WACODE夏期講習

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

古代DNAのダメージ量を推定して塩基配列を修正するソフトウェアがでてる mapDamage github.com/ginolhac/mapDa… #wacode

もっち @motthy

このタグ面白い(ていうか参加すればよかったな #wacode

wakuteka @wakuteka

古代ゲノム解析パイプライン PALEOMIX github.com/MikkelSchubert… #wacode

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

deamination とは別にメチル化シトシンがチミンに変わる現象も #wacode

wakuteka @wakuteka

ネアンデルタール人とデニソワ人の古代人ゲノムのDNAメチル化解析 #wacode / “Reconstructing the DNA Methylation Maps of the Neandertal and the Denis…” htn.to/sAL5ax6

もじゃもじゃのほう (Koki Tsuyuzaki) @antiplastics

mapDamage, PALEOMIXなどのツールがある #wacode

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

14:05 - 14:20 : 「そのままでは使いづらい非線形データの次元圧縮」（@nakaneko143） #wacode

wakuteka @wakuteka

次元圧縮の手法はたくさんある！ (@nakaneko143) #wacode / “Dimensionality Reduction: A Comparative Review L.J.P. van der Maaten ∗ , …” htn.to/EcrATi

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

次元の呪いの話をしている #wacode

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

線形の次元圧縮（PCA）ではうまくいかない一細胞RNA-seqデータの例 #wacode

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

カーネル主成分分析 #wacode

wakuteka @wakuteka

次元圧縮の手法の違いとかがまとめられたこのスライドほしい… #wacode

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

非線形次元圧縮手法の曼荼羅が登場した #wacode

wakuteka @wakuteka

PCAまではわかるのにカーネルという単語が頭についただけで脳が停止してしまうのをなんとかしなければ… #wacode

wakuteka @wakuteka

非線形性観測データに対する次元圧縮手法曼荼羅見ていた #wacode

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

一細胞RNA-Seqの実データでやると、カーネルPCAはガウスカーネルのσの影響を受けやすい。拡散マップは、σにロバストで、きれいにわかれる。 #wacode

wakuteka @wakuteka

PCA（主成分分析）でPC1, PC2とかはよく見るけど拡散マップでDC1とかDC2とかって初めてみました… #wacode

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「高次元データにおける外れ値検出」（@fukunagaTsu） #wacode

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「博士三年ということで非常に忙しい」 #wacode

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「求職中です」 #wacode

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「なんというか、求職中です」 #wacode

もじゃもじゃのほう (Koki Tsuyuzaki) @antiplastics

Sketchsortっていう手法を使ったらしい #wacode

wakuteka @wakuteka

さっき井手先生の青い本って言っちゃったけど赤い本だった。amazon.co.jp/dp/4061529080 #wacode

もじゃもじゃのほう (Koki Tsuyuzaki) @antiplastics

これ買いましょう amazon.co.jp/dp/4061529080 #wacode

wakuteka @wakuteka

なぜ外れ値検出が大事か (1) 後続のデータ解析に悪影響を与える (2) 中央値は影響を受けにくい (@fukunagatsu ) #wacode