第51回日本生物物理学会年会・１日目

横山　雅俊 @yokodon001

今度の生物物理学会年会の模様は、また TW でタグ付きメモを残します。今回も #bpam13 のタグで分身の @sf2_jp にしゃべらせます。生物物理界隈の皆さんと、京都の会場でお目にかかれるのを楽しみにしております。

横山　雅俊 @yokodon001

#bpam13 現在、新幹線のぞみ231号・新大阪行の車中より。東京を出て間もなく品川。いざ西へ！　明日からの生物物理学会＠京都に備えて、今日から関西入り。

横山　雅俊 @yokodon001

学会期間中（と終了後数日？）は、このタグ #bpam13 で学会当日の模様を記録します。個人的なメモの範囲で、例年通り実施します。公開備忘録ということで。

横山　雅俊 @yokodon001

#bpam13 今日から生物物理学会年会＠京都 http://t.co/7KpRIqlNxo 。何だか「帰ってきた感じ」。今回もこのタグで期間中の模様をメモします。メモ一式は公開備忘録としてまとめます。では、朝食摂っていざ出陣。

横山　雅俊 @yokodon001

#bpam13 現在、学会の会場より。初日午後のポスターセッションの最中。今回の学会では、午前の口頭→ランチョン→ポスター→午後の口頭というプログラム配置になっており、ゆとりをもってポスターも口頭発表も参加できる。こういうデザインはいいね。

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 ここから引き継いでルポ開始。会場は京都国際会館。sf2_jp の中の人（yokodon001）がこの会場で開催される年会に参加するのは、今回が初めて。京都国際会館と言えば、COP3 の京都議定書が締結された場所。その記念の展示も屋内の一角にある。

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 生物物理で京都といえば、色々と縁深い場所でもある。学会誌「生物物理」の印刷所は京都の中西印刷。yokodon001 が学会誌編集委員をしていた頃、会議で何度か来たことがある。その学会誌も近々オンライン化されるようで、これも時代の流れか。

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 ところで、学会誌「生物物理」はこちら http://t.co/fSjL4VsbjH から誰でも見ることができる。興味のある方々はぜひご覧ください。

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 京都で生物物理といえばの「その２」。やはり非平衡物理やサイバネ系が強い。京都大の生物物理学 http://t.co/VJMVqfC4rc や、医学部 BioSym の心臓の京都モデル http://t.co/Dm1ytFVZLL は有名。

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 ちょっと離れた阪大や神戸大も生物物理学の拠点のひとつで、神戸大からほど近いポートアイランドには、あの「２位じゃだめなんですか？」のスパコン『京』もある。その『京』を使った生命現象の大規模シミュレーションが、いま走り始めている。

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 さて、ここから初日の模様のメモ開始。まずは午前のシンポジウムから。1SCA「生命システムの情報ダイナミクス」に参戦。演題番号の凡例をば。1SCA-01で「１日目・シンポジウム・Ｃ会場・午前の１番目」の意。以下同様。

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 1SCA-01「遺伝子発現過程の情報の動力学」理研QBiC・谷口さん。会場入りの都合で途中から聞いたため、正直よく分からなかったｗ　要は遺伝的に均質な細胞群でも遺伝子の情報にばらつきがあるが、（続く）

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 （承前： http://t.co/mYUwNo1Q1W ）その中で遺伝子発現がどのくらい頑健かを転写、翻訳のレベルで調べたという話である。

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 1SCA-02「全情報内容を伴う単一分子の時系列からその速度論を客観的に推定する」北大・Li さん。生体分子の構造変化に関して、特定の立体配座の滞留時間の分布を隠れマルコフモデルとは別の方法で調べ、その速度論を導く試みをしたという話（らしい）。

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 1SCA-03「確率的な細胞環境感知における適応的動力学の役割」東大生産研・小林さん。ここからちゃんと聞き始めた感じｗ　成長因子（GF）の細胞内情報伝達の、ネットワークシステムとしての頑健さと、伝達の量と経路を調べるのに、シャノンの情報理論に依拠。（続く）

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 （承前： http://t.co/dwqamFGM7k ）定量的細胞イメージングでの測定データの解析から、細胞が感知する内容は物質の濃度ではなく「情報エントロピー」であり、しかもその情報受容は「雑音に強い」という。（続く）

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 （承前： http://t.co/hye2AO4lhb ）ここで「情報需要が雑音に強い」の意味を補遺。細胞内での分子レベルの現象は熱による高分子の構造揺らぎや低分子の運動の影響を非常に大きく受ける。流れる川の底から宝石を拾うことを想像すると分かりやすいか。

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 午後の口頭発表の時間がすでに始まっているので、一旦中断。続きはまた夜に。｜typo１つ。×「情報需要が雑音に強い」→○「情報受容が雑音に強い」

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 というわけで、１日目午前の口頭セッションの続き。1SCA「生命システムの情報ダイナミクス」。演題番号の凡例は 1SCA-04 なら「１日目・シンポジウム・Ｃ会場・午前・４人目」の意味です。

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 1SCA-04「細胞内時空間データからの方程式推定」東大総文研・石原さん他。粘菌（キイロタマホコリカビ）の走化性と細胞運動のモデルを作るのに、細胞内の現象を考慮するにあたって、揺らぎを無視できないという話。（続く）

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 （承前）主意は「生体分子の相互作用の集積において、揺らぎの影響は大きい。しかし通常の数理モデルでは平均化の処理をするので、揺らぎの情報は失われる。そこを取り込んだモデルを作りたい」と読めた。どうやってモデルの推定をしたのかはよく分からないが（続く）

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 （続き）基本的な着想には大いに共感。なお、実際の方程式はいわゆる反応拡散方程式に雑音の項を入れたもので、ランジュバン方程式と同じ考え方なのかなと。

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 1SCA-05「確率的なERK活性動力学と細胞増殖制御」京大医・青木さん。サイトカインの一種EGF（上皮成長因子）による細胞内情報伝達系（EGFR→Ras→ERK） http://t.co/hRuSYuCOu7 はがん細胞の増殖と関連。（続く）

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 （承前）その細胞内情報伝達を経て、ある種のリン酸化酵素 ERK の働きで細胞増殖が起きるのだが、その様式が細胞の数密度に依存するという話。そこを ERK の確率的なふるまいと結びつけて論じており、やがては数理モデルになるのかなという感じ。

#phdjp科学と社会ワーキンググループ @sf2_jp

#bpam13 1SCA-06「細胞内シグナル伝達経路の情報符号化」東大理・黒田さん他。やはりサイトカインの細胞内情報伝達を題材にしているが、こちらはシャノンの情報理論やベイズ統計を用いて解析。曰く、細胞内の情報伝達は平均化された信号強度そのものではなく、（続く）