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まこ @ma_ko
バイオハッカソンは太る
まこ @ma_ko
「ジョブは実行待ちです」…寝そう
まこ @ma_ko
明日は既知SNPのフィルタリングとツール組み込みやるお…やりたいお
まこ @ma_ko
@_shk Exome だと最終的に欲しいのは 既知SNP (dbSNPにある) ではない新規の変異なので、"dbSNP にない"というフィルターをかけるイメージ
Kozo Nishida @kozo2
やっぱり既存のsifにdatafield追加するより、サーバの方でgraphml吐いてもらうようにしてもらった方がよさそうだ
Kozo Nishida @kozo2
@c_z CytoscapeWebでsifでエッジだけ作ってから、後でノードアトリビュートを追加しようとしたのですがaddDataFieldだと付けることができるのはデフォルト値だけでどのノードにそのデータを追加するのかが指定できないように思うのですがご存知でしょうか
Kozo Nishida @kozo2
やはりgraphml作ってもらったほうがよさそうだ。javascriptややこしくなったらそっちの方が迷惑だろうし。graphmlシンプルでそんなに負担をお掛けすることにならないだろうし、できるだけコントロールは向こう側でできるようになってた方が安心できるだろうし
Kozo Nishida @kozo2
graphmlのフォーマットは理解できたように思う
Kozo Nishida @kozo2
できれば今日中に完成させて雑談とか他の人たちがどんなことやっているのか聞きまわることに残りの時間を割きたい
Kozo Nishida @kozo2
@c_z 有難うございます。ということであればgraphMLを作ってもらうことになると思います。
Kozo Nishida @kozo2
@c_z いえgrapheML readerは書いていません。僕はCyWebでノードのアトリビュートをクリックイベントとかで表示したりパスウェイでVizMapしたりしようとしています
まこ @ma_ko
3日目開始。ちょっと疲れてきたのか体調が…まあ大丈夫だろ。
Kozo Nishida @kozo2
@c_z 多分このワークショップで書くのはjs(CyWeb)のみでjava(Cy)は書かないと思います。
Kozo Nishida @kozo2
@c_z はい -> 原型できてるんですか。というかGraphMLはCyWebがサポートしてるんでそのxml投げれば描画してくれるって感じです。
Kozo Nishida @kozo2
@c_z これからattedの結果に対応するgraphmlサンプル書いてこれを出力して頂くことが可能かどうか伺おうと思っています
Kozo Nishida @kozo2
@c_z こんな感じです。これsifから作ってるんでgeneのfunctionとかtarget, TF, KEGGのpathway情報を持ってないのでそれをgraphml読むようにして加えたいと思っています http://twitpic.com/2zd36p
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まこ @ma_ko
6人しかハッカソン会場に起きてきてな(ry
NS(id) @32nm
統合データベース技術情報交換ワークショップ http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH10.10 day 4 #bh2010
Kozo Nishida @kozo2
atted用の簡易graphml作って, sifよりもノードに持たせる情報を増やした http://twitpic.com/2zdapo
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Kozo Nishida @kozo2
後はwiki書く、余計な情報表示しないようにする、KEGGのpathwayに応じてvizmapする
Kozo Nishida @kozo2
[JavaScript] オブジェクトがnullやundefindでないか評価する。 - うなの日記 http://bit.ly/ca90Sw
Kozo Nishida @kozo2
javascriptにはunless無いですか
Kozo Nishida @kozo2
attedではあるgeneが複数のpathwayに割り当てられている場合ノード中にそのpathwayに対応した色の小さいマーカーを並べる使用になっている。Cytoscape(Web)では一個のノードに対して色のVizMapは一つしか割り当てられないのでどうしたものか
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