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Yusuke Yamada
@yamada5963
MIP(Molecularly Imprinted Polymers)の発表はなかなか面白かった。High Pressure Freezingもほぼ実用段階まで来ているみたい。
2012-08-08 09:51:32
Yusuke Yamada
@yamada5963
Chaさんの発表は明快で分かりやすかった。どんなタンパクでも表面にZnが付くって言い切るところが潔い。重原子置換で悩んでいる人はダメモトで試してみると良いかも。
2012-08-08 09:54:23
Yusuke Yamada
@yamada5963
今日は放射光のセッションと膜タンパクのセッションに出たが、SFX一色って感じだった。LCPで出る結晶はLSP(Lipid Sponged Phase)なる結晶化で結晶作ってジェットで飛ばせるらしい。
2012-08-09 02:20:54
Yusuke Yamada
@yamada5963
Crankの新しいバージョンが良いみたい。旧バージョンに比べて自動モデル構築の成功率がかなり上がったって発表だった。試す価値はあるかも。
2012-08-09 02:39:13Yam さんメモ
K. Yam
@yam_cpp
これは良いまとめかも．そしてあの方のお名前も…．Biological nanocrystallography using FELs – an overview http://t.co/9LTKWDOL
2012-08-31 01:46:25
K. Yam
@yam_cpp
phenixの新コマンドphenix.merging_statisticsは噂のCC1/2とかR-pimとかを計算してくれるらしい．R-pimとかはXDSは計算してくれないし，テーブルを作る上では役に立つこともありそうかな
2012-08-31 02:00:44
K. Yam
@yam_cpp
最新のSHELXC (β)では，他のデータ処理プログラムと同様の方法でweighted mean, sigmaを計算しているらしい．古いバージョンではunweighted meanを使っていて，それだとS-SADで良くない場合もあるんだとか．
2012-09-11 13:26:53CafeMol について
☆★圧倒的に成長したヌー卜リアは力ピバラと区別がつかない★☆
@piyota0
http://t.co/jEsfFAF3 備忘録 ちょっとCafeMolについて誤解していたっぽい
2012-10-24 10:19:45
☆★圧倒的に成長したヌー卜リアは力ピバラと区別がつかない★☆
@piyota0
@yamabuki_fish 先日の生物物理での高田先生の講演に感動してインスパイヤされてCafeMol使いたいなと思っているんですけれども、粗視化MDと郷モデルが、僕のなかでごっちゃになっています（ごっちゃにしていいのかどうか混乱しています）
2012-10-24 13:06:44
BlueMoon
@yamabuki_fish
@piyota0 高田さんが聞いたら喜ぶだろうな（笑。粗視化と郷モデルは別の概念です。全原子でも郷モデル的にMDできます。
2012-10-24 13:10:09
☆★圧倒的に成長したヌー卜リアは力ピバラと区別がつかない★☆
@piyota0
@yamabuki_fish CafeMolで使われている粗視化MD時に用いられる力場（？）は郷モデルの力場の変形版、といったものと理解していたのですが、本当にそれでいいのか？CafeMolはもっと第一原理に近いMDも可能なのか？といった疑問です。
2012-10-24 13:17:07
☆★圧倒的に成長したヌー卜リアは力ピバラと区別がつかない★☆
@piyota0
@yamabuki_fish なのでお気になさらず・・・単に不勉強なだけなので。
2012-10-24 13:17:44
☆★圧倒的に成長したヌー卜リアは力ピバラと区別がつかない★☆
@piyota0
@yamabuki_fish なので、むしろ僕の疑問は、CafeMolで、郷モデル的でない粗視化MDってできるのだろうか、とか、そもそも郷モデル的でない粗視化MDってどうやってやるのがよいのだろうか、とか、そういう疑問（というか混乱）なのです。
2012-10-24 13:21:42
BlueMoon
@yamabuki_fish
@piyota0 郷モデル的でない粗視化MDは可能です。高田さんも、（むかし？）SimFoldをやってました。それからMDではないですが、Rosettaも、粗い構造サンプリングは粗視化モデルです。ただ、もちろんそれらが現実を再現するかどうかは、別問題です。
2012-10-24 13:29:39
☆★圧倒的に成長したヌー卜リアは力ピバラと区別がつかない★☆
@piyota0
@yamabuki_fish むむ～～って感じですね。生物物理誌のバックナンバーでhttp://t.co/Ol9HHBzk とか http://t.co/k2UJb1Tq とか読みながら、考え中。
2012-10-24 13:31:33
BlueMoon
@yamabuki_fish
@piyota0 さらに混乱させることを言うと、CafeMolは、粗視化モデルで、ポテンシャルは郷的なものと、そうでないものが両方含まれている、ハイブリッドです。
2012-10-24 13:33:10
BlueMoon
@yamabuki_fish
@piyota0 すみません付け加えます。郷的なポテンシャルだけでMDすることも可能です。というより、もともと郷的なポテンシャルだけで開発しました。その後、郷的でないポテンシャルを（特に分子間相互作用について）付け加えていきました。
2012-10-24 13:37:44
☆★圧倒的に成長したヌー卜リアは力ピバラと区別がつかない★☆
@piyota0
@yamabuki_fish ありがとうございます。むしろ混乱は解消されつつあります。[CafeMolは、粗視化モデル] → そうだと思ってました。ポテンシャルは郷的なものと、そうでないものの、ハイブリッド → 先日の生物物理のシンポジウムでは郷的なものの側面が強調されていた。
2012-10-24 13:37:53
BlueMoon
@yamabuki_fish
@piyota0 郷モデルの考え方は、分かりやすいし、物事を説明する力があるのですが、それだけでシミュレーションすると結果が自明になってしまいます。そこで郷的なものを仮定しながら、郷的でないものを導入したとき、どんな現象が説明できるだろうか？というのが研究のミソです。
2012-10-24 13:44:38
☆★圧倒的に成長したヌー卜リアは力ピバラと区別がつかない★☆
@piyota0
@yamabuki_fish わかりやすい説明ありがとうございます。郷的なものに郷的でないものを導入する、その導入のしかたが、ミソ、というわけですね。
2012-10-24 13:58:30