2015/3/17 Epigenome Roadmap輪読会のまとめ

カブトムシゲノム読み柱誇張しのぶ @n0rr

SNPでメチル化変わるんじゃねーの、を否定 #epiroadmap03

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

SegwayってENCODE projectのときに作ってた気がする #epiroadmap03

くろたんく@FullyVaccinated @black_tank_top

HpaII MspI をつかった、RRBSを行ったってことですかね #epiroadmap03

Masahiro Kasahara @mkasahara

.@yuifu だよね。前からあったよね。segway には何か変更が加えられているのかな？ #epiroadmap03

Masahiro Kasahara @mkasahara

.@n0rr 全ゲノム読んでないのでそれは言い過ぎでは。タグ SNP では説明できない、という話じゃないかな。 #epiroadmap03

カブトムシゲノム読み柱誇張しのぶ @n0rr

発現量が低いほどメチル化のばらつきがおおきい、発現量が低い遺伝子ほど発現がばらついてないの？ #epiroadmap03

カブトムシゲノム読み柱誇張しのぶ @n0rr

非負値行列因子分解 NMF の基礎とデータ／信号解析への応用 kecl.ntt.co.jp/icl/signal/saw… #epiroadmap03

もじゃもじゃのほう (Koki Tsuyuzaki) @antiplastics

メチル化のばらつきが大きいところは、􏰁エンハンサー、プロモーターライクな領域に多いらしい #epiroadmap03

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

.@mkasahara 論文をscanningしましたが、単にそのままソフトウェアとして使っているようでした #epiroadmap03

Masahiro Kasahara @mkasahara

NMF (non-negative matrix factorization) で次元を減らしてメチル化状態のクラスタ数の推定に役立てた。t 検定って (k-1)x(k) 個の組み合わせでやってるの？ #epiroadmap03

くろたんく@FullyVaccinated @black_tank_top

enhancer likechromatin stateと発現している遺伝子の対応付けはどうやっているのだろう・・・ #epiroadmap03

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

このクラスタ数の選び方もやもやするけど、結構用いられるんでしょうか？？ #epiroadmap03

カブトムシゲノム読み柱誇張しのぶ @n0rr

NMF のt検定、増やすことの罰則をつけた解釈っぽい #epiroadmap03

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

次 Genetic and epigenetic fine mapping of causal autoimmune disease variants #epiroadmap04

もじゃもじゃのほう (Koki Tsuyuzaki) @antiplastics

NMFでクラスタリングしたけど、結局クラスタ数どこにするの問題になって、k個、k-1個での行列の差をt検定していって、結局15個になった（けど先行研究ですでに15って言われていた? #epiroadmap03

もじゃもじゃのほう (Koki Tsuyuzaki) @antiplastics

より精密なGWAS（遺伝子座内で連鎖不平衡にある武井のどれが原因変異か絞り込みたい）、 fine mapping #epiroadmap04

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

潰瘍性大腸炎の原因SNPが免疫細胞と腸のエンハンサーの両方に濃縮するというのは、同じ症状でも原因となる細胞・組織が異なるということかな？ #epiroadmap04

ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧 @dritoshi

ハッシュタグわかれてると検索しにくいな #epiroadmap

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

次 5. Epigenomic footprints across 111 reference epigenomes reveal tissue-specific epigenetic regulation of lincRNAs #epiroadmap05

カブトムシゲノム読み柱誇張しのぶ @n0rr

手ぶれ補正が必要 #epiroadmap

カブトムシゲノム読み柱誇張しのぶ @n0rr

なんかうつった #epiroadmap

もじゃもじゃのほう (Koki Tsuyuzaki) @antiplastics

ポリコム調子悪いから、プロジェクターに投影したスライドをカメラで写すみたいなことやってる #epiroadmap

もじゃもじゃのほう (Koki Tsuyuzaki) @antiplastics

lincRNAは組織特異的に発現する。網羅的に調査されたことがないから今回やってみた。lincRNAのうち69%は組織特異的だった。そのうち、54%は一種のみで活性化。#epiroadmap05

もじゃもじゃのほう (Koki Tsuyuzaki) @antiplastics

lincRNAのアノテーションはGENCODEを使った。TSSでのH3K4me1マークで細胞/組織にクラスタリングできた #epiroadmap05

カブトムシゲノム読み柱誇張しのぶ @n0rr

nつに分けられる談、眼差しが厳しくなる #epiroadmap05