molbio08先生、サル痘について語る。

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サル痘感染者の伸びが止まりません。既に2000人超えです。10日で約二倍のペースなので100日後には2の十乗倍つまり約1000倍まで増加する計算となり9月の末には200万人まで増える可能性があります。ペースが多少鈍ったとしても来年の1月10日のMove2の目標である感染者7000万人の達成は確実です。 pic.twitter.com/WysG1AUK2X

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感染者数が増えているのみならずさまざまな変異型が急速に増加しているようです。この図はNextstrainのデータです。横軸が時間軸です。現在感染拡大しているのはB1型ですが問題は縦軸です。グラフの縦方向に並んでいるのは変異したウイルスです。個々の黄色の丸が変異型を表現しています。 pic.twitter.com/jDRDE2PKL3

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グラフの横軸をdivergenceつまり多様性に変更したものがこのグラフです。A1型に比較的多くの変異が入ってA1.1型が生まれさらにそれに変異が加わってB1型ができました。B1型が今回の感染拡大の主役ですが新たなサブタイプが多数出現しています。気になるのはA1型からA1,1型へのジャンプです。 pic.twitter.com/9mHG02gHno

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二つのグラフはほぼ同じ形をしていますのでウイルスの祖先は共通で、それが時間とともに変異が進み多様性を増してきたのでしょうが、このジャンプの意味はまだ不明です。ここには変異型の地域分布図もあって、それによるとヨーロッパでもイギリスだけはA1とB1ですが他はB1ということがわかります。 pic.twitter.com/U4N3guF7Fa

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今後、荒川先生や掛谷先生が変異の解析を行ってくださるものと期待しております。配列データがもう少し増えていくとウイルスの起源も含めていろいろなことがわかると思います。今後の変異の展開に注目していきたいと考えています。

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最初のグラフは世界全体です、詳しくはOur World in dataのサイトをご覧ください。既にmonkeypox virusのページができています。これが日本のデータであれば今頃は大騒ぎになっているでしょう。ourworldindata.org/explorers/monk…

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Nextstrainのサイトはこちらです。こちらは公共の塩基配列データベースであるGenBankに登録されたサル痘ウイルスの塩基配列データから作図しているようです。ナノポアシークエンサーにつきものの配列決定エラーが反映されている可能性がありますので注意は必要でしょう。 nextstrain.org/monkeypox/hmpx…

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過去に、現在感染拡大しているものは変異がなさそうという発表に基づいてツイートしましたが、時々刻々と情報は変化しています。今回のスレッドは最新の情報にアップデートしました。今度ともデータを冷静にみていくべきだと思います。コロナの時のようにメディアにあおられないように注意しましょう。

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この伸び方には驚いていますが、今後の展開については様々なファクターが影響しますのであくまで可能性の一つです。最後までスレッドを読んでいただければ理解していただけると思いますが、冷静な対応が必要というのが主旨です。ナイジェリアの研究チームの論文をみつけましたので一部を紹介します。 twitter.com/molbio08/statu…

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Monkeypox Virus in Nigeria: Infection Biology, Epidemiology, and Evolutionと言う題名のものです。出典はViruses 2020, 12, 1257; doi:10.3390/v12111257。 一番印象的だったのはこのグラフです。ナイジェリアでは長い沈黙の後で2017年から急に感染がスタートということ。 pic.twitter.com/krcSVP8xyU

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主要な感染拡大としてはアフリカ以外では2003年のアメリカでの感染例以外はほとんどアフリカに限定されたいたようです。ナイジェリアでは致死率が低い西アフリカ型が感染拡大したのですが、それはかなり前のことです。2017年に感染拡大が始まり、その後継続しています。