2012年度・第166回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法:理論と応用〉 ツイートまとめ

農林交流センターワークショップ 分子系統樹推定法 ハッシュタグ #166ws で拾ったtweetsに、すこし追加をしました。ワークショップの案内に、 http://sto.affrc.go.jp/event/workshop/166ws に、講義資料へのリンクが http://leeswijzer.tumblr.com/post/28828424773/2012-166 。誰でも編集可、の設定にしています。
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Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#166ws (承前)多重比較の補正をしたものが,Shimodaira-Hasegawa 検定.

2012-11-02 14:45:29
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#166ws 下平英寿のマルチスケールブーツストラップを用いた Approximately Unbiased test は Type-I, II の過誤を同時に最小化する.

2012-11-02 14:47:12
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#166ws ギャップ情報の利用:Mark Simmons - simple indel coding method.

2012-11-02 15:53:29
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#166ws 勘所:最重要=データの質>樹形探索>パーティション切り>パーティション間モデル設定>パーティション内モデル設定=どうでもええ.

2012-11-02 15:58:49
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#166ws いまの話の内容に関連してワタクシの tearless_bayes2.pdf をチラ見するように.

2012-11-02 16:15:31
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#166ws ベイズ法と最尤法は計算速度的に優劣はもはやない.ベイズ法の利点は複雑な進化モデルのもとでの系統推定に限定される.

2012-11-02 16:16:35
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#166ws MCMCMC を使えば事後確率の過大評価が緩和される.

2012-11-02 16:18:40
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#166ws 事前分布のほとんどは意味のないものしかない(事前知識なんかもともとないやん).共役事前分布や無情報事前分布が大部分.

2012-11-02 16:20:08
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#166ws ASDSFによって樹形の不一致度の収束を判定できる.しかし,Tracer を使った収束判定の方がいい.

2012-11-02 16:23:53
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#166ws ベイジアンMCMCの問題点.パラメーター設定に名人芸が./樹形信頼性の過大評価./多重比較の補正方法がない./計算並列化に適していない.

2012-11-02 16:30:00
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#166ws 超複雑なモデルが必要な状況でべいづは生き延びる.

2012-11-02 16:30:54
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#166ws BEST=Bayesian Estimation of Species Trees は MrBayes 最新版に取り込まれている.

2012-11-02 16:31:55
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#166ws アラインメントと樹形推定の同時推定はベイズでは可能.(POYは?)

2012-11-02 16:32:40
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#166ws BEAST, ALIFRITZ, BALi-Phyは整列と系統推定.BayesPhylogenies とPhyloBayes は区分状態と系統推定,MrBayesはモデルと系統推定をそれぞれ同時推定できる.

2012-11-02 16:35:58
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#166ws 現時点ではすべての同時推定をするソフトウェアはまだない.

2012-11-02 16:36:27
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#166ws 三日間のワークショップはいま終わり.おつでした〜.

2012-11-02 16:54:37
windowmoon@𝕏 @windowmoon

受講者のみなさんお疲れさんでしたー。

2012-11-02 17:45:00
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