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K. Yam
@yam_cpp
.@kkanata XDSの入門は，まずこの辺のPDFを見て http://bit.ly/fQbhyx http://bit.ly/fThVeI ，xdsmeを使ってみるのは如何でしょう．困ったときはXDSwikiも参照しつつ． #jpxtal
2011-02-05 18:22:58
K. Yam
@yam_cpp
@kkanata XDSは慣れてくればHKL2000より簡単に感じると思います．なんせ，だいたいデフォルトで「上手く処理されてしまう」ので．もっと踏み込んで理解できるよう私も勉強中です．
2011-02-05 18:46:23
Hideaki E. Kato
@emeKato
ところでSeが上手くいかなくて難航している自分のサンプルだが、准教授の先生がわざわざマクロを組んでPCクラスターで800ほどのテンプレートについて分子置換を試してくれた。結果は微妙だったらしいがちょっと感動。にしてもやっぱ自分も少しくらいプログラミングに明るくなりたいよなぁ。
2011-02-05 23:04:01
ima3
@timasaki
@emeKato MrBUMP でしたっけ？シークエンスから似た構造を拾ってきて自動で MR を試してくれるプログラム、試しました？ @yam_cpp
2011-02-05 23:13:01
K. Yam
@yam_cpp
@timasaki @emeKato あとはドメイン切り貼りのBalbesとか，最近は予測プログラムRosettaと組み合わせた分子置換の例もちらほら聞きますね．．私は使ったこと無いですが． RT MrBUMP
2011-02-05 23:29:32
Hideaki E. Kato
@emeKato
@yam_cpp いや、Blast検索 (in Pdb database) でhomologyが高かった配列を上から800個そのまま分子置換のテンプレートとして放り込んだらしいです。情けないことに詳しいプログラムは分からないのですが。。
2011-02-05 23:37:09
K. Yam
@yam_cpp
@emeKato BalbesとMr.BUMPは実行はもの凄い簡単なんでぜひトライしてください．私は成功したことが無いので，上手くいったら教えてください笑．BalbesはFreeR_flagがセットされてないときは勝手に5%で取ってしまうので，分解能が悪いときは気をつけて下さい
2011-02-05 23:41:00
K. Yam
@yam_cpp
@emeKato Molrepだけと言わずPhaserもぜひ試してみてくださいませ．．あと釈迦に説法かもですが，上手くいかないとき空間群はあまり決め打ちしない方がいいです．たとえ消滅が見えていても．
2011-02-05 23:43:12
ima3
@timasaki
.@emeKato 資料が幾つかあります。でもmanual 読んだほうが早いかな？ http://www.ccp4.ac.uk/schools/APS-2009/tutorials.php#mrbump @yam_cpp >MrBUMP, Balbes
2011-02-05 23:43:24
ima3
@timasaki
.@emeKato MR でなんとなく初期位相が着いたら Phaser の MR model + Se SAD が強力です。Se のシグナルが見えているなら相当良い位相を返してくれるはず @yam_cpp Molrepだけと言わずPhaserもぜひ試してみてくださいませ．．
2011-02-05 23:45:04
K. Yam
@yam_cpp
@emeKato @timasaki 私もSeでは位相が付かず，MRではサーチモデルじゃない部分のマップが全然見えなかったのが，MRSADでかなりマップがよく見えるようになったことがあります．このときは分解能3.5Aの複合体．おすすめです．
2011-02-05 23:50:22
K. Yam
@yam_cpp
@kkanata TIMバレルとかcoiled coilとか鬼門っぽいですけどね．分子置換の腕磨きたいですね． RT 分子置換は奥深いよなあ。他の人のだが、滅茶苦茶いい分解能のデータだったのに、位相出なかったりもするし
2011-02-05 23:52:19
K. Yam
@yam_cpp
@emeKato あと分解能が良くてα-helix richならARCIMBOLDOもどうぞ，と無責任に言ってみたり．．（自分のところでまだ動かせてないくせに）．
2011-02-05 23:54:17
K. Yam
@yam_cpp
@emeKato 空間群は構造が決まるまではあくまで仮説ですし，擬似並進とかの影響で消滅っぽく見えてることもあります．さらにはTwinの影響で格子やラウエ対称を取り間違えていることもあります．．この前やりました．
2011-02-05 23:55:42
ima3
@timasaki
@emeKato こんな話もｗ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19171964 >空間群、twin @kkanata @yam_cpp
2011-02-05 23:56:47
ima3
@timasaki
@emeKato P21 の beta が 90度に近いため P212121 と勘違い、とかはよく聞きます。解けないときは低い対称性で試すのは常道かな
2011-02-05 23:57:57
K. Yam
@yam_cpp
@kkanata あんまり色々疑ってかかるのも，疲れますしねえ．そして上手くいかなくなってはじめて「本当に解けるデータなのか」という疑問と戦いながら色々トライする日々が始まる．．
2011-02-06 00:01:43
K. Yam
@yam_cpp
CCP4BBの時もそうだったけど，気軽に質問を投げるのは簡単で，その後の議論についていくために多大な労力が払われることになる．．まあ何かを得るにはその程度の覚悟は必要ってことですな．そもそも教えてもらえるんだからこの上なく有難いこと．
2011-02-06 00:32:34