講演会「創薬研究におけるスパコンへの期待」(折田正弥東工大客員教授)
- Yh_Taguchi
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講演会「創薬研究におけるスパコンへの期待」(折田正弥東工大客員教授) http://t.co/GnExdJa1 http://t.co/YLBTZo8A 満席で椅子を何脚も持ち込まないといけないほどの人の入りです!
2012-07-04 13:49:59FBDDはHTSより活性の強い化合物が得られることも.初期化合物からfragment evolutionによって85万倍の活性が得られたものも.
2012-07-04 13:45:17PDBのligandはheavy-atomが30-40個周辺(とapo体)が多い(似たような構造が多い)のに対し,アステラスのin-house構造では15-25個が多く,構造的にバラエティ豊かである.
2012-07-04 13:49:04つまり多様な相互作用が得られているはずであり,辞書的に使えるはず→結晶構造のデータマイニングがnext challenge
2012-07-04 13:50:25具体例:Macrophage Migration Inhibitory Factor.市販化合物100万個から14個のhit化合物を選出.
2012-07-04 13:53:07ドッキング(protein-ligand)のスコアリング精度も課題.たくさんの化合物を評価するために,精度を犠牲にしている部分がある.
2012-07-04 13:55:34市販化合物でHTSライブラリを作ると,脂溶性が高く分子量が小さい化合物とか,分布の薄いところが弱点になるだろう,みたいなことが分かる.こういうところを強化ポイントとして戦略をたてることができる.
2012-07-04 14:03:01アステラスは2005年まではグリッドコンピューティング,それからはクラスタマシン.ただしリソースは不十分.今後の課題解決に向けて計算機リソース拡大が必須.
2012-07-04 14:07:12計算機リソースは現状はほぼin-house.リソース拡大の上で,自社リソースを拡充するか,社外活用を推進するか.会社によって様々となる選択である.
2012-07-04 14:08:30アステラスの事例では,TSUBAME2.0による網羅的な量子化学計算や,Amazon EC2によるバーチャルスクリーニングなど.
2012-07-04 14:10:53アカデミアスパコン vs. 民間クラウド.アカデミアの利点は先端技術のアクセスや研究に対する助言など,最先端技術開発ができる.民間クラウドは柔軟な価格体系が魅力.ルーチンワーク的なものには最適.
2012-07-04 14:12:09