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Genome Biology 誌 Epigenetics special issue 輪読会 ( #epigenome_jp )

まとめました。
科学
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Tsuyoshi Hachiya @hacchy
【拡散希望】Genome Biology 誌 Epigenomcis special issue 輪読会を企画します(11/17 at 東大分生研) みなさまのご参加を楽しみにお待ちしております。 http://t.co/XYlqhTBo #ngsfield
Tsuyoshi Hachiya @hacchy
Genome Biology 誌 Epigenomics special issue 輪読会の「会場」情報をアップデートしました。東京大学分子細胞生物学研究所 IML棟を @KenzuiT さんに予約してもらいました。#ngsfield http://t.co/XYlqhTBo
Tsuyoshi Hachiya @hacchy
【Genome Biology 誌 Epigenomics special issue 輪読会】 一次募集は本日24:00で締切ますが、すぐ二次募集を行いますので、奮ってご参加いただければ幸いです http://t.co/XYlqhTBo
Haruka Ozaki @yuifu
Genome Biology 誌 Epigenetics Issue 輪読会 はじまります #epigenome_jp
1. methylKit: a comprehensive R package for the analysis of genome-wide DNA methylation profiles

Pubmed Article

Haruka Ozaki @yuifu
八谷剛史さん @hacchy さんの発表  Sof01「methylKit: a comprehensive R package for the analysis of genome-wide DNA methylation profiles」 #epigenome_jp
Haruka Ozaki @yuifu
methylKitはマッピング後のデータ解析の足回りを整備.データQC, サンプル間比較,DMC, DMRの解釈,DMC,DMRの同定ができる #epigenome_jp
Haruka Ozaki @yuifu
#epigenome_jp BISMARKからのSAMファイルを入力とする.一塩基解像度,ウィンドウ,CpG islandなどpredifinedな領域単位で見れる
Haruka Ozaki @yuifu
#epigenome_jp データQC:メチル化率の分布をみると,bimodalならOK,PCR duplicateがあると分布がおかしくなる
Haruka Ozaki @yuifu
#epigenome_jp サンプル間比較:メチル化率の相関係数,階層的クラスタリング,主成分分析
Haruka Ozaki @yuifu
#epigenome_jp DMC(塩基),DMR(領域)の同定:replicateがあるときはlogistic regression, replicateがないときはFisher's exact test で判定(並列化可能)
Haruka Ozaki @yuifu
#epigenome_jp UCSCゲノムブラウザで可視化もできる
Haruka Ozaki @yuifu
#epigenome_jp DMC/DMRの統計,他のゲノム上の領域との重なりなども見れる.
Haruka Ozaki @yuifu
#epigenome_jp BioConductorに依存している.カスタマイズ可能.
Haruka Ozaki @yuifu
次は,谷上賢瑞さん @KenzuiT の Sof02「EpiExplorer: live exploration and global analysis of large epigenomic datasets」 #epigenome_jp
2. EpiExplorer: live exploration and global analysis of large epigenomic datasets

Pubmed Article

Haruka Ozaki @yuifu
#epigenome_jp EpiExplorer :ウェットの人でもゲノム,エピゲノムデータを高速に扱うことできるツール
Haruka Ozaki @yuifu
#epigenome_jp 既存のGenome Browser は個々の領域についてみることしかできない.ゲノムワイドで情報を抽出したい.ウェブベースのGalaxyなどは「遅すぎる」,GREATやEpi-GRAPHは「flexibilityが足りない」
Haruka Ozaki @yuifu
5hmCメチル化データによる使用例.BEDをアップロード→予め用意されているヒストン修飾やCpG islandといった多数のデータとの重なりが見れる→コントロールとの比較・有意差検定 種々のエンハンサー領域との重なりもみれる #epigenome_jp
Haruka Ozaki @yuifu
複数の条件での絞り込みして解析ができる.GO解析,文献からの5hmC hotspotとの重なりもみれる.最終的に実験に回すような数十個まで候補を絞り込める.手でさくさく絞り込める感じ(けずいさん談) #epigenome_jp
Tsuyoshi Hachiya @hacchy
絞り込みが楽しそう!EpiExplorer。 #epigenome_jp
Haruka Ozaki @yuifu
不満:条件を絞り込むときは条件のうち一個を選んだ結果しかみれないが,いくつかの条件での結果を一気に見れない #epigenome_jp
3. Epigenetic interplay between mouse endogenous retroviruses and host genes

Pubmed Article

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コメント

wakuteka @wakuteka 2012年11月17日
参加できなかった自分のためにまとめております。
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