生命情報科学若手の会(2014 day2) ツイート集
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Haruo Suzuki
@copypasteusa
RNA structuromeの問題。手法によるばらつきーどれを正解とするのか。一次配列的な特徴の影響ー意味のある二時構造なのだろうか。一次配列のバイアスによらず構造の特徴を知りたい。#bioinfowakate
2014-10-30 09:19:55
Haruo Suzuki
@copypasteusa
ParasoR algorithm mRNAとpre-RNAの比較。Splicing により CDS > non-coding exon, 5'UTRは構造をくまなくなる傾向に。#bioinfowakate
2014-10-30 09:21:37
Haruo Suzuki
@copypasteusa
ParasoR algorithm Parallell solution of RNA secondary structure prediction. Future work コドンバイアス #bioinfowakate
2014-10-30 09:22:39
Haruo Suzuki
@copypasteusa
GHOSTZのGPU化は、Smililarity filtering, Ungapped extension, Gapped extensionを高速化。 GHOSTZはRAPSearchと同程度の検索精度。32倍速く #bioinfowakate
2014-10-30 09:29:52
Haruo Suzuki
@copypasteusa
RNA高次構造；機能と密接に関わる。三次構造（立体的構造）を調べるのが一番、当分はコスト技術的に難しい。二次構造：内部塩基対情報のいmを考慮した構造。比較的安価に #bioinfowakate
2014-10-30 09:38:12
Haruo Suzuki
@copypasteusa
二次構造の予測方法／RNAfold, centroidfold等のソフトウェア（50種類くらいある）／実験を組み合わせたもの。SHAPE, PARSなど（）＋何らかの構造予測ソフトウェア #bioinfowakate
2014-10-30 09:38:21
Haruo Suzuki
@copypasteusa
二次構造予測における問題点：候補と成る構造は大量に存在（階乗オーダー）。一般に特定の一構造をとる確率は極めて低い。 #bioinfowakate
2014-10-30 09:38:41
Ohue M/大上雅史
@tonets
GHOSTZの前身にあたるGHOSTXは公開されています bi.cs.titech.ac.jp/ghostx #bioinfowakate
2014-10-30 09:39:36
Ohue M/大上雅史
@tonets
GHOSTZの前身にあたるGHOSTXは公開されています bi.cs.titech.ac.jp/ghostx #bioinfowakate
2014-10-30 09:39:36
Ohue M/大上雅史
@tonets
PLOS ONE: GHOSTX: An Improved Sequence Homology Search Algorithm Using a Query SA and a DB SA plosone.org/article/info%3… #bioinfowakate
2014-10-30 09:43:09
Ohue M/大上雅史
@tonets
PLOS ONE: GHOSTX: An Improved Sequence Homology Search Algorithm Using a Query SA and a DB SA plosone.org/article/info%3… #bioinfowakate
2014-10-30 09:43:09
Ohue M/大上雅史
@tonets
PLOS ONE: GHOSTX: An Improved Sequence Homology Search Algorithm Using a Query SA and a DB SA plosone.org/article/info%3… #bioinfowakate
2014-10-30 09:43:09
Y.Okamura
@informationsea
RNAのマニアックな解析がまとめてできるウェブサービス j.mp/1tiJM51 #bioinfowakate
2014-10-30 09:47:34