とある構造屋さんたちの会話
そういえば卒研の頃を思い返していたら、卒研の年の生化学会での岩田想先生の講演にものすごく大きな影響を受けたのを思い出しました。
2010-05-12 17:55:18岩田先生のその時の講演の内容は蛋白質核酸酵素にその後まとめられたので、いまはWebから全文をみることができます。PNE2005年3月号「膜蛋白質の結晶構造解析に将来はあるのか」 http://bit.ly/9jI5Id
2010-05-12 17:56:275年前の記事ですが、基本的な原則については決して古くなっていないので、今でもためになる記事だと思います。 http://bit.ly/9jI5Id
2010-05-12 18:11:452010年版として上記の記事がupdateされるとしたら、1. GFP-FSEC 2. 「構造解析のため」の機能解析の重要性、といったような項が追加されそうな気がします。誰の影響を受けているのかわかる人にはすぐわかる意見ですが。。。
2010-05-12 18:12:57情報ありがとう、そういやPNEってpdfで読めたんやね。このデータベースもっと活用しなきゃな。 RT @HattoriM: 5年前の記事ですが、基本的な原則については決して古くなっていないので、今でもためになる記事だと思います。 http://bit.ly/9jI5Id
2010-05-12 19:20:21可溶性タンパクについても結構ストラテジーとして通じるところは結構あるかも。RT @baramonia: 情報ありがとう、そういやPNEってpdfで読めたんやね。このデータベースもっと活用しなきゃな。 http://bit.ly/9jI5Id
2010-05-13 07:09:53私は昔太っていた時と現在くらい痩せたとき、両方講義を受けたのですが、痩せた後の時は講義の最中ずっと自分の記憶を疑ってました (笑)。 @FumihiroKawai @HattoriM >岩田想さん
2010-05-13 07:25:50私が卒研のときに講演を聞いたときは痩せられる前なのか後だったのか覚えていないのですが、 「みんなで膜タンパク質の構造解析を盛り上げていこうよ!」みたいな勇気付ける話し方が私は好きでした。@FumihiroKawai @timasaki >岩田想さん
2010-05-13 07:41:52私が一番影響を受けたのは AcrB の構造をばっかりの村上さんのセミナーですね (当時M2だかか?)。博士のときからの苦労話を聞いていたのもありますが。やっぱりこの世界に入ったら、この人はこれをやった人、みたいな仕事をしたいな、と思わせてくれました。 @HattoriM
2010-05-13 07:50:14そういえば、2002 年の時になんかの質問のあとで「大腸菌の膜タンパクはあと10年は十分いける」みたいなことを言ってました。実際その通りになっているかと。@HattoriM > 村上さん
2010-05-13 07:54:37そうですね。大腸菌由来の膜タンパク質の構造は今でもまだまだ出ていますし、「大腸菌を発現主とした」膜タンパク質の構造解析という意味であればさらにしばらくいけると思います。@timasaki: > 「大腸菌の膜タンパクはあと10年は十分いける」
2010-05-13 08:46:02真核生物の膜タンパク質は原核生物での発現は難しいと聞いたのですが、成功例 (構造解析まで)あるのでしょうか? @HattoriM > 大腸菌、マクタン
2010-05-13 09:09:25すいません。誤解を招く言い方だったかもしれません。先ほどの話は、大腸菌を発現主とした「原核生物由来の」の膜タンパク質の構造解析という意味だったのです。ただ、大腸菌を用いた真核生物の膜タンパク質の構造解析の成功例も少ないながらあったと思います。@timasaki
2010-05-13 09:22:06@timasaki 確かこれがそうだったと思います。>大腸菌を発現主とした真核生物の膜タンパク質の構造解析の成功例 http://bit.ly/9EhUCQ
2010-05-13 09:25:05ただ、やはり真核生物ホスト(酵母、昆虫細胞等)を使うほうがストレートなやり方だとは思います。RT @timasaki: 真核生物の膜タンパク質は原核生物での発現は難しいと聞いたのですが、成功例 (構造解析まで)あるのでしょうか? @HattoriM > 大腸菌、マクタン
2010-05-13 09:27:01なるほど。今家でアクセス出来ないので明日見てみます。真核膜タン、最近は昆虫細胞の発現系ばかり見るのですが、酵母は Mackinonn のラボ以外自分はあまり聞かない気が。 @HattoriM やはり真核生物ホスト(酵母、昆虫細胞等)を使うほうがストレートなやり方だとは思います。
2010-05-13 09:31:38情報サンクス、もしあれば複合体の構造解析についてもまた教えてほしいです! RT @HattoriM: @timasaki 確かこれがそうだったと思います。>大腸菌を発現主とした真核生物の膜タンパク質の構造解析の成功例 http://bit.ly/9EhUCQ
2010-05-13 10:18:01大腸菌発現系で構造解析した複合体は Lima のグループによる ヒト exosome が一番コンポーネント多いかな? http://bit.ly/aONTQg RT @baramonia 情報サンクス、もしあれば複合体の構造解析についてもまた教えてほしいです! @HattoriM
2010-05-13 10:34:33すごい。確かに大腸菌発現系でヘテロな複合体ではこれが一番多いのかもですね。pETduetとpRSFで2つずつ発現しているようですね。 @timasaki: http://bit.ly/aONTQg @HattoriM
2010-05-13 11:05:59あと確か4つ同時に発現できるvectorもあったような気がしますが名前を失念。1年前UCSFで聞いた感じでは結構多くの人が4~8つの共発現をトライしていました。 @timasaki: http://bit.ly/aONTQg @HattoriM
2010-05-13 11:07:57その4つのやつかどうかわかりませんが、これはどうでしょう? 大腸菌でもいくつかやっています。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19412171 @baramonia
2010-05-13 11:15:57CreとSLICを組み合わせる方法でしたね。昔読んだのですがどちらも試したことはないですね。 @HattoriM: は普通にSLIC使ってるんだっけ? RT @timasaki: 大腸菌でもいくつかやっています。 http://bit.ly/9905ri
2010-05-13 11:27:04いつみても超分子複合体をrecombinantで取り組んでいるいる人たちのやり方は(いい意味で)変態的ですね。。。@timasaki さんのボスのセミナーを聞いたときはかなり衝撃を受けた記憶があります。@baramonia @timasaki
2010-05-13 14:51:48