国展開してないのに、 国レベルで、Rt1.47!! ハウテン地方では、Rt1.93 (ヨハネスブルグ付近) プレトリア付近も多いので、拡大は早いですね。 主要、貿易相手国のドイツ、米国あたりも注目かな? twitter.com/miamalan/statu…

2021-11-25 23:17:20
日付切取線 @krtr_date

✄----------- 11/26(金) -----------✄

2021-11-26 00:00:01
さと う🌛 @mebaruhirame

B.1.1.529 要約 1.(クラスター発生によるものだけでなく)コミュニティへの一般的感染が見られ始めています。 2.明日@whoはギリシャ語の名前をB.1.1.529に割り当てます 3.まだはっきりとはわかりませんが、 伝染力が強くより免疫回避するかもしれません。 twitter.com/miamalan/statu…

2021-11-26 00:18:36
さと う🌛 @mebaruhirame

B.1.1.529 このような見方もあるのですね。 Emmaさん @nextstrain 『感染が下火になってるから、デルタと競合しにくく、競争力があるのかどうかはよくわからない。』 私は、下火になってるから、その環境で増えるのは、感染伝達力が強いと考えました。 twitter.com/firefoxx66/sta…

2021-11-26 00:37:26
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コメント

内田 @uchida_kawasaki 2021年11月27日
まとめを更新しました。
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内田 @uchida_kawasaki 2021年11月27日
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内田 @uchida_kawasaki 2021年11月28日
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内田 @uchida_kawasaki 2021年11月29日
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内田 @uchida_kawasaki 2021年11月30日
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