生命情報若手の会 day2 (2010)
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Ohue M/大上雅史
@tonets
話題はNGSeqを中心に日本の100年後の未来まで。若手研究者の夢と希望に溢れた討論会であったように思う。 #bioinfowakate
2010-10-10 03:06:03
Ohue M/大上雅史
@tonets
エラい人達の言う10万人ゲノムコホート計画にも言及。日本でやるにはあまりにも施設と人材が足りない。 #bioinfowakate
2010-10-10 03:10:39
Ohue M/大上雅史
@tonets
ゲノムが安価に読めたら、あなたは自分のゲノムを見たいですか？ という個人的情報開示から、髪の毛1本からでもゲノムが読めるのが当たり前になった時代のゲノム情報の扱いまで。 #bioinfowakate
2010-10-10 03:13:41
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
全体では午前３時まで歓談していました。一部の人は４時までやっていた模様。昼の部の面白さはもちろんですが、若手の会は（も？）やっぱり夜の部の盛り上がりが最高。こちらはtsudaりませんので、興味ある方は次回参加してください：） #bioinfowakate
2010-10-10 08:52:53
Thanet Knack Praneenararat
@fiboknacky
นั่งฟังบรรยายอยู่ที่งานประชุม นักวิจัยไบโออินโฟ รุ่นเยาว์ #bioinfowakate
2010-10-10 09:46:59
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
東北大・大林さん： 遺伝子共発現データの比較を利用した遺伝子機能の網羅的推定。ロゴ外注の話が終わったら「あと５分です」 #bioinfowakate
2010-10-10 09:49:57
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
植物では共発現と組み合わせるとターゲットを絞りやすい方法としては、まずはファミリーでわけること、らしい。ということはGOとかでフィルタリングするとやりやすいということかな？そういうオプションはあってもいいのかも。（既にあるのかもだけど） #bioinfowakate
2010-10-10 10:02:37
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
農生研・三原さん：アミノ酸配列の保存モチーフパターンによるクラスタリングとSALAD databaseの作成。MEMEでモチーフを抽出して、そのパターンでホモロググループをクラスタリング。詳細なオーソログ・パラログの解析に非常によさげ。 #bioinfowakate
2010-10-10 10:18:23
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
基生研・佐藤さん：シグナル伝達ネットワークモデリングによって明らかになった 植物免疫システム構造 – スイッチ型シグナル伝達と想定される意思決定機構。変異体のアレーから制御ネットワークを推定。 #bioinfowakate
2010-10-10 10:44:26
Wataru IWASAKI
@iwasakiw
東大・Praneenararatくん：超高速グラフクラスタリングを用いた，巨大ネットワークをインタラクティブかつマルチスケールにナビゲーションする手法の開発． #bioinfowakate
2010-10-10 11:10:16
Wataru IWASAKI
@iwasakiw
慶応大・斉藤さん：転写されているRNAの中には相同性検索にかからないものが多い（例えば機能性RNAのファミリーにあたる「clan」など）．BPLAカーネルを使ってデータベースから２次構造のインデックスを作成しておき，入力配列を２次構造予測し高速検索． #bioinfowakate
2010-10-10 11:43:47
@bioinfo_tanakky
@iwasakiw Although I can not attend Wakate-kai today, tweets with #bioinfowakate tag are helpful!!! Thank you!
2010-10-10 11:51:06
Wataru IWASAKI
@iwasakiw
慶応大・ポペンドフさん：MURASAKIは9哺乳類ゲノムを48分でアラインメント．工夫はアンカーにSpaced Seedsを用い，かつエントロピーの高いハッシュ関数を遺伝的アルゴリズムを使って求めること等々．斉藤さんもですが実験結果がとてもきれい． #bioinfowakate
2010-10-10 12:09:05
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
Genome Analyzerを使った累積論文数600超え。HiSeq2000は200Gb(100bp x 2)を８日間で。20億リード。２重構造フローセル（上下）を4台のCCDでラインスキャン。フローセル設置の簡易化、試薬のカートリッジ化。 #bioinfowakate
2010-10-10 12:27:56