実践 xdsme & XDS

XDS & xdsme を使ったデータ処理 xds : http://goo.gl/0OM5J xdsme : http://goo.gl/xFPWx 試行錯誤過程&ログ 続きを読む
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Kawai, F. @FumihiroKawai

事前にSGとセルパラメータがわかっているデータをXDS/xdsmeで処理しようとすると、全フレームを用いた場合にはうまく処理できないが、データを3分割してそれぞれを処理すると同様のSGと格子定数の処理が出来る。3分割のままだが。。。

2012-03-12 15:57:38
Kawai, F. @FumihiroKawai

ビームシャットダウン前のAPSトリップはなくなり、代わりにビームラインサイエンティストの方に結晶を送ることになりそう。それまでに各種結晶を準備せねば。リミットは3週間後。

2012-03-13 04:06:39
Kawai, F. @FumihiroKawai

adxv hoge.img hoge.x でイメージデータ上にdenzoのpredictionを載せられることを初めて知った。ってか、adxvいろいろoptionがあるのだな。。。恥

2012-03-13 06:19:23
Kawai, F. @FumihiroKawai

xds(me)のでも同様なことができないかなと。generage_adxでXDS.INPとXDS_ASCII.HKLから.adxを作れるがイメージが90度回転してるので。はてはて。(多分出来る。

2012-03-13 06:22:18
ひ○たく @kun32xu

@FumihiroKawai あっしもヤムヤムにおせーてもらいました。ちなみにフォーマット揃えたら好きなとこにプレディクションがw

2012-03-13 06:23:37
Kawai, F. @FumihiroKawai

@kun32xu いいなー ヤムヤムくんが起きてきたらおせーてもらおう。ひ○たさんにいまおせーてもらうと乗り遅れるかもしれないしw 気をつけていってらっしゃいませ! ちと手探りしてみるー :)

2012-03-13 06:26:03
Kawai, F. @FumihiroKawai

adxvにめちゃくちゃたくさんのoptionがあることに驚愕( Д ) ゚ ゚

2012-03-13 06:28:51
Kawai, F. @FumihiroKawai

ちなみに adxv -h でざざざーっといろいろ出てくる( Д ) ゚ ゚

2012-03-13 06:30:36
Kawai, F. @FumihiroKawai

XDSのテストデータセットとして、Quality control のしたから3行目の ( http://t.co/MRcrd7Hb ) からimgデータをDLして解析してみるのはどうだろうか。

2012-03-13 07:10:35
Kawai, F. @FumihiroKawai

XDS/xdsme後のFRAME.cbfファイルを各々のフレームで見ることはできないのだろうか?

2012-03-14 01:12:06
K. Yam @yam_cpp

@FumihiroKawai 残念ながら積分時の最終フレームだけなのです。どうしても見たい場合はそのフレームだけで積分するしか無いかとー

2012-03-14 02:02:00
Kawai, F. @FumihiroKawai

@yam_cpp ありがとぅ。やはりそうなのかφ(* д*)メモメモ いくつか聞きたいことがあったのだった。adxv で img と .x を重ねて表示できるのを昨日知ったのだけれど、XDS後にも同様なことは出来るのだろうか?(続く

2012-03-14 02:23:54
Kawai, F. @FumihiroKawai

@yam_cpp generate_adxで.adx を作ったのだけどimgとpeakがズレてしまっているように見える。で、きのう@kun32xu さんと少し話をしたのだけれど、フォーマットを合わせると好きなところに表示出来るよ。ってのを聞いて、ヤムくんに聞いたと。

2012-03-14 02:28:01
Kawai, F. @FumihiroKawai

@yam_cpp 僕と@kun32xu さんの話が噛み合っていない可能性も否定できないが(´・ω・`) フォーマットを合わせるとはどの様なことをするのかな?というのを聞きたかったのです。時間があるときにお願いしたいな〜

2012-03-14 02:30:17
Kawai, F. @FumihiroKawai

さて、どうやって3分割したデータと同じ処理を一つのデータセットから得られるだろうか。Keywordを見ていくしかなかろう。。。

2012-03-14 03:16:57
Kawai, F. @FumihiroKawai

@FumihiroKawai xdsme -x 1579 -y 1501 -b -s P222 -i "ROTATION_AXIS=-1 0 0" *.img

2012-03-14 04:31:36
Kawai, F. @FumihiroKawai

IDXREFのTable of possible latticesには候補として上がってきているが、その後シンメトリの低いものになってしまう。。。はてさて。

2012-03-14 06:08:44
Kawai, F. @FumihiroKawai

@yam_cpp imgとpeakがズレるのは、adxv のオプションの -rotate -flipで解決しました。in case 。@kun32xu さんが言っていたのは何だったのだろうか。ふむむ。

2012-03-14 06:24:42
ひ○たく @kun32xu

@FumihiroKawai @yam_cpp え?ピークの座標を書いたファイルをあるフォーマットで用意するとプレディクションがadxvに出る、ということが言いたかっただけです。xds wikiのスクリプトを知っているなら役に立つ情報ではないのでは。

2012-03-14 06:26:43
Kawai, F. @FumihiroKawai

@kun32xu @yam_cpp スクリプト使ってたらそのままでおkだったのだな。(´・ω・`) お騒がせしましたですよm(__)m

2012-03-14 06:28:21
Kawai, F. @FumihiroKawai

新しいことを学ぶにはそれなりに時間がかかるのだな。

2012-03-14 09:00:03
K. Yam @yam_cpp

@FumihiroKawai @kun32xu XDS.INPで定義されてる座標系とadxvで表示する際の座標系が合ってなかったのかと思われます.一致させるオプションが見つかったとのことで良かったです.汎用的にやる方法もあるのでしょうがフォローしてないですorz

2012-03-14 09:00:30
Kawai, F. @FumihiroKawai

@yam_cpp ありがとぅ。XDS/xdsmeでわからないことがあったら教えて下さいm(__)m @kun32xu

2012-03-14 09:02:58
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