新型コロナウイルス変異株オミクロンの変異箇所をタンパク質立体構造上にマッピングしてみた図が自分で自分を魔改造しまくったラスボス感

まとめ本文にも置いてありますが、変異箇所をタンパク質立体構造上にマッピングって何?と思った方はぐるぐるさんの https://twitter.com/guruguruuzumaki/status/1381286477770878978 のツリーを確認してもらえるといいかなと(ツリー自体がそれなりに長いので本文には収録しておりません)。 とりあえずは出入国の制限をして水際の対策、しっかりとしたシャットアウトをお願いしたいところですね。
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リンク Yahoo!ニュース WHO、南アの変異株を「懸念すべき」に 名称は「オミクロン株」(毎日新聞) - Yahoo!ニュース 世界保健機関(WHO)は26日、南アフリカで確認された新型コロナウイルスの新たな変異株について、デルタ株などと並ぶ「懸念すべき変異株」に分類すると発表した。他の変異株と比べても感染力が高い恐れなど 2 users 548
TJO @TJO_datasci

南アでデルタ株を駆逐した「現時点で最悪の変異株」は既に香港に到達し、最悪の場合既に市中感染を起こしている可能性があるという指摘。これを受けてイギリスは早々に南アを含む数ヶ国からの入国を停止している twitter.com/drericding/sta…

2021-11-26 17:14:33
Eric Feigl-Ding @DrEricDing

⚠️BREAKING—HOTEL CROSS TRANSMISSION OF #B11529—Traveler from South Africa🇿🇦 flew to Hong Kong🇭🇰 with new variant—but wasn’t discovered until 4th day of quarantine on 2nd PCR. Another guest across hallway cross-infected—only positive on 8th day on 4th PCR! Both Pfizer vaccinated🧵 pic.twitter.com/USS2EBzJKA

2021-11-26 07:31:14
TJO @TJO_datasci

このB11529株への対処方針(例えば既存ワクチンによる防御率や承認済み経口薬の効果の調査さらにはこの新規変異株に対応したワクチンの開発なども含む)が定まるまでは、国境を閉じる国が増えそうだ

2021-11-26 17:23:05
TJO @TJO_datasci

なお南アでこのレベルの危険な変異株が発生した背景として 1. 南アの成人に占めるワクチン接種完了率が低い(35%) 2. 南アはHIV感染による免疫不全者が多く新型コロナウイルスが感染者の体内から駆逐し切れず変異を起こしやすい といった理由がある模様 bloomberg.co.jp/news/articles/…

2021-11-26 17:29:48
リンク Bloomberg.com 南ア、新たな変異株出現で深刻な第4波懸念-世界に広がる恐れも 南アフリカ共和国では、最近特定された新型コロナウイルスの新たな変異株を科学者が調査している。拡散すれば南アは深刻な感染第4波に見舞われ、世界にも拡大し得るとの恐れが強まっている。 52 users 227
TJO @TJO_datasci

さらにその他のアフリカ諸国ではワクチン接種率が6%台と低く、隣国ボツワナへの新規変異株の侵入を容易にしたという背景もある模様。COVAXのような途上国へのワクチン普及策が何故重要かが窺い知れる

2021-11-26 17:33:16
ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

さて、南アフリカでSARS-CoV-2の新型変異株B.1.1.529が出たってんで、いつものごとく変異箇所を新型コロナウイルスのSタンパク質の立体構造上にマッピングしてみる。 えっと、今回の変異株、はっきり言ってスゴイです… pic.twitter.com/m7HqKYktIL

2021-11-26 20:54:56
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ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

まず目につくのが、報道にある通り、変異箇所が圧倒的に多い。 これまでに出てきたギリシャ文字の名前を付けられた株では、変異してたアミノ酸は多くても12残基γ株)。 第5波で猛威をふるってたδ株(B.1.617.2)でも8残基

2021-11-26 20:59:26
ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

変異箇所の情報は、こちらから↓ twitter.com/Tuliodna/statu… CERIっていう南アフリカの感染症対策の機関?の情報です。 新型コロナウイルスの変異情報をまとめたoutbreak.info( outbreak.info/situation-repo… )にはまだ情報が上がってないので、あくまで暫定情報ってことで。

2021-11-26 20:58:11
Tulio de Oliveira @Tuliodna

This new variant is really worrisome at the mutational level. South Africa and Africa will need support (financially, public health, scientific) to control it so it does not spread in the world. Our poor and deprived population can not be in lockdown without financial support. pic.twitter.com/CeJIXudUIA

2021-11-26 01:44:49
Tulio de Oliveira @Tuliodna

This new variant is really worrisome at the mutational level. South Africa and Africa will need support (financially, public health, scientific) to control it so it does not spread in the world. Our poor and deprived population can not be in lockdown without financial support. pic.twitter.com/CeJIXudUIA

2021-11-26 01:44:49
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リンク outbreak.info outbreak.info outbreak.info is a standardized, searchable platform to discover and explore COVID-19 and SARS-CoV-2 data from the Center for Viral Systems Biology (cvisb.org) at Scripps Research. It contains three parts: a standardized searchable database of COVID-19 re 2 users 2457
ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

それが、今回のB.1.1.529はなんと32残基(+欠失が2か所5残基)。 今までのネームド株には入ってなくて、今回の株で新たに入った変異が22残基分。 大杉デス… 自分の手で自分の体に魔改造を施しすぎてったラスボス感ある。 pic.twitter.com/Zw2L3eUdDC

2021-11-26 21:00:27
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ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

しかも今回の特徴は、ヒト細胞のACE2受容体との結合や、抗体との結合に影響が出そうな部位に、アミノ酸の性質が変わるよな大きな変異が入ってる。 実際の試験管内(in vitro)の実験で、ACE2受容体やら抗体との結合を試してみんとはっきりしたことは言えんけど、この変異の多さと種類はかなり脅威pic.twitter.com/1ZMLM4S03T

2021-11-26 21:01:57
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ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

…ということで、今回のB.1.1.529株について、現時点で分かってる情報を基にタンパク質の立体構造から推測してみました。 今後、件の株の情報が増えてくれば、より詳細に分かってくることもあるかと思います。ぜひいろんな情報を仕入れて、正しく怖がるようにしましょう。

2021-11-26 21:04:11
ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

冬場にもなってきました。通常の年では風邪やインフルエンザが流行る季節です。 より一層の感染対策に気を付けて、もしかしたらこの株でもたらされる可能性のある第6波に対抗していきましょう(*゚▽゚)ノシ

2021-11-26 21:05:23
ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

ウイルスってなに?とか、変異ってなにって話は、こちらのツリーから。 twitter.com/guruguruuzumak…

2021-11-26 22:12:24
ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

ニュースでね、ワクチンが効きにくいかもしれない新型コロナウイルスの変異株「E484K」が流行っとるよって最近よく聞くので、ちょっとどんな変異か調べてみた。 pic.twitter.com/69bpfSZYck

2021-04-12 01:42:14
ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

ギリシャ文字の名前を冠する株の変異情報はこちらから。 twitter.com/guruguruuzumak…

2021-11-26 22:13:16
ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

今でてる新型コロナウイルスSARA-CoV-2のVOCとVOIのSタンパク質について、立体構造上の変異箇所をまとめてみた。 こうやって見てみると、変異株ごとに変異箇所は多様だけど、まとめてみると、おおよそ2箇所に集中して変異が入ってるのが興味深い。 pic.twitter.com/GL2EFiFC9E twitter.com/guruguruuzumak…

2021-09-22 02:29:15
ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki

今回のB.1.1.529株は見事にこの2か所に変異が集中してますわね

2021-11-26 22:14:30
かずや18歳💉💉たけのこ派 @kazuya78

ぼくのかんがえたさいきょうのコロナウイルスが本当に登場したみたいな変異株 twitter.com/guruguruuzumak…

2021-11-27 06:55:43
みかげ石 M.D., Ph.D. 🐱 @Mikage_Cat_Ph

@guruguruuzumaki 初めてゼロムスを見たとき、その異様な外観に本日と同じ感情を抱いたことを思い出しました。 この新種のSARS-CoV-2は、究極のやばいやつですね・・💥 pic.twitter.com/BZO8XGtnqb

2021-11-27 06:52:44
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迅雷数奇 @bun2jingi

ちょっと待て⁉️コイツHIVの特質持ってないか?!!!!!!! twitter.com/guruguruuzumak…

2021-11-27 05:11:53
🇳🇷長いチェロ🇳🇷 @bakase

十分なワクチンを世界の隅々まで届けなかったから、摂取率の低い国で鬼変異が起きてるってことか。 twitter.com/guruguruuzumak…

2021-11-27 06:56:33
野良犬 @no_life_inu

一個の変異でも違うのにデルタ株の変異の四倍…?なんぞそれ? twitter.com/guruguruuzumak…

2021-11-27 06:33:00