生命情報若手の会 day1 (2010)
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Takeshi Obayashi
@dancing_infobio
Luncheon seminar by life technology Japan with a gorgeous lunch box. #bioinfowakate
2010-10-09 13:04:55
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
慶應・八谷さん：RNA-seqデータに基づく遺伝子構造予測アルゴリズム。理工学部にSolexa GAIIを導入！ #bioinfowakate
2010-10-09 13:06:28
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
ランチョンセミナー ライフテクノロジージャパン：SOLiDのシリアル番号は現在700番台。日本でサービス開始時は30番台。全部が市場にでているわけではないが、それくらいの台数は製造している。 #bioinfowakate
2010-10-09 13:07:15
Takeshi Obayashi
@dancing_infobio
The running cost of SOLiD is cheaper than Illumina. Almost half. #bioinfowakate
2010-10-09 13:10:45
Nobuyuki Fujii
@nob_fj
ソリッドは長さよりランニングコストを下げることに注力しているということらしい。解析コストはどうなんでしょう。 #bioinfowakate
2010-10-09 13:12:30
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
SOLiD vs. Illumina。SOLiDはランニンングコストが約半分。長さは負けるが、スライドの高密度化（並列化）は高く、よって安い。 #bioinfowakate
2010-10-09 13:14:02
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
454 Juniorのような小さめのSOLiD PIを近日発売。４千数百万円。うーん、SOLiD 4が7800万円だとすると案外コストダウンしてない印象。 #bioinfowakate
2010-10-09 13:15:06
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
SOLiD 4は100Gb/run。Invitrogenによる試薬開発がウリ。IonTorrent買収にまつわるエトセトラ。SOLiD PIは50Gb/run。 #bioinfowakate
2010-10-09 13:24:18
Takeshi Obayashi
@dancing_infobio
Illumina -> Sequence Analysis. SOLiD -> Tag analysis. #bioinfowakate
2010-10-09 13:26:26
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
現在50bp/read。年末でるらしいPI（やっと時期を教えてくれた）は75bp/read。 #bioinfowakate
2010-10-09 13:26:27
Takeshi Obayashi
@dancing_infobio
Wow! SOLiD 2base encoding is beautiful with the commutation and combination laws. #bioinfowakate
2010-10-09 13:51:26
Wataru IWASAKI
@iwasakiw
ランチョンセミナー，やってよかったですね．耳より情報も聞かせてもらえましたし，普通の学会の忙しいランチョンセミナーと違って細かい内容も勉強になりました（私にはですが）． #bioinfowakate
2010-10-09 13:53:03
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
@iwasakiw ありきたりな原理の話じゃなかったのが良かったと思います。そういうのはもう聞き飽きているのにどこにいってもそればかりなので。 #bioinfowakate
2010-10-09 13:53:50
Wataru IWASAKI
@iwasakiw
なお発表者のウェブサイトは http://bit.ly/cOsoUb からリンクを貼ってあります． #bioinfowakate
2010-10-09 14:12:33
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
東工大・大上さん：立体構造情報を用いた網羅的計算によるタンパク質間相互作用ネットワーク予測。ドッキング計算を使ってPPIを予測。ZDOCKの短所（計算時間が長い・絞り込みすぎる）を改善したMEGADOCKを開発。 #bioinfowakate
2010-10-09 14:12:55
@hari_nezumi
RT @iwasakiw: ランチョンセミナー，やってよかったですね．耳より情報も聞かせてもらえましたし，普通の学会の忙しいランチョンセミナーと違って細かい内容も勉強になりました（私にはですが）． #bioinfowakate
2010-10-09 14:16:49
@hari_nezumi
RT @iwasakiw: なお発表者のウェブサイトは http://bit.ly/cOsoUb からリンクを貼ってあります． #bioinfowakate
2010-10-09 14:17:00
Ohue M/大上雅史
@tonets
特徴量もっと詳細に考えて統計的手法頑張ればもっともっと良くなるかもっていうのはまさにその通りだと思う。検討事項。 #memo #bioinfowakate
2010-10-09 14:36:09
Ohue M/大上雅史
@tonets
既知ネットワークで構造のあるタンパク質から、網羅的にドッキングさせて構造を出せばいいんじゃないってコメントもまさにその通りで。的確な意見がガシガシ貰える #bioinfowakate すごい。 #memo
2010-10-09 14:39:02