分解能ぶっちゃけトーク

どぶお @dobuo

@kun32xu ふと思ったけど、シェルって分解能範囲で切ってるわけじゃなくて、反射数で切って、その結果として分解能範囲が出てるだけやったかな？ それなら納得なんやが @yam_cpp

どぶお @dobuo

@yam_cpp @tkfkm @kun32xu おー、すごい。なんか難しげな議論になってきたぞ。

Zui @zui298

@yam_cpp HKL2000のerror scale factorは手動で試行錯誤しながら適当にやっていますね、いい方法があるんだったら、私も是非知りたいところです。

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp しばらく放置ｗ Phillのcorrelationは知らなかった。これいいかも。@tkfkm

ima3 @timasaki

@dobuo @kun32xu @yam_cpp @tkfkm yam 君マニアックｗ。低分解能だとrefinement で I/sig(I) が1.5 とかまで使ったりもしますね。

K. Yam @yam_cpp

σ(I)の見積りね．．基本的にどのソフトもσ'^2 = a*(σ^2 + b*<I>^2)っていう式で補正しているはず（Scalaは<I>の項もある）．元になるσはcounting統計から来ているか，確かMosflmはprofileとの合い具合も入ってるんだっけか．．

kiyoshikanata @kkanata

.@timasaki HKL2000でなんとなく2くらいで切っとけ的なことを教わっただけ……．あとはリファイメントでRの下がり具合を見つつ，みたいな適当さですごめんなさい．

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu @tkfkm ふぃる先生，去年より今年の方がより自信ありげに「基準はCCだな」と言っていたように思いますｗ僕も良さげな気がしています．結局正確なσの見積りって難しそうなので．．

ima3 @timasaki

@kkanata 2 という値も電子密度との兼ね合いでなんとなくこのあたりが良いんじゃない？みたいな値かと。私の場合は 2.0 と 1.5 で切った時の値それぞれ table に載せて実際の refinemtn は 1.5 でやってます

K. Yam @yam_cpp

σ(I)の見積りについて，知っていること＋疑問点をまとめて投稿しようと思ったが，ぶっちゃけ文章に起こすのが面倒で．．いや自分の理解のためにも書いてみた方が良いのだろうけど．．とりあえず放置ｗ

どぶお @dobuo

@zui298 @yam_cpp @tkfkm @kun32xu 確かerror scale factorを自動で決めるスクリプトをどこか外国の人が作ってた気がします。自動でSCALEPACK流して、値を修正する方式なのですごく時間がかかると聞いたことが(^^;

kiyoshikanata @kkanata

.@timasaki そういえば，ラボ的に議論になっているのはscale時のマクロでsigma cutoffを指定するかどうかですねえ．0指定にすると，見かけ上値が良くなるのですが，それは不自然だろうという話もありで．最近は0入れて使えそうなところを判断って感じです．

どぶお @dobuo

@timasaki 分解能決定ぶっちゃけ話を投下ですな(^^;。少なくとも私は先輩からこんな風に教わりましたし、聞かれたときにもこんな感じです(^^;

ima3 @timasaki

@dobuo 私も目安としては同じ基準でやっていますｗ。また新たな展開がありましたねｗ

どぶお @dobuo

@zui298 @yam_cpp @tkfkm @kun32xu ほるとんさんっぽいですね。AutoScalePack http://t.co/cKcRAxAJ ELVESの一部かな？

どぶお @dobuo

おぉ！妥当判断でたー ＼(^o^)／ 今回ほどよくアツいな～

K. Yam @yam_cpp

@dobuo 私もそのように教わりました．特にR-mergeが重要だと．でもCCP4の人達はだいたいR-mergeは気にするな，I/σだけで良いと言うので疑問に思い，色々調べている次第です．．I/σは理論的には正しい基準だろうけどもσの正確な見積もりは難しいだろうなと感じています

ima3 @timasaki

@kkanata sigma cutoff の分解能は値ズラがかなり良くなりますね。私も悩みます。以前 sigma -3 のときと sigma -0.5 くらい (値うろ覚え) でそれぞれ精密化してみたら -0.5 の方がRの値良かったことがあって、それ以来ある程度使っています

Zui @zui298

@dobuo 私も以前はR0.3前後で切っていました。でも論文出したときにレフリーから文句を言われたことが２回ありました。最外角のI/σが５とは何事だ、もっと分解能とれるだろ、と。なので最近はあまりRを気にせず0.6とかでも反射があると判断したら使ってます。

K. Yam @yam_cpp

@dobuo ここで雷が落ちたらどうしようかと思いましたねｗ　個人的にはR-symは見る派 vs 見なくて良い派の激論も見てみたいのですが．ｗ

ima3 @timasaki

@yam_cpp @zui298 @zui298 私は Rsym 見ない派、というか気にしない派。

kiyoshikanata @kkanata

@timasaki R値は変わり過ぎというか，入れないと対称性高いデータは使い物にならなくなったことが＞sigma -3 それ以来，あまりR値気にしていないという（それもどうなんだ

ima3 @timasaki

@kkanata 私は Rsym 気にしない派

ima3 @timasaki

@kkanata ribosome とかみたいに、セルがでかいとえらいことになっていること多いし

ima3 @timasaki

@kkanata low resolution だと情報貴重