バイオと情報科学の関係について
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最初にまとめ
Masahiro Kasahara
@mkasahara
@hikita @dmikurube ちょっと煽って言うなら「ゲノムの問題を理解して処理効率の良いプログラムを書ける人を雇うコスト＞＞＞プログラムなど書いたこと無いバイオの人に Perl で100倍遅いプログラムを書いて貰って実行するコスト」
2013-08-25 17:05:25
Masahiro Kasahara
@mkasahara
@hikita @dmikurube というか、そもそもゲノムの問題を理解してくれる人が希少なので、Google に行くようなハイレベル人材じゃぜんぜんなくていいのです。TopCoderで言えば青コーダーぐらいでいい。この業界、青コーダーならトップ2-3%ぐらいだと思う。
2013-08-25 17:10:34
Masahiro Kasahara
@mkasahara
@hikita @dmikurube 全然間に合わないけど、間に合わないから研究しない、というわけにもいかず。日本ではアルゴリズム力・プログラミング力で差が出ない研究テーマを選ぶとか、そんな感じになってる気がする。
2013-08-25 17:14:53
Masahiro Kasahara
@mkasahara
世界で広く使われている日本発のゲノム解析ツールってほとんどなくて、日本では件のまとめのような状況になっているけど、情報科学に強い人が本質的に要らないわけじゃない。むしろGoogleから声が掛かるぐらいの人が居るべきではあるんです。
2013-08-25 23:54:28
Masahiro Kasahara
@mkasahara
主にアメリカ・イギリス・中国あたりでは物理・数学・工学・情報科学からバイオに移ってきた人たちがゲノム科学に大きく貢献していて、こういった分野の人たちの流入無しには次世代シークエンサー関連のゲノム科学は絶対発展しない。
2013-08-25 23:58:24
Masahiro Kasahara
@mkasahara
そういう意味で、アルゴリズムに明るくプログラミングができる人（＋願わくば論文書いたり発表したり、ガチ生物の人とコミュニケーションを取って共同研究できる人）の需要はものすごくあるし、インパクトのある研究を量産できると思います。
2013-08-26 00:01:32ゲノム解析の発表
スクリプト言語でテキスト検索に反応するプロシン民
exthnet/tgbt
@tgbt
「癌になりやすさ、アルコールへの耐性、などなど究極の個人情報が3時間くらいでわかります」 そんな状況だったのか。積極的に活用して欲しいなあ。（個人情報保護とか選別とか保険とか問題がたくさんあるんだろうけどさ） #spro2013
2013-08-25 11:24:46
exthnet/tgbt
@tgbt
ゲノム解析にLinuxの一般的なコマンド処理とスクリプト言語が多用されている……それってもっと高速なネイティブプログラムに置き換えたら性能100倍になるんじゃね？ #spro2013
2013-08-25 11:27:31
ところてん
@tokoroten
AWSの上でhadoop動かしてゲノム解析、すげー。けど、データ転送量が多くて死なないかな。 AWSは1000人分のゲノムデータ(200TB)を公開している・・・ #spro2013
2013-08-25 11:29:22
加藤公一（はむかず）
@hamukazu
200Tのデータって転送にどのくらいかかるんだろう。ネットで転送するんじゃなくて、ハードディスクを物理的に転送するのかな？ #spro2013
2013-08-25 11:35:21
ところてん
@tokoroten
クオリティチェックが先頭しか行わなかったのを、ランダムサンプリングでクオリティチェックすることで、使えるデータが増えて改善したということか #spro2013
2013-08-25 11:35:51
のえ
@noexpect
そもそも染色体をデジタルデータに起こすときに誤りがあることがあるので、クオリティチェックが必要。 ただ分布が片寄ってるので全体を見るにはモンテカルロでサンプリングして調べる。 ＃spro2013
2013-08-25 11:36:28
加藤公一（はむかず）
@hamukazu
シェルスクリプトで計算できるということはそもそもゲノムデータってテキストなのか？すごく無駄じゃないか？ #spro2013
2013-08-25 11:40:16