2021年11月27日

新型コロナウイルス変異株オミクロンの変異箇所をタンパク質立体構造上にマッピングしてみた図が自分で自分を魔改造しまくったラスボス感

まとめ本文にも置いてありますが、変異箇所をタンパク質立体構造上にマッピングって何?と思った方はぐるぐるさんの https://twitter.com/guruguruuzumaki/status/1381286477770878978 のツリーを確認してもらえるといいかなと(ツリー自体がそれなりに長いので本文には収録しておりません)。 とりあえずは出入国の制限をして水際の対策、しっかりとしたシャットアウトをお願いしたいところですね。
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リンク Yahoo!ニュース WHO、南アの変異株を「懸念すべき」に 名称は「オミクロン株」(毎日新聞) - Yahoo!ニュース 世界保健機関(WHO)は26日、南アフリカで確認された新型コロナウイルスの新たな変異株について、デルタ株などと並ぶ「懸念すべき変異株」に分類すると発表した。他の変異株と比べても感染力が高い恐れなど 2 users 548
TJO @TJO_datasci

南アでデルタ株を駆逐した「現時点で最悪の変異株」は既に香港に到達し、最悪の場合既に市中感染を起こしている可能性があるという指摘。これを受けてイギリスは早々に南アを含む数ヶ国からの入国を停止している twitter.com/drericding/sta…

2021-11-26 17:14:33
TJO @TJO_datasci

このB11529株への対処方針(例えば既存ワクチンによる防御率や承認済み経口薬の効果の調査さらにはこの新規変異株に対応したワクチンの開発なども含む)が定まるまでは、国境を閉じる国が増えそうだ

2021-11-26 17:23:05
TJO @TJO_datasci

なお南アでこのレベルの危険な変異株が発生した背景として 1. 南アの成人に占めるワクチン接種完了率が低い(35%) 2. 南アはHIV感染による免疫不全者が多く新型コロナウイルスが感染者の体内から駆逐し切れず変異を起こしやすい といった理由がある模様 bloomberg.co.jp/news/articles/…

2021-11-26 17:29:48
リンク Bloomberg.com 南ア、新たな変異株出現で深刻な第4波懸念-世界に広がる恐れも 南アフリカ共和国では、最近特定された新型コロナウイルスの新たな変異株を科学者が調査している。拡散すれば南アは深刻な感染第4波に見舞われ、世界にも拡大し得るとの恐れが強まっている。 52 users 227
TJO @TJO_datasci

さらにその他のアフリカ諸国ではワクチン接種率が6%台と低く、隣国ボツワナへの新規変異株の侵入を容易にしたという背景もある模様。COVAXのような途上国へのワクチン普及策が何故重要かが窺い知れる

2021-11-26 17:33:16
ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

さて、南アフリカでSARS-CoV-2の新型変異株B.1.1.529が出たってんで、いつものごとく変異箇所を新型コロナウイルスのSタンパク質の立体構造上にマッピングしてみる。 えっと、今回の変異株、はっきり言ってスゴイです… pic.twitter.com/m7HqKYktIL

2021-11-26 20:54:56
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ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

まず目につくのが、報道にある通り、変異箇所が圧倒的に多い。 これまでに出てきたギリシャ文字の名前を付けられた株では、変異してたアミノ酸は多くても12残基γ株)。 第5波で猛威をふるってたδ株(B.1.617.2)でも8残基

2021-11-26 20:59:26
ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

変異箇所の情報は、こちらから↓ twitter.com/Tuliodna/statu… CERIっていう南アフリカの感染症対策の機関?の情報です。 新型コロナウイルスの変異情報をまとめたoutbreak.info( outbreak.info/situation-repo… )にはまだ情報が上がってないので、あくまで暫定情報ってことで。

2021-11-26 20:58:11
Tulio de Oliveira @Tuliodna

This new variant is really worrisome at the mutational level. South Africa and Africa will need support (financially, public health, scientific) to control it so it does not spread in the world. Our poor and deprived population can not be in lockdown without financial support. pic.twitter.com/CeJIXudUIA

2021-11-26 01:44:49
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リンク outbreak.info outbreak.info outbreak.info is a standardized, searchable platform to discover and explore COVID-19 and SARS-CoV-2 data from the Center for Viral Systems Biology (cvisb.org) at Scripps Research. It contains three parts: a standardized searchable database of COVID-19 re 2 users 2457
ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

それが、今回のB.1.1.529はなんと32残基(+欠失が2か所5残基)。 今までのネームド株には入ってなくて、今回の株で新たに入った変異が22残基分。 大杉デス… 自分の手で自分の体に魔改造を施しすぎてったラスボス感ある。 pic.twitter.com/Zw2L3eUdDC

2021-11-26 21:00:27
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ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

しかも今回の特徴は、ヒト細胞のACE2受容体との結合や、抗体との結合に影響が出そうな部位に、アミノ酸の性質が変わるよな大きな変異が入ってる。 実際の試験管内(in vitro)の実験で、ACE2受容体やら抗体との結合を試してみんとはっきりしたことは言えんけど、この変異の多さと種類はかなり脅威pic.twitter.com/1ZMLM4S03T

2021-11-26 21:01:57
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ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

…ということで、今回のB.1.1.529株について、現時点で分かってる情報を基にタンパク質の立体構造から推測してみました。 今後、件の株の情報が増えてくれば、より詳細に分かってくることもあるかと思います。ぜひいろんな情報を仕入れて、正しく怖がるようにしましょう。

2021-11-26 21:04:11
ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

冬場にもなってきました。通常の年では風邪やインフルエンザが流行る季節です。 より一層の感染対策に気を付けて、もしかしたらこの株でもたらされる可能性のある第6波に対抗していきましょう(*゚▽゚)ノシ

2021-11-26 21:05:23
ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

ウイルスってなに?とか、変異ってなにって話は、こちらのツリーから。 twitter.com/guruguruuzumak…

2021-11-26 22:12:24
ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

ギリシャ文字の名前を冠する株の変異情報はこちらから。 twitter.com/guruguruuzumak…

2021-11-26 22:13:16
ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

今回のB.1.1.529株は見事にこの2か所に変異が集中してますわね

2021-11-26 22:14:30
かずや18歳💉💉たけのこ派 @kazuya78

ぼくのかんがえたさいきょうのコロナウイルスが本当に登場したみたいな変異株 twitter.com/guruguruuzumak…

2021-11-27 06:55:43
みかげ石 M.D., Ph.D. 🐱 @Mikage_Cat_Ph

@guruguruuzumaki 初めてゼロムスを見たとき、その異様な外観に本日と同じ感情を抱いたことを思い出しました。 この新種のSARS-CoV-2は、究極のやばいやつですね・・💥 pic.twitter.com/BZO8XGtnqb

2021-11-27 06:52:44
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迅雷数奇 @bun2jingi

ちょっと待て⁉️コイツHIVの特質持ってないか?!!!!!!! twitter.com/guruguruuzumak…

2021-11-27 05:11:53
🇳🇷長いチェロ🇳🇷 @bakase

十分なワクチンを世界の隅々まで届けなかったから、摂取率の低い国で鬼変異が起きてるってことか。 twitter.com/guruguruuzumak…

2021-11-27 06:56:33
野良犬 @no_life_inu

一個の変異でも違うのにデルタ株の変異の四倍…?なんぞそれ? twitter.com/guruguruuzumak…

2021-11-27 06:33:00
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コメント

TEST @toiec24 2021年11月27日
ワクチン接種済の感染者が見つかる=ワクチンは効かないタイプって短絡的な意見があるけど。その考えはおかしい。 ワクチンは完全予防できないから、従来型でも接種済の感染者は少なからずでている。 これはインフルエンザ等でも同じ事で、ワクチン接種しても効果は100%じゃないから感染者はどうしても出る。 なのに感染者が出たというだけでワクチン効果なしと言い出すのは、そこらの陰謀論(願望論)と変わらない。
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TEST @toiec24 2021年11月27日
未接種なら感染する状態にあった人間の内、どれだけが感染したのか。それが従来型に比べてどうなのか。それが分からない限り、危険性云々は何も言えないんだよなあ。結局。
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愚者@冬コミ12/30東N25a @fool_0 2021年11月27日
こんなになってもなおまだ変異を止めない辺り「変身をあと2回もオレは残している(CV:中尾隆聖)」以上の絶望感だなあ……
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Nisemono@自称モザイクニキ @Fake_Otoko 2021年11月27日
これ変異種と言うよりも『COVIT-19だった何か』と言った方が良いくらい別物な感じがする。
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マシン語P @mashingoP 2021年11月27日
門外漢なのでサッパリだが画像を見ていると「ドーピングコンソメスープだ」を思い出した。
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かわいいこねこ @pilimykingdam 2021年11月27日
ラスボスならラスボスらしく、改造しすぎた自らの体に耐えきれずに崩壊しろや
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こっぱみじん😈 @paoohn 2021年11月27日
「ヒト細胞のACE2受容体との結合や、抗体との結合に影響が出そうな部位に、アミノ酸の性質が変わるよな大きな変異が入ってる」(まとめ内より)と「確認された感染者数が少ないにも関わらずその中にワクチン接種者がいる」(ニュース報道より)からワクチンが充分に効かない可能性が危惧されてるんでしょ。今の時点で効かないと断言するなら陰謀論だけど危惧するのは陰謀論とは違う。なお個人的にはmRNAワクチンでも効果が下がるのかが気になるところ。
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3Dポーズ集 @3dpose 2021年11月27日
とりあえず、感染力は強まりそうってところまで理解した。弱毒化しててくれることを願うばかり。
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K3@FGO残5 @K3flick 2021年11月27日
改造し過ぎて自滅するタイプのラスボスであって欲しいな…
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3Dポーズ集 @3dpose 2021年11月27日
paoohn ワクチンで感染はそもそも防げないです。抗体が働く=感染して抵抗してるってことなんで。感染しても平気になる処方。
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肉・ローステッド @Roasted_Meat102 2021年11月27日
本当にラスボスで、これが終わったら一旦終息してくれれば良いのだが
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ゆる@ゆっくり解説YouTube @yurumeruatama 2021年11月27日
あの悲劇はこれから始まる悪夢の序章に過ぎなかった。最悪と言われた疫病を克服し平和な日々を取り戻しつつあった人々を、史上最狂のモンスターが襲う。本当の悪夢が今始まる…とかリアルの世界では本当にやめて欲しい。
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myo@棘専用(専用とは言っていない) @myo80766994 2021年11月27日
まあ、変異してる部分が多い事が即ち脅威度の高さに繋がるわけではない事はδとγの例見たらわかるけど「実際に脅威になる事がわかってから動く」では遅いから、備えておくにこした事はないわな。
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TEST @toiec24 2021年11月27日
3dpose それは感染とは言わないのではないですか? ゴールずらしにしか見えません。  感染とは、微生物が生体内に侵入し、生体内で定着・増殖し、寄生の状態になった場合を「感染した」といいます。   https://www.hogy.co.jp/medical/infect.html
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ウラリー㌠💉💉 @urary777 2021年11月27日
Plague Inc.‐伝染病株式会社‐の中盤の方っぽいですね…人知れず変異を繰り返し大量に感染したあと、更に変異して致死性を高めていくやつ…
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カエルのような生き物 千景ケロケロ @1000cage 2021年11月27日
はえ〜 BOINC解析に参加してるんだけどオマケで表示される3D画像はそういう意味の物だったのね……オマケじゃなかったわ
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3Dポーズ集 @3dpose 2021年11月27日
paoohn いや、だからもともと完全には防げないですやんって話で。
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3Dポーズ集 @3dpose 2021年11月27日
toiec24 重症化を防ぐものっていう意味です。
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3Dポーズ集 @3dpose 2021年11月27日
ワクチンにせよマスクにせよ、感染を防ぐためじゃなくて人にうつさないためでしょ。
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こっぱみじん😈 @paoohn 2021年11月27日
3dpose ん?誰が「完全に防げる」って言いました?
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TEST @toiec24 2021年11月27日
3dpose ひょっとして体内にウイルスが入ったら感染と勘違いしていませんか。 ウイルスが侵入した細胞を乗っ取り増殖準備を整えたら感染症となりますし、ワクチンはそれを防いでいるんじゃないですか?
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3Dポーズ集 @3dpose 2021年11月27日
paoohn ワクチンが十分に効かない可能性は最初からそうですよね。変異株だろうがなんだろうがワクチン打っても警戒は続けるべきで。
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3Dポーズ集 @3dpose 2021年11月27日
toiec24 ワクチンは症状を和らげるものと理解しています。無症状でも人にはうつしますよね?
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こっぱみじん😈 @paoohn 2021年11月27日
3dpose あの?程度問題の話をしているんですけど大丈夫ですか?そこの認識がもし合っているのであればなぜ私にリプを飛ばしてくるのかがさっぱり理解できないんですけど?
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3Dポーズ集 @3dpose 2021年11月27日
paoohn 自分も程度問題の話をしてます。線引きがお互いちょっと違ったんだろうと思います。
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3Dポーズ集 @3dpose 2021年11月27日
予防は目的ではなく人にうつさないための手段で、防ぐことが目的になってるからワクチン打ったから平気ってはしゃいだり、100%の効果を求めるんじゃないすかねと。そんな気がしてます。
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こっぱみじん😈 @paoohn 2021年11月27日
3dpose そもそもあなたが言い出すまで誰も感染予防の話はしていませんが
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べぐる@暁月6.0済 @plain_bgl 2021年11月27日
なんかもうウイルスに知性があるように感じられて仕方ないんやが…
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TEST @toiec24 2021年11月27日
3dpose 症状を弱めたって感染させるでしょう。 あなたの言うように無症状でも感染を広めるのだから。 だとしたら仮にワクチンに予防効果がない場合、国中に感染が広まってなきゃ矛盾しませんか。少なくとも現状の10倍は出なきゃ矛盾する。
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3Dポーズ集 @3dpose 2021年11月27日
toiec24 自分は反ワクチンではないです。予防効果が無いとも言ってません。100%は防げないのだから、ワクチン一つに依存するのはよくないと考えているだけです。
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ヴァラドール @_Vorador_ 2021年11月27日
oO(HIVの特徴もってるってすごい初期の段階で言われたような気がする)
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思考錯誤 @UnchargedMemory 2021年11月27日
専門用語には詳しくないけど、感染→増殖→発症→散布の増殖部分を抑えられるんでしょ。 自分の次の人が感染するのを防ぐことを感染予防と呼ぶかどうかって言葉の定義の問題なだけで、人類的には予防されてるし接種者単体は予防されてないって認識でいいんだよね?
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TEST @toiec24 2021年11月27日
3dpose 最初と言っている事が随分違いますね
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3Dポーズ集 @3dpose 2021年11月27日
toiec24 そもそも100%は防げないって言ってますが。。。そのほかのコメントもちゃんと読んでくれませんかねぇ。。。
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3Dポーズ集 @3dpose 2021年11月27日
toiec24 「そもそも防げない」が100%防ぐものではないと書いてないのはこちらの言葉足らずです。
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思考錯誤 @UnchargedMemory 2021年11月27日
plain_bgl 人間の感覚じゃ追いつかないほどのトライアンドエラーがあるだけで、これの裏には変わったけどすぐ消えたウイルスが星の数ほどいるんだろう。
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TEST @toiec24 2021年11月27日
3dpose でしょうね。 完全でなければ防げないと言うなら、既存の殆ど全ての治療法や薬剤が病気を治せないとなってしまいます。
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3Dポーズ集 @3dpose 2021年11月27日
toiec24 これは後学のために教えてもらいたいのですが、ワクチンは症状を軽減するために開発されたもので、予防効果は副産物と認識していますがこれは正しいですか?
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伍長 @gotyou_H 2021年11月27日
pilimykingdam 誰も手を下さずとも自潰する例ってあまりなくて、一度は倒す必要があるんですよ。しかも、ラスボスがもはや助からないのを自覚していても、その戦闘でプレイヤーが負けると「プレイヤーキャラは死んだがラスボスもまもなく死んだので世界は平穏になった」とされもせずにラスボスの逆転勝利?になるので、きっちり勝つ必要があります。
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オルクリスト @kamitsukimaru 2021年11月27日
話は聞かせてもらった!人類は滅亡する!! …死にたくねーよー(泣
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モゲッター @mogetter1 2021年11月27日
で、症状はどうなの?どうせ無症状ばっかなんじゃないの?
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シロクロ @BlancNoir_nanto 2021年11月27日
倒すたびに変身・パワーアップするタイプのボス…?(´・ω・`) クロノ・トリガーのラヴォス(殻)を思い出した。
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TEST @toiec24 2021年11月27日
3dpose 私も同じ疑問は持っていましたが、医薬系は専門外なので分かりかねます。ただワクチン開発の元祖と言われるジェンナーの時代に、そこまでワクチンの原理が分かってなかったと思うので。私見では、そういう事は意識せずに当初は開発されていったのではないかと思います。
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相夢民 @SGMNMMN 2021年11月27日
pilimykingdam 多分今までにも崩壊しちゃった奴も居るんだろうけど、そんな奴は変異株四天王最弱。
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BLACK @BlackBlack0013 2021年11月27日
オミクロン……おとうさん?
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𝙉͟⃟͟𝙖͟⃟͟𝙜͟⃟͟𝙖͟⃟͟𝙩͟⃟͟𝙨͟⃟͟𝙪͟⃟͟𝙠͟⃟͟i @i_dnt_need_u2 2021年11月27日
i_dnt_need_u2 ↑ 進化の意欲が攻撃性としてあらわれてんのかな 自分をより強く魔改造しようとしてるのか 宿主(喧嘩相手?)との化学反応なのか レスバで相手をやりこめるまで続けるプログラムに支配されてそう…
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藤井秀明 @boc1211 2021年11月27日
医クラは出川哲郎並にヤバイヤバイ言いまくってるせいで、どの程度ヤバイのか分からなくなってきてるからいい加減軽率にヤバイって言わないでほしい。 これは本当にヤバイ(ヤマト先生)のかもしれないけどね?
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丸丸玉朗 @7zn5BT56PAAWv4m 2021年11月27日
モノクロで見ても異形感が半端ない。
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cws @cws09993508 2021年11月27日
_Vorador_ 20年の5月ごろには言及されていたような気がする。(ワクチン打たなかったやつが情強とか言っている輩もアレルギー体質者以外は打ち込めないものか)
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かわいいこねこ @pilimykingdam 2021年11月27日
gotyou_H とりま第一形態第二形態は倒したってことでええやろ。 ラストはなんかキーアイテムとか特殊コマンドを使用して倒すイベントバトル。 「聞こえていますかプレイヤーさん…、私の声が聞こえたら…返事をして…」
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生きてる毛玉 @ikiteru_kedama 2021年11月27日
ここまで変異しても同種なのかぁ
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創作文芸サークル時の輪@通販受付中 @Kamimura_Maki 2021年11月27日
ikiteru_kedama それだよねえ。自分はCOVID21と呼んでいい別物でないかと思ってる。
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神木有 @yu_kam_iki 2021年11月27日
この一、二年さんざんっぱら「変異株ガー変異株ガー」って聞かされてきたおかげで、もう狼少年見てる気分になりますなぁ。もちろん油断しないに越したことはないのだけど、あんまり怖がりすぎるのもどうかと。まあとりあえず冬を越すまではマスクして人混み避けて、ほどほどに気を付けて過ごすとしますよ。大変屋さんたちとしてはすっかり消沈してたところに現れた期待の新星なのかもしれませんけど、ウレションしてるのが丸見えだと一般人は引きますよ?
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吉田D @Yoshida2014 2021年11月27日
欧米はワクチン打ったからって行動制限緩めすぎなのよな。過密状態で誰もマスクしてない。日本は以前「ワクチン打っても対策は続けて下さい」と言ったのが「欧米ではフンダラ~」と批判されたけど、結局正しかったんだなぁ。
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Chariot@モデルナツインドライブ @BLACK_RX_24 2021年11月27日
Yoshida2014 なんか0と100だけでその中間が無いような印象なのよね。「ワクチン打ちました~ハイ無敵です~マスクもいらんし密集もしまーす」みたいな。
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田中 @suckminesuck 2021年11月27日
Yoshida2014 ワクチン打っても毎年インフルエンザは出てたしな
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神無月 @sanpai2929sii 2021年11月27日
南アからも何人か選手が来てるからマジで勘弁してくれ(ライトラグビーファン並感)
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人間万事塞翁が馬 @kinnikunikugo 2021年11月27日
なんか鳥っぽい形に見えて最終的に人間みたいな立体構造とかなったらSFだなって思った
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tomtia_tw @tomtia_tw 2021年11月28日
3dpose ワクチンの目的は、人間が持つ免疫機序に作用してそれらを強化することにあります。感染を防いだり重症化を防いだりする機能はワクチンにはありません。感染防止や重症化防止を果たす機能はあくまで人体が持つ免疫機序ですから、その質問は「人間の免疫は、感染を防ぐものですか? それとも重症化を防ぐものですか?」という問いをしているのと一緒ですよ。この質問に関する答えは「両方」です。
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tomtia_tw @tomtia_tw 2021年11月28日
ワクチン接種により病気に罹らなくなるのか重症化しなくなるのかは、ワクチンによって作られる抗体の性質と量、それにその抗体が対応する細菌やウイルスとの「力関係」によって決まるだけで、ワクチン全般を指して、感染防止用とか重症化予防とかを一律に言うことはできないということ。
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雑魚寝 @zakone_world 2021年11月28日
「ただ広がるために」究極を目指すんですか…
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おらおら @oraora1966 2021年11月28日
「ウイルスは変異を繰り返すとじきに弱毒化する」という説は当初からあり、それは確かなんだけど、SARS-Cov-2ウイルスはどちらかと言うと最初から弱毒性なので、たぶん今より致死率が低くならないし後遺症も減らないと思う。
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けやき あきひと(としあき @zelkovatreefolk 2021年11月28日
とりあえず、一般人が出来る対策はうがい・手洗い・マスク着用なので、引き続き気を締めていきましょう
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おにく @mokyuxtu 2021年11月28日
自分を魔改造…ハドラーかな?
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席上 @Nonsomnia 2021年11月28日
こいつ入ってきて感染者また増えたら、政府は数字操作してる論者とかワクチンなんて意味ない論者がまたワーワー騒ぎ出すんだろうなあ…色んな意味で頭痛いわ
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アルビレオ@炙りカルビ @albireo_B 2021年11月28日
ウィルスは病原菌と違って自己増殖できないため、変異が起きる機会も宿主の細胞に入り込んだ時に限られます。だから新たな変異株が見つかるのはワクチン接種が進んでいないところが多く、逆に言えば100%防げなくてもワクチンによって感染の可能性を下げられると変異が起こりにくくすることに直結します
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