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とりさん
@biochem_fan
http://t.co/AnUudVzOJ8 坂部プロジェクトの機関誌「構造生物」(1995-2005)が読める。解析が何でもかんでも自動化された現代と違って、一歩ずつ手探りで進んでいた当時の報告を読むと、とても勉強になる気がするし、今は失われたノウハウも多いだろうなと思う。
2013-09-09 22:49:45
とりさん
@biochem_fan
. @hshigema すみません、95年から順に見始めたので、「昔」感が強かったです。80年代の記述と違って今でも使われているプログラムが多く、そういう点では親しみやすいです。
2013-09-09 23:04:27
とりさん
@biochem_fan
@hshigema 例えば Vol1. No. 2 にある Cytochrome oxidase の解説では、ヘリックス由来の低分解能の反射が強すぎて、谷間(ヘリックス間)の密度が強く負になって側鎖が見えないので、そこを弱くスケールするという面白いことをやってます。
2013-09-09 23:09:52
とりさん
@biochem_fan
@hshigema 今は、map を描くときや精密化のときの weighting が昔より良くなっているので、こういう問題は起きにくくなっているのではないでしょうか……(と想像)
2013-09-09 23:12:52
shige
@hshigema
@biochem_fan その辺がどっかで議論されてるのか気になるというか、ソフトごとの対応を知っておくのは大事そうだね。正直、詩論的な裏付けなしにweightをかけるのはキケンというか、ずるいというか…
2013-09-09 23:14:54
とりさん
@biochem_fan
@hshigema おっしゃる通りです。ちょうど今、このあたりの文献に再挑戦中です。以前は数式に多さに挫折していましたが、統計学のラボで修行して、多少は分かるようになった気がするので。
2013-09-09 23:18:28
2438@ROM
@t2438
@biochem_fan 当時IP主流(?)のときのデータでさえ低角のサチるのが問題になるのに、現状のCCDのデータで、重みづけ変わっただけでそんなに改善されるもんなんですかね？精密化プログラムの進展すげぇ、ってことすかね？@hshigema
2013-09-09 23:34:50
2438@ROM
@t2438
@biochem_fan あと、明らかに低角サチってるなってデータを扱う時に、どうにかしてR下げる方法とか、ないすかね？低角のデータだけ取りなおすしかないもんでしょうか？@hshigema
2013-09-09 23:36:23
きゅうもるの中の人
@cuemolnohito
@t2438 マップのcoefficientが2Fo-Fcだったとか，低角の反射を捨てていたとかでは（昔はbulk solvent correctionがなかったので低角を入れるとRが極端に悪かった） @biochem_fan @hshigema
2013-09-09 23:37:05
きゅうもるの中の人
@cuemolnohito
@t2438 さちってるなら情報が失われているのでどうしようもないのでは． @biochem_fan @hshigema
2013-09-09 23:37:48
2438@ROM
@t2438
@cuemolnohito イメージのサチリかたをもとに復元、みたいな（_/|||||\_←こういうピークの頂点を予想して。。。笑）@biochem_fan @hshigema
2013-09-09 23:39:47
ひ○たく
@kun32xu
@cuemolnohito @t2438 @biochem_fan @hshigema ピクセル分解能がある、つまり、検出器面上のプロファイル形状がとれるようならプロファイルフィッテイングでもそこそこ良い推定になると聞いたことが。まぁ、サチらないのが最善ですわね。
2013-09-09 23:41:31
とりさん
@biochem_fan
@t2438 @cuemolnohito @hshigema 構造生物の記事だと、サチってるせいで反射が強すぎるのではなく、その分解能だけ位相が正確&他は不正確なため、mapが汚くなったように読めます。今のプログラムは位相の確からしさに基づいて重み付けするので問題は軽減されるかと
2013-09-09 23:44:19
2438@ROM
@t2438
@kun32xu あ、やはり既にやられてるんすね。（久しぶりにサチっちまったぜ、的なデータがあって、少しでもお化粧したいなと） @cuemolnohito @biochem_fan @hshigema
2013-09-09 23:45:14
とりさん
@biochem_fan
@kun32xu @cuemolnohito @t2438 @hshigema 原理的には、プロファイル・フィッティングである程度の情報は回復できそうですね。ただ、強い反射で「染み出し」とかがあるとダメですが。
2013-09-09 23:45:22
とりさん
@biochem_fan
現在論文執筆中の私の構造も、低角が飽和してて outlier rejection されたせいで、低角の completeness がちょっと悪い……
2013-09-09 23:46:24
きゅうもるの中の人
@cuemolnohito
@kun32xu @t2438 なるほど，そういうことですね．補外みたいな感じになる上に強い反射はフーリエ和に影響が大きそうなのでいろいろ問題になりそうな気もしますが．．． @biochem_fan @hshigema
2013-09-09 23:47:51
ひ○たく
@kun32xu
@biochem_fan @cuemolnohito @t2438 @hshigema ですね。CCDだとにじみが気になるならやめた方がいいかも。とはいえ、きちんと検討したことは無いので試してみませうw PILATUSだと測定手法（薄焼きファイン）で既に回避されるもんかな？
2013-09-09 23:49:40
とりさん
@biochem_fan
ここはひとつシミュレーションで確かめてみましょう……といって、さらさらとコードが書き下せると嬉しいので、今さらながら cctbx を勉強しなおしている(今までは読むほう専門で、使ったことはほとんどなかった)。
2013-09-09 23:50:48
2438@ROM
@t2438
@kun32xu うぅ、取りなおしたほうが速そうだ・・・。話は変わりますが、PILATUSのビーム強度ってどうやって決めるんですか？初めに一枚くらい弱めに当てると、推奨強度が提示される、とか？@biochem_fan @cuemolnohito @hshigema
2013-09-09 23:53:00